Некоторое время Ломоносов благоволил к инспектору гимназии Модераху, возведенному в 1759 году в звание университетского профессора истории. Он даже рекомендовал его И. И. Шувалову для составления различных экстрактов из исторических сочинений и перевода на французский язык. Но вот с 1761 года от студентов стали поступать жалобы на нерадение Модераха, на скудость содержания и однообразие пищи. Ломоносов сам занялся студенческим меню и послал распоряжение, чтобы «приготовлять явства разные» по составленному им расписанию — «студентам в обед по пяти, в ужин по три, гимназистам в обед по три, в ужин по две перемены [то есть блюда]». Обидчивый и давно помышлявший об уходе Модерах теперь уже совсем «не прилагает старания об их содержании». Когда обратились к нему с просьбами, то «он, не внимая ничего, с ругательством выгонял от себя». Узнав об этом, Ломоносов своею властью отрешил Модераха от должности и на его место назначил профессора Котельникова. Модераху же было приказано выехать из университетского дома к пасхе, а так как он стал упрямиться, то Ломоносов распорядился «в таком случае у тех покоев, в которых он жительство имеет, оконницы и двери выставить вон и тем его выехать принудить».
Ломоносов, терпевший в юности горькую нужду ради науки, принимал близко к сердцу нужды академических учеников. И у него, по его собственным словам, «до слез доходило», когда он, «видя бедных гимназистов босых, не мог выпросить у Тауберта денег». Ломоносову удалось улучшить положение гимназии. Он не только добился, своевременной выдачи денег на кошт гимназистов, но и увеличения им содержания до сорока восьми рублей в год вместо прежних тридцати шести. Он присмотрел для помещения гимназии и университета новый дом на Мойке. Ломоносов сломил сопротивление неумолимой канцелярии. Даже сам Тауберт «не казался быть тому противен». Но, улучив время, «когда Ломоносов за слабостию ног не мог толь часто в Канцелярии присутствовать», Тауберт заготовил ордер, «чтобы оный дом купить под типографию и другие дела, а университет и гимназию совсем выключил».
Ломоносову пришлось разбивать доводы Тауберта, доказывать, что под типографию и книжную лавку заняты «знатная часть академических палат и два целые каменные дома… в коих многие покои под себя занял советник Тауберт», что «анатомический театр должен быть не в жилом доме, ибо кто будет охотно жить с мертвецами и сносить скверный запах» — особенно астроному не будут приятны эти мертвецы, «когда занадобится ему итти в ночь на обсерваторию».
Ломоносову удалось с боем занять спорный дом под гимназию и университет.
19 января 1759 года Ломоносов предложил Академической канцелярии утвердить составленные им «Узаконенья» — правила поведения для гимназистов, строго наказывая «к наукам простирать крайнее прилежание и никакой другой склонности не внимать и не дать в уме усилиться», соблюдать чистоту «при столе, в содержании книг, постели и платья», запрещал «тихонько подшептывать» не знающим твердо уроки.
В Петербургской Академии наук, где иностранная речь слышалась все еще чаще, чем русская, Ломоносов сплачивал вокруг себя национальные силы. Он был окружен русскими людьми, готовыми пойти за него в огонь и в воду. Вся поголовно академическая мастеровщина, русские подканцеляристы, библиотекари, студенты, адъюнкты видели в нем своего заступника, который постоит за них в беде и не допустит неправды. В профессорском собрании русские адъюнкты дружно поддерживали все предложения и начинания Ломоносова и поднимали целую бурю, когда надо было отстаивать его дело. Ломоносов считал своим нравственным долгом помогать каждому русскому человеку, стремящемуся к науке. В течение всей своей жизни он выдвигал, растил и защищал русских ученых, стремился обеспечить им возможность развить свои дарования, создать им благоприятные условия для работы, оградить их от происков беззастенчивых иноземцев, пытающихся оттеснить их от науки. «Я сквозь многие нападения прошел, и Попова за собой вывел и Крашенинникова», — с гордостью говорил он о себе в конце жизни.
Ломоносов первый заметил и одобрил книгу Степана Крашенинникова (1711–1755) «Описание земли Камчатки», совершенно исключительную по разносторонности, наблюдательности, богатству материала, прекрасному русскому языку. В течение пяти лет он настойчиво добивался опубликования этой книги, сам производил из нее выборки для Вольтера, работавшего над историей Петра. Крашенинников не дожил до выхода в свет своего труда. Он умер 25 февраля 1755 года, через день после памятного заседания в Академии наук, на котором обсуждался новый регламент. Больной Крашенинников пришел на это заседание поддержать Ломоносова, ожесточенно защищавшего свой проект. Ломоносов не забыл верного ему по смерть друга и довел до конца издание его книги.
Ломоносов стремится к тому, чтобы в руководстве Академией наук было по крайней мере «в голосах равновесие между Российскими и иноземцами», а для того в январе 1761 года предлагает назначить членом Академической канцелярии талантливого математика, ученика Леонарда Эйлера, профессора Семена Котельникова (1723–1806), и ему «науки поверить», то есть возложить заведование научной частью. «Довольно и так иноземцы русскому юношеству недоброхотством в происхождении препятствовали», — восклицает Ломоносов. Что же касается Тауберта, то ему «не иметь никакого дела до наук», а поручить «привести в добрый порядок» библиотеку, кунсткамеру и книжную лавку.
Ломоносов хотел обеспечить русским ученым достойное место в Академии, но, стремясь провести в жизнь свою программу, встречал ожесточенное сопротивление. В одной из своих записок о положении в Академии Ломоносов утверждает, что Шумахер нередко говаривал: «Я де великую прошибку в политике сделал, что допустил Ломоносова в профессоры», а зять его Тауберт вторил: «Разве де нам десять Ломоносовых надобно — и один нам в тягость». Ломоносов яростно обрушивался на «наглых утеснителей наук», но не всегда видел стоящие за ними социальные силы.
Шумахер и его приспешники были сильны не сами по себе. Они не могли бы «завладеть» Академией, если бы их не поддерживали правящая верхушка, реакционеры и обскуранты из среды русского дворянства. Правящие классы вовсе не были заинтересованы в демократизации науки в России.
Поэтому и было так трудно бороться Ломоносову. Его усилия, направленные к обновлению Академии наук, к перестройке всей ее жизни на новых началах, встречали холодное непонимание или откровенную враждебность власть имущих. Это отчетливо сознавал и сам Ломоносов, который, составляя план своего обращения к Теплову, написал: «Стараюсь Академию очистить. А со стороны портят».
Представители правящих классов чувствовали, что Ломоносов заходит в своих требованиях слишком далеко, и потому неохотно шли ему навстречу. Ему трудно было чего-либо добиться, даже от своих признанных покровителей. Но Ломоносов не складывает оружия. Он сам говорит о себе, что получил в дар от природы «терпение и благородную упрямку и смелость к преодолению всех препятствий к распространению наук в Отечестве, что мне всего в жизни дороже» (письмо к Теплову от 30 января 1761 года).
Настойчивость и упорство Ломоносова не ослабевают, невзирая ни на какие препятствия. Он подает одну за другой докладные записки, планы, проекты, доношения, рапорты, постоянно напоминает о них, следит за их судьбой. Он обращается в сенат и к Разумовскому, осаждает своими требованиями Академическую канцелярию и собрание профессоров. Он стучится во все двери, обращается к своим покровителям и к своим недругам, пишет горячие послания вельможам и академикам. «Одобрите мое рачение к размножению в Отечестве природных ученых людей, в которых не без основания видим великий недостаток», — пишет он М. И. Воронцову 30 декабря 1759 года.
С начала 1760 года Ломоносов снова начинает бороться за преобразование Академии. Он составляет новую докладную записку «о худом состоянии Академии» и требует пересмотра, академического регламента, «дабы Академия не токмо сама себя учеными людьми могла довольствовать, но размножить оных и распространить по всему государству».