Не слишком удачным оказался и выбор членов судовой комиссии. Из воспоминаний И. Лычёва: «Судовая комиссия оказалась недостаточно способной организовать и сплотить всю команду в крепкую революционную силу. Между тем у нас на судне имелось немало отсталых матросов, лишь стихийно примкнувших к восстанию и готовых впасть в уныние при первой же неудаче. В наших рядах притаились предатели, по преимуществу боцманы и кондуктора, которых мы пощадили, вняв их униженным мольбам в момент захвата броненосца… Они лихорадочно развивали на корабле подрывную работу: сеяли неверие в успех восстания, распускали панические слухи, порочили членов судовой комиссии. Они доказывали колеблющимся, что только таким путём матросы добьются смягчения суровой кары, которая ожидает их после подавления восстания, а то, что оно будет подавлено, по утверждению гнусных предателей, не вызывало ни малейшего сомнения».

Что касается избранного командиром «Потёмкина» прапорщика по адмиралтейству Алексеева, то это был сугубо гражданский человек — штурман коммерческого флота, призванный на флот в связи с началом Русско-японской войны и с нетерпением ожидавший увольнения в запас. Об артиллерии, минном оружии и о военно-морской тактике он имел самое отдалённое представление. При этом даже в коммерческом флоте он никогда не командовал никаким судном, что уж тут говорить о новейшем броненосце. Единственное, что мог делать Алексеев, это перевести корабль из пункта «А» в пункт «Б».

Около 6 часов вечера на одесский рейд из Николаева пришло вспомогательное судно «Веха». Став на якорь, ничего не знавший о мятеже командир «Вехи» полковник корпуса флотских штурманов Эйхен прибыл на броненосец с рапортом. С него сразу сорвали погоны, потом избили, связали и посадили под арест. Затем на «Потёмкин» привезли остальных офицеров «Вехи» и судовую кассу. Матюшенко хотел учинить расправу над офицерами, но большинство команды этому воспротивилось. Из-за этого между сторонниками Матюшенко и остальной командой броненосца едва не произошло столкновение. Не решившись на открытое противостояние, Матюшенко вынужден был отступить. В тот же вечер оставшихся в живых офицеров «Потёмкина» и офицеров «Вехи» свезли на берег.

Присоединение «Вехи» на время успокоило команду, и на «Потёмкине» опять заговорили о десанте в город.

Б.И. Гаврилов в своей книге «В борьбе за свободу» пишет «Десант был бы вполне возможен даже при наличии имевшихся неблагоприятных условий. Высадке его мешали предательство одесских меньшевиков и нерешительность судовой комиссии, которая объясняется оторванностью её от борьбы рабочих Одессы. Последнее чрезвычайно важно, ибо настроение всей команды и тактика судовой комиссии резко изменились на следующий же день, 16 июня, под влиянием известий о событиях в городе, когда потёмкинцы приняли решение о бомбардировке и высадке десанта».

Однако, поразмыслив, потёмкинцы от высадки десанта отказались, в общем-то правильно поступив. Десантники из матросов, которые два или три раза стреляли из винтовок в учебных отрядах, были самые аховые, их бы просто перебили солдаты гарнизона. Это потёмкинцы и сами прекрасно понимали, а потому к идее десанта отнеслись отрицательно: одно дело сидеть под защитой брони и совсем иное лезть голой грудью под пули.

Тогда Матюшенко, Фельдман и Березовский изменили тактику и стали склонять остальных членов судовой комиссии на расстрел Одессы из пушек. Большинство членов комиссии не хотели и этого, но стрельба из орудий была всё же лучшей альтернативой, чем десант.

РАССТРЕЛ ОДЕССЫ

Итак, утром 16 июня, когда пожар в порту несколько затих, потёмкинцы отправились в порт на разведку. Оказалось, что солдатам и пожарным удалось локализовать пожар. Нашли матросы и брошенное ими накануне тело Вакуленчука. Как оказалось, его спасли всё те же солдаты и пожарные, соорудив вокруг трупа баррикады из мешков с песком. Обрадовавшись, что Вакуленчук никуда не делся, судовая комиссия решила послать делегацию к военным властям с требованием разрешить похоронить Вакуленчука на городском кладбище. Заметим, что к этому времени местные бандиты орудовали по всему порту. Даже в толпе, стоящей вокруг убитого Вакуленчука, был убит заточкой человек, который обнаружил в своём кармане чужую руку. Позднее, разумеется, напишут, что это был некий сыщик, который якобы намеревался спровоцировать около мёртвого матроса некий погром (?), за что был без лишних слов и зарезан бдительным боевиком.

Одновременно трое матросов отправились с броненосца за мясом на городские бойни. По дороге туда один из них был убит, остальные арестованы. Известие об этом озлобило команду «Потёмкина». Однако немедленного возмездия не последовало. Матюшенко решил всё же вначале похоронить своего «друга».

Командующий гарнизоном генерал Каханов предложил делегатам броненосца похоронить Вакуленчука в 2 часа ночи. Матюшенко, Фельдман и Березовский сочли это наглой дерзостью. Затем пришло письменное разрешение хоронить Вакуленчука в 2 часа дня, причём даже с отданием его телу воинских почестей. Городские власти не желали нагнетать обстановку. Для сопровождения тела на кладбище разрешалось послать караул из 12 человек. В ответ на это потёмкинцы отправили на берег арестованных офицеров броненосца. Наступило шаткое перемирие.

В полдень представители гражданских властей, минуя военных, прислали на броненосец свою депутацию, прося не обстреливать город и обещая помощь в снабжении углём и провизией. Матюшенко, Фельдман и Березовский на это согласились, но предупредили, что, если заказы не будут выполнены до 19 часов, броненосец откроет огонь.

Около 16 часов состоялись похороны Вакуленчука. Во время их соблюдались православные обряды. По одним данным, службу вёл священник Приморской Николаевской церкви, по другим — корабельный батюшка отец Пармён, зверски избитый два дня назад Матюшенко. После отпевания в церкви траурная процессия двинулась по городу. Как писал участник восстания Зиновьев, потёмкинцы считали, что похороны по православному обряду будут способствовать сплочению восставших матросов с широкими массами пролетариата, «среди которых тогда были сильны религиозные предрассудки и многие ещё не допускали мысли о похоронах без участия попа». Так что искренности в церемонии особой не было, да и особого сплочения не получилось. Одесситы поглазели на процессию и разошлись.

Описание похорон из газеты «Пролетарий»: «Гроб в серебряном катафалке, окружённый 12-ю матросами с попом во главе и хоругвеносцами, двинулся медленно по Преображенской. За гробом шла толпа, постепенно увеличившаяся в конце Преображенской, тысяч в 15. На окраинах присоединилось ещё тысяч 5. Балконы были усеяны народом так же, как и прилегавшие улицы. И особенно много было рабочих на окраинах города… Шли стройно, без песен и без знамён… Над могилой набежавшие ораторы говорили страстные речи. Разошлись при возгласах „Долой самодержавие!“».

Правительственное сообщение от 22 июня 1905 года: «Усилению среди рабочего населения города Одессы брожения, перешедшего 15 июня в открытый мятеж, сопровождавшийся убийствами, грабежом и поджогами, способствовало следующее, хотя и не стоящее в непосредственной связи с обнаружившимися ранее беспорядками в Одессе, прискорбное, позорное и беспримерное в летописях русского флота событие. В четыре часа утра этого дня на Одесский рейд пришёл из Тендровского залива броненосец Черноморской эскадры „Князь Потёмкин Таврический“, от борта которого отвалила шлюпка с трупом мёртвого матроса. Покойник сопровождавшими его матросами был положен на молу с пришпиленной на груди запискою, гласившею, что матрос Вакуленчук убит офицером невинно за высказанное им недовольство пищей, что все офицеры броненосца убиты командой и с броненосца ответят орудийным огнём по городу, если со стороны начальства порта сделаны будут попытки убрать труп или приблизиться к судну. К месту, где положен был покойник, стали двигаться из города тысячи рабочих, и возбуждение среди них всё более и более росло, особенно под влиянием зажигательных речей, произносившихся у трупа агитаторами…»