На подходе к румынским берегам на «Потёмкине» произошло ещё одно важное, поистине знаковое событие. Потёмкинцы, не желая более рисковать, выбросили за борт свой красный флаг. Теперь им было уже не до игр, надо было думать о собственном будущем, и европейские власти в этой ситуации, лучше было не злить. Позднее Матюшенко постарается придать этому факту романтический ореол. «В море, — вспоминал Матюшенко, — похоронили мы свой и всего русского народа боевой красный флаг — флаг свободы, равенства и братства, чтобы он не достался в чужие руки. Чёрное море было свидетелем наших слёз и горя, когда бросили его за борт! Как было тяжело смотреть, когда он то опускался, то поднимался на гребнях волн, как будто приглашал всех матросов продолжать борьбу». Данное мероприятие можно, разумеется, называть и похоронами, но факт остаётся фактом — перед приходом в Констанцу красный флаг был выброшен за борт.

Из воспоминаний потёмкинца И. Лычёва: «Позднее, уже в Румынии, матрос Афанасий Дмитриенко признавался мне: „В последнюю ночь перед сдачей "Потёмкина" группа матросов, человек сорок–пятьдесят, собрались тайком в укромном местечке. Мы решили перевязать всех членов судовой комиссии и запереть их в трюме. А если они будут сопротивляться, то перебить всех и выбросить в море. Затем мы собирались направить броненосец в Севастополь, сдать его главному командиру Черноморского флота и тем самым заслужить себе прощение и награду“. На вопрос, почему же не был исполнен этот план, Дмитриенко ответил: „Мы не смогли этого сделать, так как вы все не спали в эту ночь, и у вас было оружие, а мы были безоружны“».

О чём говорит признание Дмитриенко? Не только о том, что власти Матюшенко над кораблём к этому времени уже, по существу, пришёл конец, но и о том, что, боясь теперь мятежа против себя, Матюшенко и его сторонники обезоружили команду и, вооружившись сами, старались теперь не спать по ночам, боясь нападения. Только благодаря этой предосторожности на «Потёмкине» не вспыхнул антимятеж, в котором жертв могло быть намного больше, чем 14 июня.

25 июня около полуночи «Потёмкин» и миноносец № 267 прибыли в Констанцу. На этот раз уже без всякого салюта и почётного караула. К этому времени на «Потёмкине» уже царил полный разброд и анархия. В 2 часа ночи на берег съехала группа матросов для переговоров о сдаче броненосца. Они спросили у коменданта порта Негру, заходил ли в Констанцу «Синоп». Узнав, что тот не появлялся и последняя их надежда рухнула, потёмкинцы заявили о желании сдаться и пригласили коменданта на броненосец. 25 июня в 8 часов утра он прибыл на «Потёмкин», выступил перед командой и огласил условия сдачи: корабль передаётся румынским властям в хорошем состоянии, команда сходит на берег только с личными вещами, команде гарантируется свободное проживание на всей территории Румынии, потёмкинцы обязуются не заниматься в Румынии политической деятельностью. Из порта на шлюпке на «Потёмкин» прибыл социалист Раковский, старый знакомец Березовского. Он стал предлагать свои услуги посредничества в доставке угля и провизии, но, увидев толпы пьяных озлобленных матросов, «понял, что восстановить прежний революционный дух на „Потёмкине“ невозможно», и тихо съехал на берег. Посредничество с румынскими властями и потёмкинцами осуществлял некто Константин Кац (Гернеа-Доброджану), весьма тёмная личность в русском революционном движении.

В 12 часов 30 минут «Потёмкин» вошёл в порт и опустил Андреевский флаг. В полдень 25 июня вся команда покинула борт броненосца. А вот миноносец № 267 отказался спустить Андреевский флаг. Покинув порт, он направился в Севастополь. Там команда заявила, что на судне никакого бунта не было, а они лишь подчинялись силе. Разумеется, в столь наивный обман никто не поверил, и команда миноноски также была арестована.

Историк Р.М. Мельников в своём труде «Броненосец „Потёмкин“» пишет: «25 июня, около часа дня, после переговоров комиссии с властями на борту румынского крейсера „Елизавета“ броненосец „Потёмкин“ и миноносец № 267 вошли в гавань. Румыны гарантировали потёмкинцам свободу и невыдачу царским властям. Члены комиссии приступили к передаче корабля румынскому военно-морскому командованию, на броненосце спустили Андреевский флаг и вместо него подняли румынский. Сжившиеся со своим замечательным броненосцем и теперь обречённые на годы скитаний на чужбине, с болью покидали матросы палубу родного корабля. Последний раз в едином строю прошли матросы по улицам города. Цепи солдат ограждали колонну от проявлений чрезмерного, по мнению властей, энтузиазма и радушия жителей. Об этом же с недоуменным раздражением доносил один из русских консулов, потрясённый поведением публики, которая принимала потёмкинцев „как настоящих героев, а совсем не как разбойников, как это надлежало“. К покинутому на рейде „Потёмкину“, блиставшему, как всегда, чистотой и порядком, вскоре после ухода команды устремились толпы народа. Интерес был настолько велик, что местные власти устроили массовую экскурсию на опустевший и теперь беззащитный броненосец».

Когда деморализованную команду свезли на берег, на борт «Потёмкина» поднялись румынские солдаты и на радостях подняли свой флаг. Спустя два дня флаг, разумеется, спустили, а румынский король извинялся перед российским царём за столь бестактную выходку, уверяя, что это сделали местные власти без его ведома. Командиру всё ещё стоящего в Констанце транспорта «Псезуапе» капитану 2-го ранга Банову пришлось урегулировать с румынами технические вопросы. Сдавшихся мятежников румынские власти разделили на группы и отправили из Констанцы в отдалённые деревни. 48 матросов решили вернуться в Россию, чуть позднее к ним присоединились ещё 62 человека. Таким образом, из 763 человек в Россию вскоре возвратилось 110 человек. Разумеется, это были те, кто не принимал активного участия в мятеже и на которых не было офицерской крови.

Из сообщений прессы: «Бухарест, 25 июня. Броненосец „Князь Потёмкин“ в сопровождении миноносца пришёл сегодня около двух часов утра в Констанцу. Власти предложили экипажу сдаться на тех условиях, которые были сообщены ему во время первого посещения Констанцы, то есть сойти на берег без оружия и признать себя дезертирами или же покинуть румынские воды».

Из телеграммы Санкт-Петербургского телеграфного агентства Бухарест, 25 июня: «Экипаж „Князя Потёмкина“ и миноноски сдался сегодня в час пополудни на предложенных ему условиях. Матросы передали румынским властям оба находившихся в их распоряжении судна, выставив на них румынские флаги. Высадившиеся матросы отправлены небольшими группами в различные местности Румынии».

Из письма министра иностранных дел Ламсдорфа товарищу министра внутренних дел Трепову, 28 июня 1905 г.: «Считаю долгом уведомить ваше превосходительство, что румынское правительство не располагало к сожалению достаточными силами, чтобы принудить команду „Князя Потёмкина“ к безусловной сдаче и обещало сдавшимся рассматривать их как военных дезертиров, не подлежащих выдаче России. При таком положении дела предъявлять королевскому правительству требование о выдаче мятежников было бы в настоящее время бесполезно, но можно не сомневаться, что присутствие в стране столь опасных элементов явится крайне обременительным для Румынии, и правительство оной впоследствии, при известных условиях, охотно постарается от них избавиться, сдав их постепенно нашим властям…»

Из донесения Бессарабского жандармского управления в Департамент полиции, 12 июля 1905 года: «…Капитан Банов просил [румынские власти] возвратить ему сигнальные книги [составляющие большой секрет каждого государства] с броненосца, но по розыску их на броненосце не оказалось. Через некоторое время к капитану Банову явились три матроса с броненосца и заявили, что хотят передать Банову сигнальные книги, унесённые ими с броненосца, каковые и передали ему в целости… По снятии с броненосца русской команды, туда вошли румыны и начали безобразное хищение всего, что только представляло хотя какую-нибудь ценность: все запасные части машин, всевозможные морские приборы и инструменты, всё было похищено румынами, а когда вопрос был решён о возвращении броненосца России, то румыны привели в негодность некоторые части машин и затопили машинное отделение… По выходе команды с броненосца им были выданы машинистом Матюшенко по 32 рубля каждому, после чего румынские власти разделили всю команду с броненосца на группы и разослали по разным городам… Большинство из матросов страшно удручены и были примеры покушений на самоубийство. Все они страшно жалеют убитых офицеров, во всём обвиняют машиниста Матюшенко и бывших на броненосце каких-то двух студентов, фамилий которых никто из них не знает. Положение команды с броненосца „Князь Потёмкин“ в Румынии ужасное, они пропили и проели полученными ими 32 рубля и теперь, не находя работы, не зная местного языка, положительно голодают; так что надо полагать, что большинство из них возвратится в Россию…»