В «Птицах небесных» образ Андрея Ивановича приобретает еще большую художественную завершенность. Столкновения нижегородского сапожника с лицами «духовного прозвания» выясняют его органическую близость к народу. В известном смысле Андрей Иванович становится разоблачителем паразитического существования нетрудовых элементов общества, защитником народной правды. Однако в этих двух рассказах Андрей Иванович не только протестант и обличитель, но и мелкий буржуа, создающий себе иллюзию, что на деньги, «заработанные шилом», он сам сможет приобрести положение и обеспечить себе безбедную старость. Поэтому он неизменно смиряется перед доводами своей жены, Матрены Степановны, зовущей его к смирению и поддерживающей в нем наклонности домовитого хозяина.
В рассказе «Ушел!» Андрей Иванович появляется уже в совершенно новом освещении. Матрена Степановна получает наследство, и Андрей Иванович становится обладателем богатого дома в большом приволжском селе. Казалось бы то, к чему стремился Андрей Иванович, случайно решилось само по себе, причем в масштабах, о которых он не мог и предполагать. Однако отсюда и возникает самый острый конфликт Андрея Ивановича с буржуазным миром. Тридцать лет не покладая рук, недосыпая и недоедая, работал Андрей Иванович, лелея мысль, что и он когда-нибудь выбьется в люди и покончит с окаянной бедностью. «Что вы думаете, — говорит он, — работал тридцать лет, с младых ногтей сами знаете как — недосыпал, недоедал… Кто может супротив меня сработать! Что сапог, что башмак, что калоши!.. Прошивные, выворотные, по старой вере, дратва в палец… Или рантовые — шва не найдешь, или на шпильке узором… Французский каблук присадишь… Все могу… в наилучшем виде». Но вот прошла жизнь и ничего ему не дала, кроме горького разочарования. Оказывается, не надо было любить труд, достигать мастерства, работать как лошадь. «Да, вот, работал, изводился, — говорит Андрей Иванович. — Думал — хибарочку. И вдруг, умирает старый дурак… извольте!.. Дом». Этот дом, доставшийся от богатого трактирщика, Андрей Иванович воспринимает как синоним наглого торжества торгашества, осмеяния подвига его трудовой жизни. Живая душа труженика в нем одерживает верх над стремлениями собственника, и маленькие удобства жизни, полученные из рук богатого родственника, не могут заслонить от него вопиющей неправды буржуазного мира. Настоящим драматизмом проникнуто то место рассказа, когда Андрей Иванович выбрасывает из окна вещи, приобретенные после получения наследства. «Андрей Иванович поднялся, — пишет Короленко. — Казалось, первое дыхание близкой грозы оказывало на него свое электрическое действие. Лицо его побледнело, глаза блуждали… Он упорно посмотрел на меня, как бы намереваясь спросить о чем-то, но затем двинулся к дому. Через минуту в верхнем этаже распахнулось окно… Раму сильно двинуло ветром, зазвенело разбитое стекло… Матрена Степановна оглянулась и замерла: в окне мелькнула дикая фигура супруга, и вдруг новенькая шляпа „цилиндровой формы“ полетела вниз, в уличную пыль, за ней последовала белая — китайской соломы, за ними, беспомощно взмахнув на ветру рукавами, точно человек, падающий в пропасть, полетела модная разлетайка… Андрей Иванович опять появился в окне, и целая туча мелких предметов опять полетела на улицу».
Рассказ остался неоконченным. Короленко оборвал его на драматическом моменте ухода Андрея Ивановича «искать правду», не показав дальнейшей судьбы своего «строптивого демократа». К какой правде придет Андрей Иванович — Короленко не говорит. Наивный и немного смешной Андрей Иванович, разумеется, еще не тот человек, который сможет подняться до осознанного протеста, до активной борьбы. Но в нем Короленко сумел показать живую, мятущуюся душу простого русского человека, ищущего «широких формул, обнимающих жизнь и зовущих к жизни» и не согласного ни с моралью, ни с законами буржуазного общества.
В 1896 году Короленко переезжает в Петербург, а с 1900 года живет в Полтаве. С неослабевающим интересом он продолжает следить за жизнью страны, отзываясь на все значительные события эпохи. Он участвует в организации защиты крестьян на судебных процессах в Харькове и Полтаве, созданных полицией в связи с так называемыми «аграрными беспорядками» на Украине, и выступает в печати с требованием судить не крестьян, а полицию, подавившую кровавыми расправами движение деревенской бедноты.
В 1902 году Короленко выступает с протестом против отмены выборов Горького в члены Академии наук. Как почетный академик по разряду изящной словесности Короленко принимал участие в избрании Горького, однако выборы были отменены по указанию царя Николая. В газете появилось сообщение об их отмене, причем объявлялось это от имени Академии наук. Получалось, что сами академики, в числе которых был и Короленко, отменяли решение без какого-либо обсуждения на заседании Академии. Такая ложь не могла не оскорбить писателя. «Мне кажется, — писал он А. Н. Веселовскому, — что, участвуя в выборах, я имел право быть приглашенным также к обсуждению вопроса об их отмене, если эта отмена должна быть произведена от имени Академии. Тогда я имел бы возможность осуществить свое неотъемлемое право на заявление особого к этому предмету мнения». В апреле 1902 года Короленко приезжает в Петербург специально для того, чтобы добиться гласного обсуждения вопроса об отмене выборов Горького, и, испробовав все средства, которыми он располагал, 25 июля 1902 года подал заявление об уходе из Академии наук. В этом заявлении Короленко писал: «Ввиду всего изложенного, то есть, что оглашенным от имени Академии объявлением затронут вопрос, очень существенный для русской литературы и жизни; что ему придан характер коллективного акта; что моя совесть, как писателя, не может примириться с молчаливым признанием принадлежности мне взгляда, противоположного моему действительному убеждению; что, наконец, я не нахожу выхода из этого положения в пределах деятельности Академии, — я вижу себя вынужденным сложить с себя нравственную ответственность за „объявление“, оглашенное от имени Академии, в единственной доступной мне форме, то есть вместе с званием почетного академика».
Выступление Короленко с протестом против исключения Горького из состава почетных академиков, его открытая борьба с бесцеремонным произволом властей, отменивших избрание всенародно признанного писателя, наконец, его заявление и демонстративный уход из Академии наук — все это свидетельствует о том, как глубоко понимал Короленко общественную роль А. М. Горького, значение его как художника.
Подобное заявление подал и А. П. Чехов, к которому Короленко в мае 1902 года ездил в Ялту для обсуждения вопроса о совместных действиях в связи с репрессиями против Горького.
С 1899 по 1904 год появляются рассказы Короленко: «Марусина заимка», «Смиренные», «Мороз», «Огоньки», «Государевы ямщики», «Не страшное», «Мгновение», «Феодалы» и другие. В эти годы Короленко снова возвращается к сибирской теме и создает целый ряд значительных художественных характеристик. По сравнению с первым циклом сибирских рассказов, где внимание писателя было сосредоточено преимущественно на какой-либо одной стороне характера героя, в этих своих произведениях Короленко делает дальнейший шаг на пути реалистического изображения действительности. Во втором цикле сибирских рассказов расширяется диапазон драматического конфликта, образ получает более всестороннее и глубокое освещение. Прославление активного отношения к жизни, призыв к борьбе с социальным гнетом, феодальными репрессиями и полицейским произволом составляют основное содержание и других произведений этого периода деятельности Короленко.
В рассказе «Смиренные» Короленко взволнованно пишет о жизни деревни, в которой могут быть такие факты, как «человек на цепи». Здесь разоблачается обывательское благодушие, общественный индиферентизм, мещанское смирение. С еще большей остротой эта тема развита в рассказе «Не страшное». Герой рассказа Будников, в прошлом человек «с идеями», радикал, превращается в стяжателя. Он отходит от общественных задач, душа его «выдохлась и опустела»; по мысли автора, страшное — в «не страшном», в терпимом отношении к обывательским формам быта, делающим самое существование человека бессмысленным и мерзким. «Да, есть, — пишет Короленко, — в этом обыденном, в этой смиренной и спокойной на вид жизни благодатных уголков свой ужас… специфический, так сказать, не сразу заметный, серый… Где тут, собственно, злодеи, где жертвы, где правая сторона, где неправая?.. И так хочется, чтобы проник в этот туман хоть луч правды живой». «Не страшное» по силе разоблачения буржуазной интеллигенции, яркости типов, по мастерству сюжета может быть отнесен к числу лучших рассказов Короленко. Напечатанный в 1903 году, рассказ говорил о приближении бури, без которой невозможно дальнейшее развитие общества.