Временное правительство наградило Алексеева за его участие в перевороте более чем щедро. Именно ему достался пост Верховного главнокомандующего русскими вооруженными силами. Впрочем, назначению Алексеева предшествовали политические интриги. Как мы помним, одним из последних своих указов Николай II назначил Верховным великого князя Николая Николаевича, уже занимавшего эту должность в 1914—1915 годах. 8 марта, буквально через несколько часов после отъезда Николая II из Ставки, великий князь прибыл из Тифлиса в Могилёв. Надо сказать, что его возвращение на пост Главковерха было встречено в армии с восторгом. Так, начальник штаба Западного фронта генерал-лейтенант М.Ф. Квецинский 6 марта сообщал в Ставку: «Все верят в то, что Его Высочество даст сильную твердую власть в армии, а с нею порядок и победу».

Однако едва новый-старый Верховный успел отдать первый приказ по армии, как из Петрограда пришел документ за подписью премьер-министра князя Г.Е. Львова о нежелательности дальнейшего пребывания великого князя в Могилёве. Николай Николаевич был страшно оскорблен (ведь он полностью поддержал Временное правительство во время переворота, а его не оценили!) и удалился в свое крымское поместье, сдав управление Ставкой Алексееву… Официально великий князь был снят с должности и уволен со службы 11 марта. В Ставке снова началось «междуцарствие».

Военный министр А.И. Гучков предложил на пост Главковерха кандидатуру Алексеева. Но против этого возразил М.В. Родзянко, неожиданно обвинивший Алексеева в… «тайном монархизме». 19 марта Временное правительство постановило: «Признать, что в интересах успешного ведения войны представляется мерой неотложного освобождения генерала Алексеева от обязанностей Верховного Главнокомандующего. Желательным кандидатом является генерал Брусилов». Но по настоянию Гучкова ситуацию все же разрешили «демократическим» способом, опросив по телеграфу 18 высших воинских начальников и попросив их… самим избрать Верховного главнокомандующего. В итоге 13 человек высказались об Алексееве в целом благоприятно, четверо — генерал от кавалерии А.А. Брусилов, генералы от инфантерии А.Ф. Рагоза, В.Н. Горбатовский и Ю.Н. Данилов — отозвались о нем без энтузиазма, подчеркнув безволие как основное качество характера Алексеева, а Н.В. Рузский от ответа вовсе уклонился, сославшись на то, что «выбор Верховного должен быть сделан волею правительства». В итоге «демократия» победила, и 2 апреля 1917 года М.В. Алексеев получил телеграмму из Петрограда: «Временное правительство назначает Вас Верховным Главнокомандующим. Оно верит, что армия и флот под Вашим твердым руководством исполнят свой долг перед родиной до конца».

О том, как приняли чины Ставки назначение Алексеева Верховным, свидетельствуют воспоминания Н.М. Дубенского: «Сдача Великим Князем верховного командования генералу Алексееву повергла всех в уныние, и стало ясно, что революция теперь не остановится и скорая погибель армии, а с ней и России, неизбежны. Ставка при этом хорошо понимала, что генерал Алексеев Верховным Главнокомандующим ни по своему характеру, ни по своим способностям, ни по системе своего труда, при котором он стремился одинаково внимательно разрешать и крупные и мелкие вопросы, быть не может».

Впрочем, такого мнения придерживались далеко не все. Еще до официального назначения Алексеева Главковерхом начали происходить перемены и в самой Ставке: начальником ее штаба 11 марта стал генерал от инфантерии Владислав Наполеонович Клембовский, который, как мы помним, еще с декабря 1916 года был помощником начштаба. Но уже через две недели Клембовский был назначен в состав Военного совета, а его преемником по настоянию Гучкова стал командир 8-го армейского корпуса, хорошо знакомый Алексееву генерал-лейтенант Антон Иванович Деникин — один из талантливейших русских полководцев Первой мировой. В Могилёв он прибыл 25 марта, а официально вступил в должность 5 апреля. Пост генерал-квартирмейстера 15 апреля по приглашению Алексеева занял генерал-майор Яков Давыдович Юзефович, пришедший с должности начштаба 2-го кавалерийского корпуса. 12 мая он стал 1-м генерал-квартирмейстером, а должность 2-го генкварта получил хороший знакомый Деникина — командующий 10-й пехотной дивизией генерал-майор Сергей Леонидович Марков.

Надо сказать, что Алексееву не понравился приказной порядок, в котором был назначен в Ставку Деникин — в этом он увидел «опеку правительства» над Ставкой. Недоволен был и сам Деникин — боевой генерал, не имевший никакой склонности к штабной работе. В итоге на первых порах между Верховным и начальником его штаба возникла напряженность. А.И. Деникин вспоминал:

«25 марта я приехал в Ставку и тотчас был принят Алексеевым.

Алексеев, конечно, обиделся.

— Ну что же, раз приказано…

Я снова, как и в министерстве, указал ряд мотивов против своего назначения, и в том числе — отсутствие всякого влечения к штабной работе. Просил генерала Алексеева совершенно откровенно, не стесняясь никакими условностями, как своего старого профессора, высказать свой взгляд, ибо без его желания я ни в каком случае этой должности не приму.

Алексеев говорил вежливо, сухо, обиженно и уклончиво: масштаб широкий, дело трудное, нужна подготовка, “ну что же, будем вместе работать”…

Я, за всю свою долгую службу не привыкший к подобной роли, не мог, конечно, помириться с такой постановкой вопроса.

— При таких условиях я категорически отказываюсь от должности. И чтобы не создавать ни малейших трений между вами и правительством, заявлю, что это исключительно мое личное решение.

Алексеев вдруг переменил тон.

— Нет, я прошу вас не отказываться. Будем работать вместе, я помогу вам; наконец, ничто не мешает месяца через два, если почувствуете, что дело не нравится — уйти на первую откроющуюся армию…

Расстались уже не так холодно».

В дальнейшем Алексеев и Деникин вполне сумели сработаться и сохранили теплые доверительные отношения до самой смерти Михаила Васильевича. Однако в целом новые сотрудники Ставки приняли присущий Алексееву авторитарный стиль работы в штыки. Начало этому положил еще А.С. Лукомский, который протестовал против такого порядка путем подачи Алексееву записок со своим «особым мнением», а В.Н. Клембовский даже поставил Алексееву условие, при котором он продолжит работу в должности начальника штаба Ставки, — невмешательство в круг его обязанностей. Теперь то же самое происходило с ближайшими помощниками Алексеева- Главковерха.

«Ранее Михаил Васильевич держал в своих руках все отрасли управления, — вспоминал А.И. Деникин. — Со значительным расширением их объема это оказалось физически невыполнимым, и мне уже предоставлена была вся полнота обязанностей во всем, кроме… стратегии.

Опять пошли собственноручные телеграммы стратегического характера, распоряжения, директивы, обоснование которых иногда не было понятно мне и генерал-квартирмейстеру (Юзефович). Много раз втроем (я, Юзефович, Марков) мы обсуждали этот вопрос; экспансивный Юзефович волновался и нервно просил назначения на дивизию: “Не могу я быть писарем. Зачем Ставке квартирмейстер, когда любой писарь может перепечатывать директивы”…

И я, и он стали поговаривать об уходе. Марков заявил, что без нас не останется ни одного дня. Наконец, я решил поговорить откровенно с Михаилом Васильевичем. Оба взволновались, расстались друзьями, но вопроса не разрешили.

— Разве я не предоставляю вам самого широкого участия в работе; что вы, Антон Иванович, — совершенно искренно удивился Алексеев, в течение всей войны привыкший к определенному служебному режиму, казавшемуся ему совершенно нормальным.

Опять “конференция” втроем. После долгих дебатов решили, что общий план кампании 17-го года разработан давно, и подготовка ее находится уже в такой стадии, что существенные перемены невозможны, что детали сосредоточивания и развертывания войск, при современном состоянии их, — вопрос спорный и трудно учитываемый; что некоторые изменения плана нам удастся провести; наконец, что наш уход… мог бы повредить делу и пошатнуть, и без того непрочное, положение Верховного. И поэтому решили потерпеть».