В одном рукописном сборнике XVIII века сохранилась небольшая литературная сатира «Сон, виденный в 1765 году Генваря первого». Автором этого произведения был Федор Эмин, стяжавший через несколько лет шумную славу журналиста и литератора. В этом новогоднем «сновидении» некая старая волшебница приводит автора на остров, населенный просвещенными и одаренными разумом животными, составляющими ученое собрание, во главе которого «был ужасный медведь, ничего не знающий и только в том упражняющийся, чтобы вытаскивать мед из чужих ульев и присваивать чужие пасеки к своей норе; он же слово «науки» разумел разно: то почитал оное за звание города, то за звание села. Советник сего собрания был прожорливой волк и ненавидел тамошних зверей, ибо он был не того лесу зверь, и потому называли его «чужелесным». Только один был там, который «имел вид и душу человеческую». «Он был весьма разумен и всякого почтения достоин, но всем собранием ненавидим за то, что родился в тамошнем лесу, а прочие оного собрания ученые скоты, ищущи своей паствы, зашли на оный остров по случаю».
Сон, привидевшийся Эмину, весьма прозрачен. Нетрудно разгадать, что сластена-медведь, охотник до чужих пасек, — это гетман и президент Академии Кирила Разумовский, злобный волк — советник Иоганн Тауберт, а душу человеческую имел один Ломоносов. Эмин хорошо уловил настроения многих русских людей, безмолвно наблюдавших обстановку в Петербургской Академии наук.
С августа 1754 года в Академии шла то глухая, то крайне ожесточенная борьба за новый устав. В связи с общим указом Елизаветы о рассмотрении и исправлении российских законов сенат повелел учинить и рассмотрение Академического регламента. Теплов составил проект нового регламента, на который страстно обрушился Ломоносов. В составленной им особой записке «О исправлении Академии» Ломоносов прежде всего указывает, что в Академии ровно ничего не делается для подготовки русских ученых, что вся учебная работа в Академии развалена, что со времени нового регламента, который был дан в 1747 году, «в семь лет ни един школьник в достойные студенты не доучился. Аттестованные приватно прошлого года семь человек латинского языка не разумеют, следовательно на лекции ходить и студентами быть не могут».
Ломоносов хочет обеспечить приток к научной работе «всякого звания людям». Он жалуется на то, что в России, «при самом наук начинании, уже сей источник регламентом по 24 пункту заперт, где положенных в подушный оклад в университет принимать запрещается. Будто бы сорок алтын толь, великая и казне тяжелая была сумма, которой жаль потерять на приобретение ученого природного россиянина и лучше выписывать! Довольно бы и того выключения, чтобы не принимать детей холопских». Ломоносов не ставит вопроса о возможности приема крепостных, ибо это значило затронуть общий вопрос о правовом положении крепостных крестьян, что, разумеется, было неосуществимо. Но Ломоносов стремится открыть доступ к науке хотя бы для большего числа государственных крестьян и посадских, положенных в подушный оклад. Выдвинутые требования Ломоносова были встречены в штыки, тем более что становилось очевидно, что Ломоносов ввиду постоянного отсутствия президента добивается непосредственного участия в управлении Академией.
Ломоносов действовал прямо, честно и открыто. Его враги прибегали к всевозможным уловкам и интригам, чтобы сорвать, опорочить или сделать невозможным дальнейшее обсуждение его предложений. Так поступали они и на этот раз, воспользовавшись горячностью Ломоносова. Три заседания — 17, 18 и 21 февраля 1755 года — заняло чтение предложений Тауберта. В заседании 23 февраля члены Конференции стали подавать свои мнения в письменном виде. Мнения зачитывались и обсуждались. Когда выступил Теплов, терпение Ломоносова иссякло. Начался горячий спор, во время которого Ломоносов выступил «с некиими словами», после чего Теплов объявил, что, «за учиненным ему от г. советника Ломоносова бесчестием, с ним присутствовать в академических собраниях не может». К Теплову присоединился Шумахер. И они демонстративно покинули заседание.
Академическая конференция «учинила» представление Разумовскому о наложении взыскания на Ломоносова. Разумовский в ответ на доношение, составленное академиком Миллером, прислал ордер, по которому Ломоносов был «отрешен» от «присутствия в профессорском собрании». Ломоносов был оскорблен этим решением. «Спор и шум воспоследовали. Я осужден. Теплов цел и торжествует», — писал он об этих событиях Шувалову 10 марта 1755 года. Он просит его «от такого неправедного поношения и поругания избавить». Через два дня Ломоносов пишет новое письмо Шувалову, в котором сообщает, что собирался поутру прийти к нему лично, да не хочет ему докучать своим «неудовольствием», а «второе, боюсь, чтобы мне где нибудь Теплов не встретился». Видимо, Ломоносов, зная свою горячность, не ручался за себя.
По ходатайству Шувалова непосредственно перед Елизаветой Разумовскому пришлось не только отменить свое «определение», но и поспешно затребовать обратно ордер и решение Конференции, «не оставляя с них копии».
Противники Ломоносова радовались, что отстояли старый регламент и «полновластие» весьма удобного для них президента.
В феврале 1757 года Кирила Разумовский назначил Ломоносова и Тауберта присутствовать в Академической канцелярии в помощь дряхлеющему Шумахеру. Скоро в ведение Тауберта перешли все хозяйственные дела: закупки, постройки, подряды, академические мастерские, словолитня, типография, переплетная, книжная лавка. В мае 1758 года Тауберт был сравнен в чине с Ломоносовым, и ему назначено 1200 рублей жалованья. Ломоносов представлял огромную силу, и с его мнением приходилось считаться. «Те, кто бывает в канцелярии, — писал Миллер Разумовскому, — говорят мне, что г. Шумахер не произносит ни одного слова, а г. Тауберт высказывается неумеющим противоречить тому, что предлагал Ломоносов». Став советником Академической канцелярии, Ломоносов зорко следил за тем, чтобы наука отвечала потребностям страны. Уже 6 марта 1757 года, по указанию Ломоносова, Академическая канцелярия «предписала ордером», чтобы его преемник по кафедре химии Сальхов «свои ученые разыскания в химии употреблял больше на такие вещи, кои натурою производятся в пределах Российской империи и из которых бы народу впредь польза быть могла».
Став во главе Академической канцелярии, Ломоносов обращает внимание решительно на все академические учреждения. Его беспокоят и непорядки в обсерватории и состояние Ботанического сада, который «лежит в запустении и больше на дровяной двор походит». Ломоносов намечает меры для расширения Ботанического сада.
Особенное внимание Ломоносов обращает на состояние числящихся при Академии наук гимназии и университета, которые и получает в свое ведение в январе 1760 года. Ломоносову досталось тяжелое наследство.
Бедственное положение гимназии лучше всего видно из рапортов Семена Котельникова, которого Ломоносов назначил инспектором в 1761 году. На Троицком подворье, где находилась гимназия в сентябре 1764 года, по донесению Котельникова, «двери во всем доме так ветхи, что не токмо не можно плотно затворить и запереть, но и замка и петель прибить нельзя. Окончины такожде ради ветхости стекол не держат, чего ради в покоях у учеников и студентов, такожде и в классах принуждены сторожа зимою окны тряпицами и рогожами завешивать». На кухне замерзало в квашне тесто, в классах — чернила. Голодные студенты изнывали от стужи и болели цингой. «Учители в зимнее время дают лекции в классах, одевшися в шубу, разминаяся вдоль и поперек по классу, и ученики, не снабженные теплым платьем, не имея свободы встать со своих мест, дрогнут, от чего делается по всему телу обструкция и потом рождается короста и скорбут».