Пост главного начальника флота и морского ведомства, который с 1881 г. занимал великий князь Алексей Александрович, не был упразднен до его смерти, но само назначение морского министра свидетельствовало о косвенном признании недостатков системы великокняжеского управления флотом. В рескрипте царя на имя нового морского министра от 29 июня 1905 г. указывалось, что основной задачей флота является обеспечение морской обороны побережья Балтийского моря и улучшение подготовки личного состава — путем введения баллотировки офицеров при производстве в чин, улучшения военно-морского образования, судостроения, и предоставления командующим флотами в Балтийском и Черном морях большей самостоятельности[118].

19 октября 1905 г. произошло серьезное изменение в положении морского ведомства среди других центральных учреждений Российской империи. Через два дня после издания знаменитого Манифеста 17 октября 1905 г. с обещанием гражданских и политических свобод был реорганизован Совет министров, который стал правительством страны в юридическом смысле этого слова. Теперь появились возможности усиления контроля со стороны гражданской власти над Военным и Морским министерствами, в особенности в установлении подобного контроля были заинтересованы Министерство финансов и Государственный контроль. Кое-кому в те дни казалось, что вскоре в России появится ответственное парламентское правительство, в котором посты военного и морского министра займут штатские политики, объединенные единством политических взглядов со своими коллегами по кабинету. Однако «Основные государственные законы», опубликованные 24 апреля 1906 г., развеяли эти надежды. Совет министров назначался царем, а четыре министерства (Военное, Морское, Иностранных дел и Императорского двора) занимали особое положение, пользуясь своеобразной «автономией» по отношению к правительству. Подобная «автономия» соответствовала всему духу «конституции» 1906 г. Вопросы, связанные с армией и флотом, подлежали обсуждению в кабинете лишь по повелению царя, по желанию соответствующих министров, или в том случае, когда они затрагивали интересы других ведомств. Конечно, была исключена возможность назначения на посты военного и морского министров непрофессионалов.

Первым практическим мероприятием по реорганизации морского ведомства было введение поста товарища морского министра. После фактического отхода от дел и отъезда в Париж великого князя Алексея Александровича необходимость приведения статуса морского министра в соответствие с принятым для глав других центральных учреждений стала очевидной. 17 января 1906 г. именным высочайшим указом Правительствующему Сенату была введена должность товарища морского министра[119]. По приказу А.А. Бирилева от 14 апреля 1906 г. на его товарища возлагалось «ближайшее» руководство ГУКИС, МТК, ГГУ, УГМИФ, Канцелярией министерства, правлениями Обуховского сталелитейного и Балтийского механического заводов, Управлением сберегательно-вспомогательной кассой рабочих и вольнонаемных служащих морского ведомства и Архивом Морского министерства[120]. Позднее, когда из ГМШ был выделен МГШ, он также вошел в прямое подчинение министра. Николай II одобрил назначение на этот пост контр-адмирала Николая Александровича Римского-Корсакова (1852 — после 1907), но произошло само назначение только 7 июня 1906 г., а почти полгода до этого пост оставался вакантным. Однако на данном этапе министру не были предоставлены права главного начальника флота и морского ведомства, и сохранялась возможность назначения на этот пост кого-либо из великих князей, вероятнее всего Александра Михайловича (1866–1934), имевшего чин контр-адмирала. Следующим по старшинству «августейшим» моряком был великий князь Кирилл Владимирович, тогда капитан 2-го ранга. Прецедент прижизненного отстранения от должности генерал-адмирала уже имел место: в 1881 г. Алексей Александрович занял этот пост при жизни предыдущего главного начальника флота и морского ведомства великого князя Константина Николаевича, который скончался через десять лет после своей отставки. Выделение хозяйственно-технических згчреждений в подчинение товарища морского министра, обладавшего значительной самостоятельностью, из иностранных морских ведомств имело место только в Японии в 1893–1901 гг. Нет прямых указаний на то, что подобное устройство было прямо скопировано у Японии, но сходство говорит само за себя. В гражданских ведомствах Российской империи товарищи министров были обычно лишь помощниками своих начальников, не имея собственной сферы руководства, хотя встречались и исключения.

Появление должности товарища морского министра вскоре вызвало необходимость создания подсобного органа для организации переписки самого министра, так как Канцелярия министерства оказалась подчинена его товарищу, а при министре остались лишь два адъютанта и чиновник для поручений. 11 декабря 1906 г. была создана Канцелярия морского министра[121]. По повелению Николая II на исполняющего должность чиновника особых поручений IV класса при морском министре полковника по Адмиралтейству В.А. Штенгера были возложены обязанности начальника вновь образованного учреждения. Какого-либо документа, регламентирующего круг обязанностей новой канцелярии, не существовало, и она вела те дела, которые поручались ей министрами[122].

Попытки А.А. Бирилева выяснить ближайшие задачи, стоящие перед его ведомством, не увенчались успехом. В царских манифестах об этом говорилось в самых общих чертах: «…первой священной обязанностью Морского ведомства я ставлю безотлагательное обеспечение морской обороны берегов во всех наших водах, а затем уже в зависимости от средств воссоздание боевых эскадр»[123].

С весны 1905 г. в Морском министерстве начался сбор записок с предложениями по реформированию ведомства. Оказалось, что вопрос о создании органа оперативно-стратегического руководства флотом больше всего интересовал молодых морских офицеров, в отличие от высших руководителей ведомства, пытавшихся начать реформирование с хозяйственно-технических учреждений.

Довольно любопытна записка конца октября — начала ноября 1905 г., автором которой был начальник чертежной (конструкторского бюро) Обуховского завода, полковник морской артиллерии В.А. Алексеев[124]. Он предлагал создать особую Инспекцию боевой готовности флота, возложив на нее задачи стратегического руководства и тактической подготовки флота, заведование Академией Морского Генерального штаба, которую еще предстояло создать, участие в выработке общей военной политики государства, разработку судостроительной программы, распределение кораблей по флотам и эскадрам, ведение разведки, оценку деловых качеств офицеров флота, одним словом — обязанности Генерального штаба[125]. Возглавлять ее должен был генерал-инспектор флота с восемью помощниками, назначенными им самим: по общеморской части, по тактике и стратегии, по артиллерии, по минному делу, по кораблестроению, по механической части, по портовым сооружениям и по интендантской части. Еще восемь офицеров должны были избираться в состав Инспекции на кораблях «закрытой баллотировкой». Сходство названия должности генерал-инспектора флота с одноименными должностями военного ведомства не должно вводить в заблуждение: предлагаемая В.А. Алексеевым Инспекция боевой готовности флота была прообразом будущего Морского Генерального штаба, тогда как сухопутные генерал-инспекторы отвечали за боевую подготовку соответствующего рода войск. «Ее значение можно определить так, — писал В.А. Алексеев. — Инспекция по отношению к Морскому министерству должна занимать такое же место, как Государственная дума будет занимать в общем строе государственного управления, — нетрудно видеть, что и причины учреждения Думы и Инспекции одни и те же: борьба с самоуспокоением и самообманом, одинаково приведших к катастрофам»[126]. Позднее, летом 1906 г., после разгона I Думы, В.А. Алексеев приписал на полях: «Это сравнение с Государственной думой было сделано вскоре после 17 октября, когда так свято и искренне верилось, что народные представители, призванные царем к совместной работе, исцелят и обновят нашу родину»[127].