Внутри попорчена вся штукатурка зала антиквария и библиотеки; сгорели все гипсы и попорчена бронза. На сводах стояла вода вершков на 8. Конечно, при 27 градусах мороза все обратилось в общую ледяную массу… Хладнокровнее всех, как мне показалось, отнесся к случившемуся Юрий Степанович (Нечаев-Мальцев. — Л.С.)… он успокаивал меня, говоря, что убытки небольшие и ограничатся суммою не более 25 000 рублей, но мне думается, что они значительнее".
Не менее драматичны письма архитектора главному меценату в период 1906–1908 гг., когда музею грозили финансовый крах и консервация не отделанного внутри здания. Тогда из-за общего хозяйственного кризиса в стране предприятие лишилось почти всех своих богатых жертвователей, а Нечаев-Мальцев резко сократил выдачу ежегодных субсидий.
Оканчивалось строительство Музея изящных искусств при крайне стесненных средствах. Долги заграничным и отечественным поставщикам-кредиторам достигли крупных размеров, и их пришлось погашать еще в течение нескольких лет после открытия музея.
Теперь Государственный музей изобразительных искусств имени А. С. Пушкина на Волхонке, преобразованный после Октябрьской революции, имеет мировую известность. Его интерьеры вместили в себя богатейшее собрание картинной галереи, а в белом парадном зале постоянно устраиваются крупнейшие международные выставки. Здание, созданное Клейном, неизменно находится в центре духовной жизни столицы, ее культурных и научных интересов.
В годы завершения строительства Музея изящных искусств Клейн вел реставрацию усадьбы «Архангельское», возводил там, при участии архитектора Г. Б. Бархина, храм-усыпальницу князей Юсуповых в палладианском стиле (ныне Колоннада); разрабатывал проект здания кинематографа «Колизей» на 700 человек на Чистых прудах.
Одним из наиболее значительных сооружений Клейна этого времени был Бородинский мост (совместно с инженером Н. И. Осколковым, при участии архитектора Г. Б. Бархина). Конкурс на постройку моста был объявлен Академией художеств в связи со столетней годовщиной Отечественной войны 1812 г. Новый мост должен был заменить понтонный, по которому проходила старая дорога из Москвы на Смоленск. Тема оформления моста посвящена победе русской армии в битве на Бородинском поле (отсюда его название и основные декоративные мотивы: надписи на обелисках, военные трофеи, шлемы, пилоны и т. д.) — Постройка Бородинского моста разрешала одну из важных транспортных проблем растущего города — соединение его центра с Брестским (ныне Киевский) вокзалом (автор — военный инженер И. И. Рерберг).
К последним крупным работам мастера, осуществленным в 1914–1916 гг., относится реставрация старого здания Московского университета на Моховой улице (архитектор Д. Жилярди); подготовка к публикации сделанных чертежей и всех деталей здания и обмеров и, наконец, постройка рядом с ним корпуса геологического и минералогического институтов. Последний фланкирует основное здание университета и, решенный в том же строгом стиле, завершает собой университетский ансамбль.
Так сошлись "концы и начала" творческой судьбы архитектора Клейна. Его ранняя постройка — Средние торговые ряды — завершала ансамбль в древнерусском стиле на Красной площади, включавший Исторический музей и Верхние торговые ряды. Его позднее здание фланкировало университетский ансамбль в русском классическом стиле на Моховой улице, напротив Кремля. Это была дань архитектора градостроительным традициям, сложившимся в XIX веке, в русле которых происходило оформление центра Москвы.
Практическая деятельность зодчего продолжалась с конца 80-х годов XIX века и до начала 20-х годов XX века, с момента, когда он возглавил работу чертежного бюро, и до времени, когда стал профессором сначала Рижского политехнического института, затем Московского высшего технического училища. В целом творчество Клейна, развивавшееся в полном контакте с прогрессивными устремлениями московской архитектурной школы и в русле общего направления европейской художественной культуры, явилось заметным явлением и по масштабу решаемых градостроительных проблем, и по разнообразию и сложности архитектурных задач, и по уровню мастерства и интерпретации новых идей. Связь зодчего с передовыми научными и художественными кругами, его приверженность просветительным идеям и вместе с тем, как правило, пиетет по отношению к исторической традиции ставили его в число ведущих архитекторов Москвы своего времени. И не случайно одним из последних, неосуществленных проектов Клейна был проект превращения Кремля в музейный городок.
В своих лучших постройках зодчий чутко претворил ту новую тенденцию, которая получила развитие уже в наше время, — "возможно рационального, бережливого употребления материала и труда, возможно скудных, в обрез, размеров строительного тела, — писал Клейн. — Мы должны считаться с направлением настоящего времени; мы не можем более действовать в наших произведениях посредством массы и величины в той степени, как это было для строителей прежних художественных периодов… И если новейшая архитектура есть результат тысячелетнего опыта и преемственности, то теперь наука приобрела полнейшее право на то, чтобы занять с ними одинаковое место". В этом высказывании мастер имеет в виду прежде всего "железную конструкцию нового времени", которую вполне успешно применил не только в торговом здании "Мюр и Мерилиз", но и в перекрытиях Музея изящных искусств, и при сооружении Бородинского моста. Даже тяготение будущего градостроительства к динамичным и открытым структурам также улавливается в таких произведениях зодчего, как Музей изящных искусств, кинотеатр «Колизей» и др.
За время своей длительной практики Клейн проявил себя и как внимательный педагог и воспитатель. Его многолетними помощниками были военный инженер И. И. Рерберг, архитекторы П. А. За-руцкий, Г. А. Шувалов, П. В. Евланов, позднее построившие в Москве немало замечательных зданий. Под руководством Клейна стажировался будущий академик Л. А. Веснин, в течение нескольких лет работал будущий академик Г. Б. Бархин, который впоследствии в своих «Воспоминаниях» с большой теплотой писал об этом периоде, отдавая должное корректности, тактичности и вкусу своего наставника, называя его "крупнейшим строителем дореволюционной Москвы".
В последние годы жизни Клейн тяжело болел, но тем не менее продолжал напряженно работать, участвовал в многочисленных архитектурных конкурсах, преподавал в Московском высшем техническом училище. Архитектор Г. М. Людвиг, учившийся в то время у Клейна, так вспоминал о занятиях с ним: "Не было случая, чтобы Роман Иванович отказал в консультации, в приеме студенту. Будучи больным в течение ряда лет, он отдавал нам весь свой досуг и праздники и даже ночи… Во время исполнения мною дипломной работы он назначал мне приемные часы по вторникам и пятницам от 2 до 4 часов ночи. Ночные же часы были назначены и другим дипломникам — и это после упорной, напряженной дневной работы. Быть искренним в искусстве и честным в жизни — вот чему учил нас Роман Иванович".
Подводя итоги своей многолетней практики и педагогической деятельности, Клейн писал в автобиографии: "При исполнении архитектурных задач я всегда преследовал тесное согласование принципов чистого, строгого искусства с утилитарными современными потребностями и с конструктивностью сооружения, и этот принцип я считаю необходимым проводить в жизнь и в качестве педагога.
За мое долголетнее руководство строительным бюро и при занятиях по архитектурному проектированию со студентами IV и V курсов Рижского политехнического института в течение 1917/18 учебного года у меня выработался совершенно определенный взгляд на метод преподавания искусства вообще и, в частности, архитектуры…Для плодотворного преподавания необходимо возможно тесное общение руководителя с учащимися, именно совместная работа их в мастерской, причем руководитель не только дает указания, но и сам фактически параллельно с учащимися разрабатывает эскизы и части проектов. Такая постановка дела не только облегчает студентам следить за правильным ходом разработки задачи, но служит также мощным импульсом для работы их воображения, для развития их творческой способности и техники работы".