В 1482 году кардинал признает последнего сына, рожденного от него, — Джофре, или Хофре, потом его отношения с любовницей становятся менее активными. У Ваноцци на подходе еще один сын, на этот раз законный — Октавио, но он вскоре умирает. Ее второй муж дожил до 1486 года. Вскоре она опять выходит замуж за мантуанца, ее приданое составляет тысячу флоринов. Избранник Ваноццы — известный литератор: молодой флорентийский поэт Полициен вынесет на его суд своего Орфея. В прошлом камергер кардинала Гонзага. Гордясь союзом с любовницей кардинала вице-канцлера, он помещает в своем гербе знаки вице-канцлера и с важностью общается с маркграфом Мантуанским, главой семьи его бывшего покровителя.
Пятидесятилетний Родриго заботливо следит за воспитанием своих детей. В 1482 году он выдает замуж за римского дворянина свою старшую дочь Джерониму: она умрет через год. В 1483 году Изабелла выходит замуж за дворянина Пьеро Джованни Матуцци, живущего в квартале Парионе. Педро Луис отправляется в Испанию, где принимает участие в кампаниях против мусульманского королевства Гренады. Он храбро сражается при осаде Ронды в мае 1485 года, потом получает от Фердинанда Арагонского титул герцога Гандийского и обещание руки доньи Марии Энрикес, племянницы короля, но через некоторое время, в августе 1488 года, он умирает в Чивитавеккья. Родриго переносит свою нежность на детей Ваноццы. Он воспитывает своих мальчиков как принцев. Поручает дочь Лукрецию своей кузине Адриенне де Мила, вдове дворянина Людовико Орсини и матери юного Орсо (злые языки твердят, что тот — тоже сын кардинала Борджиа). Вице-канцлер становится частым гостем во дворце Орсини на Монте Джордано. Все заискивают перед ним из-за его положения при курии, надежд на власть, личного обаяния. По своему обыкновению, он покоряет всех дам, но особенно — юную Джулию Фарнезе, дочь провинциальных баронов, невесту Орсо Орсини, за которого она выйдет замуж в 1489 году. Роль хозяйки дома вместе с Джулией играет Адриенна де Мила, ее будущая свекровь. В связи с этим она окружает вниманием юную Лукрецию с первых лет ее жизни. Когда Адриенна отведет девочку в монастырь Святого Сикста на Аппиевой дороге для совершенствования ее образования, кардинал не прекратит своих усердных посещений дворца Орсини, своей кузины и прекрасной Джулии Фарнезе.
Родриго стал деканом Священной коллегии, получив 24 июля 1476 года сан кардинала-епископа Порто. 25 июня 1477 года его снова назначают легатом a latere (из окружения), чтобы в Неаполе короновать новую супругу короля Ферранте Жанну Арагонскую, дочь короля Хуана II и сестру Фердинанда, принца, которого он так хорошо знал в Испании. Священная коллегия сопровождает своего декана до ворот Рима, а по возвращении, 4 октября, встречает его. Среди присутствующих кардиналов упоминаются недавно назначенные князья Церкви. Такую популярность Родриго можно считать хорошим предзнаменованием. Она будет неуклонно расти и в бурное время борьбы Сикста IV с Флоренцией.
Когда 12 августа 1484 года умирает Сикст IV, римляне взбунтовались против племянников покойного папы и их прихлебателей. Бунт возглавляют Колонна. Вирджинио Орсини, сеньор Браччано, направляет против них своих солдат. Родриго Борджиа, друг Орсини и неаполитанских Арагонцев, мог бы стать идеальным кандидатом, если бы оказался способен восстановить порядок, обуздав злоупотребления клана Риарио-делла Ровере.
Во время конклава кардиналы единодушно осуждают непотизм последнего правления. Каждый из них обязуется, если станет папой, «не назначать ни одного кардинала, которому бы не исполнилось тридцати лет и кто не был доктором либо теологии, либо одного из прав, а если он — племянник или сын короля, то должен иметь приличествующее сану образование. Из своей семьи или близких родственников можно назначить только одного кардинала, если он будет отвечать указанным требованиям. Он не будет воевать ни с одним королем, герцогом, принцем, сеньором, сообществом, ему не подчиняющимся, не войдет ни в одну лигу, чтобы воевать с другой, без согласия на то двух третей преподобнейших кардиналов.
Никто из членов его семьи, будь то духовное лицо или мирянин, не может управлять крепостями Сант-Анджело, Чивитавеккья, Тибур, Сполето, Фано, Чезена. Управляющие будут выполнять свои функции только в течение двух лет. Любое отступление от этих установлений должно получить одобрение двух третей кардиналов. Губернаторы городов первостепенной важности, например Сполето, будут выбираться из прелатов. Папа не имеет права назначить главным капитаном церкви ни племянника, ни члена своей семьи…»
Как и другие участники конклава, Родриго дает клятву. Чего не сделаешь, чтобы победить на выборах! По его мнению, в пятьдесят три года он как никто другой достоин стать папой. И он не пожалеет ни силы своего убеждения, ни обещаний, чтобы завоевать голоса своих коллег. Кардиналу Хуану Арагонскому он дарит свою должность вице-канцлера и свой дворец; кардиналу Колонне — 25 000 дукатов и аббатство Субиако; кардиналу Савелли — богатые бенефиции. Еще он привязывает к себе Асканио Сфорца и камерлинга Рафаэля Риарио Сансони, племянника покойного папы. Но он так и не смог получить большинство голосов или необходимые для победы две трети. Кардинал делла Ровере, находящийся в таком же положении, застает врасплох своего соперника. Он использует тактику, которую Родриго использовал во время выборов Пия II: вместе с кардиналами своей партии он отдает голос генуэзскому кардиналу Джани-Батисто Чибо, имеющему значительное преимущество перед своими конкурентами. Вынужденный подчиниться, Родриго тоже присоединяется к ним. Новый папа — Иннокентий VIII — во многом похож на кардинала Борджиа: они одного возраста и живут в окружении своих незаконнорожденных детей. Считается, что у нового кардинала их около двенадцати, но он признал только двоих — Теодорину и Франческо. Есть веские основания полагать, что ему будет очень трудно отдалить их от себя и не осыпать милостями. Но нельзя нарушить клятву, которая так недавно была дана на конклаве. Поэтому должности, раздаваемые в начале каждого правления, могут достаться тому, кто их осмелиться попросить. Джулиано делла Ровере отваживается на это, потому что его выступление было решающим во время папских выборов. Так к власти приходят племянники Сикста IV, принадлежащие к ветви делла Ровере. Джани, брат кардинала, объединившись с герцогом Урбинским, становится главным капитаном Церкви. Другой брат, Бартоломео, назначен управляющим замка Сант-Анджело, то есть он охраняет Ватикан и самого папу. Джулиано обосновался в папском дворце. При слабом Иннокентии VIII он получил власть большую, чем при жизни своего дяди Сикста IV. «Он — папа, даже больше чем папа», — пишет посол Флоренции Лоренцо Великолепному.
В соответствии с традицией грандиозные празднества открывают новое правление. Рим присутствует при коронации и входе нового папы в Латран, слушает, как послы приносят клятву повиновения. Рассказ об этом можно найти в дневнике распорядителя церемоний альзасца Жана Буркарда. Это очень детальная хроника, начатая в 1483 году и продолжавшаяся до 1506 года, когда он умер. В течение четырех понтификатов сей привилегированный свидетель не опускает ни одного более или менее важного события, происходившего на его глазах. Он не обходит молчанием ни один скандал, а даже сообщает о них с горьким ликованием.
Сама реальность вмешивается в конфликт, в котором сталкиваются Ферранте Неаполитанский и Святой Престол. В это время король Арагонский на вершине своего могущества. Последний из его анжуйских конкурентов, Карл дю Мэн, передал по наследству свои права на корону Франции, но молодой король Карл VIII, опекуншей которого была его тетка Анна де Боже, не в состоянии требовать неаполитанского наследства. Ферранте пользуется ослаблением анжуйской партии, чтобы вернуть награбленное баронам, которые посягнули на королевские права. По всей стране начались волнения крупного дворянства в связи с отказом от платы и налогов на товары. Они обратились к папе, сюзерену королевства.