Таким образом, мы можем судить о возросшем мастерстве древнерусских зодчих и наборе художественных приемов в архитектуре Москвы в период сооружения "Василия Блаженного" в основном только по дошедшим до нас церковным зданиям.
Борис Годунов уделяет большое внимание и реконструкции городов, и строительству храмов. "Церкви многи возгради и красоту градскую велелепием исполни", — писала летопись о царе Борисе. Большое число храмов было построено им в родовых усадьбах под Москвой: Спасо-Михневе (1593), Хорошове (1596), Вяземах (1598), Никитском и Троицком-Лобанове под Коломной (конец XVI века). Они отличались богатым декоративным убранством. В последнем десятилетии XVI века был надстроен столп Ивана Великого, возобновлен и украшен Новодевичий монастырь, выстроен большой храм Николы Чудотворца на Арбате, не сохранившийся до наших дней.
Москва сильно пострадала во время польско-шведской интервенции в начале XVII века. В летописи об этом сказано: "…падоша тогда высокосозданные дома, красотами блиставшие, все огнем поядашася и вси премудроверхие церкви скверными руками до конца разоришася".
Архитектура Москвы первой четверти XVII века свидетельствует о продолжении традиций предыдущего столетия, но к середине века все более явственно проступают черты нового. От принципа объединения в одном комплексе нескольких разномасштабных, недостаточно функционально связанных объемов московское зодчество пришло к единству и законченности однообъемных зданий с большим внутренним пространством. Увеличение размеров сооружений потребовало заполнения освободившихся стенных плоскостей крупными деталями — наличниками больших размеров, фризами, карнизами и т. п.
Церковные здания «обмирщаются», в архитектурно-конструктивных решениях чаще используются хоромные элементы, в декоративном убранстве внешние формы и детали по многообразию используемых приемов не уступают богатству внутренней отделки.
В 1626 г. страшный пожар уничтожил большую часть деревянной застройки Москвы не только на посаде, но и в Кремле. Правительство издает специальные указы о каменном строительстве и предоставляет ряд льгот для их возведения. Благодаря деятельности Приказа каменных дел в Москве возникает много казенных и частных кирпичных заводов, которые создали материально-техническую базу для обновления Москвы после пожара 1626 г.
Еще за год до пожара, в 1625 г. русский зодчий Важен Огурцов и английский мастер Христофор Галовей надстраивают шатер на Спасской башне. Кирпичные стены Кремля, к счастью, устояли в пожаре, и первое шатровое завершение главного въезда в Кремль послужило затем примером для завершений на остальных башнях. Вслед за кремлевскими надстраиваются башни Симонова монастыря, в том числе известная башня Дуло, шатер которой с многочисленными слухами-окнами был предвестником знаменитого шатра Воскресенского собора в Ново-Иерусалимском монастыре.
К числу произведений, характеризующих гражданскую архитектуру 30-х годов XVII века и определяющих ее развитие до конца столетия, относится Теремной дворец (1635–1636), построенный выдающимися московскими зодчими Антипом Константиновым, Баженом Огурцовым, Трефилом Шарутиным и Ларионом Ушаковым. Это сооружение продолжает национальные традиции русского зодчества. Но если в культовом зодчестве эти традиции питались богатым многовековым опытом, то в каменной гражданской архитектуре опыта и примеров в прошлом мы знаем немного. Естественны поэтому обращение к архитектурным формам деревянного зодчества и их интерпретация применительно к каменному строительству. В архитектуре Теремного дворца это сказалось в использовании двух первых этажей для подклета, типичного в планировке деревянных хором; третий этаж имел служебное назначение, четвертый состоял из жилых помещений. Все завершалось теремком — двусветным залом, имеющим на углу смотрильную башенку.
В планировке жилых комнат также сказался опыт деревянного строительства: все они расположены анфиладой, все одного размера и прямоугольной формы, которые в деревянных хоромах определились длиной бревна. Тесноватые, уютные жилые комнаты с невысокими сомкнутыми сводами, с нарядными изразцовыми печами, узорчатыми слюдяными окошками и резными порталами дверей были расписаны «травным» орнаментом. Для росписи интерьеров были использованы и рисунки привозных восточных тканей.
Украшением дворца были живописные крыльца с шатрами и резные белокаменные наличники, отделенные друг от друга рваными пилястрами. Сложные по рисунку, двухарочные, с центральной гирькой наличники венчались попеременно трехугольным и разорванным фронтонами. Изразцовые карнизы двух верхних этажей, изразцовые вставки в парапете гульбища, сочетание белого резного камня с красным кирпичным фоном стен — все это явилось образцом для строительства во второй половине XVII века.
К этому времени каменное строительство ведется на всей территории Москвы. Еще в первой половине века частные усадьбы были главным образом деревянными и включали не только жилые и подсобные постройки, но и большие «огороды» — сады; вокруг усадьбы строились крепкие ограды. Перед жилым домом находился внутренний двор, который сначала имел утилитарное назначение, а позднее превратился в парадный въезд.
В середине столетия каменные дома были большой редкостью; однако в последние десятилетия они строились не только для бояр и дворян, но и для посадских людей средней зажиточности и богатых купцов. Планировка первых каменных домов была еще тесно связана с приемами, характерными для деревянного «хоромного» зодчества. Дома отличались сложным силуэтом, большой высотой, особенно при наличии «чердаков» — легких верхних этажей, и живописными крыльцами. Наиболее яркими примерами могут служить палаты думного дьяка А. Кириллова на Берсеневской набережной (1657), ансамбль подворья Крутицких митрополитов, созданный в 1693–1694 гг. (зодчие Л. Ковалев и О. Старцев), палаты боярина Волкова в Большом Харитоньевском переулке (конец XVII века), позднее принадлежавшие Юсуповым, Лефортовский дворец в Немецкой слободе (1697–1698, зодчий Д. Аксамитов), скромный дом Яцковой в Кожевниках (конец XVII века).
Павел Алеппский, секретарь антиохийского патриарха Макария, побывавшей в Москве, так описывает каменные жилые дома: "…мы дивились на их красоту, украшение, прочность, архитектуру, изящество, множество окон и колонн с резьбой, кои по сторонам окон, на высоту этажей, как будто они крепости, на их огромные башни, на обильную раскраску разноцветными красками снаружи и внутри…"
К концу века каменные дома становятся более компактными, однообъемными, высокие «чердаки» сменяют более пологие крыши с широкими карнизами-антаблементами. В палатах В. В. Голицына (около 1689), Троекурова в Охотном ряду (конец XVII века), доме Сверчкова в Сверчковом переулке (конец XVII века) и др.; внутренняя планировка еще близка древней «хоромной», но композиция фасадов сближается с западноевропейской трактовкой фасадов жилых домов и дворцов.
В это же время получает развитие строительство монументальных каменных общественных зданий административного назначения. Здания приказов в Кремле (1675) сдержанностью своих форм отличались от живописных жилых домов Москвы. Каменные здания складов (житные дворы на Басманной и у Калужских ворот), Печатного двора, построенного в 1642–1645 гг. Т. Шарутиным и И. Невериным, Нового Монетного двора в Китай-городе (1697) имели замкнутые внутренние дворы, что отвечало их назначению. По внешним углам этих зданий и над въездными воротами стояли башни. Окна были украшены наличниками, более сдержанными по рисунку, чем в гражданских и жилых зданиях, а ворота и шатровые башни — ордерными колонками и скульптурой, белокаменной резьбой.
Башенные завершения, получившие в Москве широкое распространение, отмечали не только въездные ворота, но и мосты, плотины, общественные и промышленные сооружения. Одной из уникальнейших башен XVII века стала знаменитая Сухарева башня у Сретенских ворот Земляного города (зодчий М. Чеглоков, 1692–1695).