Рачковский существенно укрепил свои позиции и в России, и во Франции. Однако министр внутренних дел и шеф жандармов Российской империи фон Плеве после вступления на престол нового императора — Николая II — нашел пути для устранения Рачковского, которого заподозрил в двойной игре. По указанию Плеве приступила к работе специальная комиссия по проверке дел, к которым имел хоть какое-то отношение Рачковский; фактически он попал под следствие. В результате стали выявляться весьма опасные для него факты, в том числе и его связях с французскими правящими кругами. Впрочем, сильные покровители в Петербурге (среди них не последнюю роль играл дворцовый комендант генерал-адъютант Гессе) спасли Петра Ивановича. Царь распорядился прекратить расследование. Тем не менее возвратиться в Петербург Рачковскому не разрешали, позволив обосноваться в Варшаве.

Решение отстранить его от должности, которую он занимал без малого семнадцать лет, явилось для Рачковского полной неожиданностью. Петру Ивановичу оставалось ждать лучших времен— он не без оснований надеялся, что удастся расположить к себе Николая II. Узнав от друзей в Департаменте полиции об истинных причинах своего падения, Рачковский возненавидел Плеве и поклялся с ним рассчитаться.

Рачковский, имевший богатый опыт в политике, отдавал себе отчет: в России назревает революция; мощным толчком к ней стало бездарное ведение войны с Японией.

Искатель приключений жаждал острых ощущений, участия в опасных интригах и комбинациях. Петр Иванович пригласил к себе «короля провокаторов» Евно Азефа, который, будучи агентом тайной полиции, принимал участие в организации 28 покушений на видных царских сановников.

…Плеве, окруженный охранниками-велосипедистами, ехал на доклад к Царю в Царское Село. Министра уже ждали, на каждой улице, по которой могла проехать карета, стояли люди Азефа — эсеры Савинков, Сезонов, Сикорский и Боришанский. Созонов бросил под карету бомбу огромной взрывной силы — Плеве был убит на месте. Не помогли ему и 800 тысяч рублей из государственной казны, которые он ежегодно тратил на свою личную охрану…

Приехав в Петербург, Рачковский встретился со своим старым знакомым — чиновником для особых поручений при министре внутренних дел Манасевичем-Мануйловым, он стал теперь активным помощником генерала Трепова, имевшего большое влияние на царскую чету. Внимательно выслушав Рачковского, Манасевич-Мануйлов покачал головой: вопрос о его возвращении на работу в тайную полицию весьма непростой, ибо влиятельные лица министерства внутренних дел уже вспоминали о Рачковском: для борьбы с разрастающейся революцией нужны опытные сотрудники политического сыска. Однако против этой кандитуры выступил товарищ министра внутренних дел П. Н. Дурново, которого прочили в министры. Беспокойство товарища министра объяснялось просто.

В 1880-е годы Дурновно, заняв пост директора департамента полиции, попытался заменить Рачковского, заведующего заграничной агентурой в Париже, своим человеком. Но, как оказалось, явно недооценил Петра Ивановича.

Узнав о происках Дурново, Рачковский блестяще провел разработанную им комбинацию, которая не только стоила Дурново поста директора Департамента полиции поста, но едва не погубила всю его карьеру.

Дурново имел несколько любовниц, о чем стало известно Рачковскому. Шеф полиции был влюблен в проститутку и на ее содержание тратил огромные суммы, дошел даже до того, что задолжал своим кредиторам 60 тысяч рублей. Проститутка встречалась также с послом Бразилии в России, которому адресовала нежные письма.

Рачковский первым делом позаботился о том, чтобы Дурново стало известно об измене возлюбленной. Потеряв от ревности голову, директор Департамента полиции приказал тайному агенту проникнуть в дом бразильского посла и добыть письма любовницы. Взломав ящик письменного стола, агент доставил Дурново письма. Прочитав их, любовник пришел в бешенство. В момент бурного объяснения с возлюбленной Дурново избил ее до полусмерти. Вся в кровоподтеках и синяках, с распухшими от слез глазами, она явилась на свидание с бразильским послом и все ему рассказала. Посол написал жалобу Александру III. На деле П. Н. Дурново царь написал: «Убрать эту свинью в 24 часа». Однако министр внутренних дел упросил царя сделать Дурново сенатором.

И вот пути Дурново и Рачковского снова пересеклись..

Спустя два дня после Кровавого воскресенья император назначил генерал-майора Трепова петербургским генерал-губернатором и одновременно товарищем министра внутренних дел и заведующим полицией свиты Его Величества. Трепов плохо разбирался в политическом сыске, ему требовались опытные помощники. Манасевич-Мануйлов, улучив момент, попросил Трепова походатайствовать за Рачковского перед царем под предлогом укрепления Департамента полиции.

Спустя пять месяцев после убийства Плеве Рачковский получил приглашение от директора Департамента полиции Гарина явиться к Трепову. Генерал встретил Петра Ивановича очень любезно и сообщил, что его примет сам государь император.

Уже на следующий день Николай II принял Рачковского в Царском Селе — он любил лично беседовать с сотрудниками тайной полиции. Царь объявил Рачковскому о назначении его на должность вице-директора Департамента полиции по политической части. Император распорядился выдать Рачковскому содержание за все время его вынужденной отставки.

В 1905 и 1906 годах Рачковский настолько вошел в доверие к Николаю II, что получил право на регулярные доклады императору, минуя директора Департамента полиции и министра внутренних дел. Это сразу сделало Рачковского важной и влиятельной закулисной фигурой в Российской империи — с мнением его вынуждены были считаться царские сановники. Председатель Совета министров Витте писал: Рачковский, «в сущности, ведал Департаментом полиции…»

Вскоре после назначения Рачковского генерал Трепов оставил все официально занимаемые им посты и перешел на «скромную» должность коменданта царского дворца в Царское Село, а в действительности возглавил «теневой кабинет» царя, фактически тайное военно-полицейское правительство России, созданное Николаем II и его ближайшим окружением для борьбы с революцией.

Влияние и значение Рачковского после этого назначения только усилилось. Грепов, обыкновенный кавалергард, полицейскую службу знал плохо и со временем полностью попал под влияние Рачковского.

Но в это время министром внутренних дел и шефом жандармов стал Дурново. На одном из своих еженедельных докладов царю новоиспеченный министр заговорил об отставке Рачковского, на что царь ответил: «Вы всегда спешите. Подождите, дайте справиться с революцией, дойдет очередь и до Рачковского».

Вице-директор Департамента полиции по политической части Рачковский, добившись реванша в борьбе со своими противниками среди царских чиновников, начал активную борьбу с революционерами С помощью Азефа ему удалось предотвратить подготовленные эсеровскими боевиками теракты против генерала Трепова, великих князей Владимира Александровича и Николая Николаевича, за что он получил от царя несколько орденов и крупное денежное вознаграждение.

Наибольшую опасность для самодержавия в России Рачковский видел в большевиках. Он сыграл важную роль в подавлении декабрьского восстания в Москве, лично руководил арестом членов Московского комитета РСДРП(б).

За участие в подавлении московского восстания царь щедро наградил Рачковского, выдав ему 72 тысячи рублей. Николай II так расчувствовался, что снял с себя орден Святого Владимира и прикрепил его к мундиру Петра Ивановича.

Французы были встревожены революционными событиями в России и всерьез опасались за судьбу вложенных в ее экономику капиталов. Азеф сообщил Рачковскому, что группа боевиков эсеровской партии готовит покушение на министра внутренних дел Столыпина. Петр Иванович задумался. В последнее время Столыпин, да и некоторые другие царские сановники, напуганные размахом народного движения, начали высказывать либеральные идеи. Рачковский понимал, что покушение эсеров позволит ужесточить борьбу с революционерами, поэтому решил оставить сообщение провокатора без внимания.