Гонсевский давно помышлял о том, чтобы низложить Гермогена, а на патриаршество возвести Игнатия Грека. В свое время Игнатий первым из церковных иерархов перешел на сторону Лжедмитрия I, за что и получил от него сан патриарха. После переворота 17 мая 1606 года он был низложен и заточен в Чудов монастырь, а с водворением в Кремле поляков освобожден. Однако никто из современников даже словом не обмолвился о возвращении Игнатию сана патриарха. Бояре и князья церкви не забыли, как этот чужеземец потворствовал прихотям Отрепьева и скрыл, что на троне сидит тайный католик. В 1611 году семибоярщина не склонна была видеть во главе церкви Игнатия. Готовя расправу над Гермогеном, власти нашли приспешников в высшей церковной иерархии. Главным из них стал грек Арсений, служивший при царских гробах в Архангельском соборе и потому носивший сан архангельского архиепископа. Грамоты к Сигизмунду, составленные осенью того же года, начинались словами: «Наияснейшему великому государю Жигимонту III и проч. великого московского государства ваши государские богомольца Арсений архиепископ Архангельский и весь освященный собор и ваши государские верные подданные бояре» и т. д. Арсений угодничал перед Гонсевским не меньше, чем Игнатий. Патриарх Гермоген никогда не подписал бы грамоту, в которой прирожденные великие бояре называли себя верноподданными короля.
Столичное духовенство в целом сохраняло лояльность по отношению к Гермогену. Но нашелся предатель, подавший обширный донос на патриарха. Позже Гонсевский предъявил «письмо руки священника вашого московского», из которого следовало, что глава церкви «священником в Москве повелевал, штоб (они. — Р.С.) сынов своих духовных против нас… в гнев и ярость приводили». Из доноса явствовало, что патриарх был виновником восстания, что он «учал смуту и кровь заводить» на Москве. Поп-доносчик привел в своем писании данные, которые должны были доказать, что Гермоген вел неправедную жизнь с молодых лет, когда «бывал в казаках донских» и когда служил священником в Казани. Приспешники Гонсевского не поленились обратиться в казанский дворец и тщательно собрали все жалобы, поступавшие на Гермогена еще в бытность его казанским архиепископом. Но, сколько бы доносов ни попало в руки властей, улик против Гермогена было явно недостаточно. Низложить патриарха мог только собор. Гонсевский не решился организовать соборный суд на Гермогеном. Дело ограничилось тем, что Гермогена по приказу Гонсевского согнали с патриаршего двора.
Официальная версия, изложенная в королевской грамоте в апреле 1611 года, сводилась к следующему: «По ссылке и по умышлению Ермогена патриарха московского с Прокофьем Ляпуновым почала на Москве во всяких людех быти великая смута». Следуя польским отпискам из Москвы, гетман Жолкевский писал, будто Гермоген признал свою вину. Однако в записках архиепископа Арсения, а также в «Летописце», составленном при дворе Филарета Романова, есть обратные свидетельства. «Некоторые говорили, — сообщает Арсений, — что восстание городов и народа произошло по совету патриарха Гермогена, хотя истину ведает господь, потому что сам он отрицал это».
При изгнании Гермогена с него содрали святительские одежды и в простом монашеском платье отвезли на подворье Кирилло-Белозерского монастыря в Китай-городе. К опальному патриарху приставили стражу из 30 стрельцов.
Между тем к Москве подошли новые силы земского ополчения. При поддержке восставших москвичей они заняли подавляющую часть территории столицы. Но семибоярщина и интервенты удержали в своих руках Кремль и Китай-город, где находилась лучшая часть русской артиллерии. Ополчение не располагало ни достаточными силами, ни необходимыми для осады тяжелыми пушками. Земские полки предприняли генеральный штурм, но понесли огромные потери и не смогли овладеть неприступными укреплениями. В дни боев за Москву в таборах первого ополчения возник постоянно действующий Земский собор — Совет всей земли. Впервые в истории собор не включал ни официальную Боярскую думу, ни высшее духовенство. Новое правительство фактически возглавили Ляпунов и двое его сотоварищей — казацкий предводитель Иван Заруцкий и князь Дмитрий Трубецкой. Первой проблемой, с которой столкнулись земские правители, явился голод в таборах. Спасаясь от голода, казаки самочинно изымали хлеб у населения. Ляпунов пытался пресечь грабежи с помощью суровых мер. Рознь между казаками и дворянами, мечтавшими о восстановлении крепостничества, усилилась. Гонсевский использовал эту рознь для провокации против Ляпунова. Московские дьяки сочинили грамоту с приказом «бить и топить» казаков по всей стране. Грамота была снабжена фальшивой подписью Ляпунова и переправлена в таборы. Возмущенные казаки вызвали Ляпунова на круг для объяснения и зарубили его. Опасаясь за свою жизнь, дворяне стали тайком покидать полки.
Земское правительство лишилось вождя в то самое время, когда внешнеполитическое положение России резко ухудшилось. Двадцать месяцев гарнизон и население Смоленска героически обороняли свой город. Борьбой умело руководил боярин Михаил Шеин. Осажденные решительно отказались подчиниться приказу семибоярщины прекратить борьбу. К концу осады немногие из них остались в живых. 3 июня 1611 года королевские войска ворвались в Смоленск и захватили его.
Тем временем шведский король Карл IX, лицемерно предлагавший земскому правительству помощь, предпринял широкое вторжение в русские пределы. 16 июля его войска прорвали внешний пояс обороны Новгорода и захватили посад на Софийской стороне. Воевода и дворяне имели возможность обороняться в Кремле. Но они предпочли последовать примеру семибоярщины. Воеводы, митрополит и «лучшие люди» объявили о создании Новгородского государства и подписали со шведским генералом договор об избрании царем сына Карла IX. Их предательство дорого обошлось России. Одна за другой перешли в руки шведов неприступные крепости, прикрывавшие северные рубежи страны.
Каким бы гонениям ни подвергали захватчики Гермогена, в глазах народа он оставался единственным законным пастырем православной церкви. Семибоярщина, а также польские командиры должны были считаться с этим. Осенью они направили к опальному первосвященнику целую делегацию. В книгах Разрядного приказа записано, что «польские люди от всего рыцерства послали к патриарху Ермогену на Кирилловское подворье полковника Казановского с товарыщи», а семибоярщина направила бояр князя Бориса Михайловича Лыкова, Михайлу Салтыкова и дьяка Василия Янова. Посланцы имели поручение «патриарху говорить и бить челом, чтобы он в полки к московским людем отписал и велел им с полки от города отступить, а они (власти. — Р.С.) пошлют к королю послов, чтобы он по-прежнему договору королевича на Московское государство дал вскоре». Как и во время предыдущих переговоров, дело дошло до прямых угроз. Но они не подействовали на непреклонного старца. «Что-де вы мне уграживаете, — заявил опальный Гермоген, — единого-де я бога боюся, будет вы пойдете, все литовские люди из Московского государства, и яз их (воинов ополчения. — Р.С.) благословляю отойти прочь; а будет вам стояти в Московском государстве, и яз их благословлю всех против стояти, помереть за православную христианскую веру». Посланцы не добились цели. Гермоген отверг их предложения, потребовал немедленного вывода иноземных войск из России, а под конец пригрозил изменникам проклятием: «Им Ермоген в том отказал и говорил, что он их (земских людей. — Р.С.) благословляет за Московское государство пострадать не токмо крови, и до смерти, а их треклятых проклинает».
В подложной грамоте, составленной агентами Гонсевского в январе 1611 года, владыке приписывались резкие обличения по адресу главы семибоярщины Мстиславского и призывы к оружию: «Князь Федор Иванович Мстиславский со всеми иными боярами и думными людьми Москву литве выдали… и они б (нижегородцы. — Р.С.), собрався все в сбор со всеми городы, шли к Москве на литовских людей». Приписывая святителю обвинения против Мстиславского и всех вообще членов Боярской думы, составители подложной грамоты старались довести дело до полного разрыва между главой церкви и думой. Однако сохранилась подлинная грамота Гермогена к нижегородцам, написанная в августе 1611 года, и она свидетельствует, что глава церкви был трезвым политиком, не стремившимся стать великомучеником. В патриаршей грамоте не было ни единого слова по адресу Мстиславского и других членов думы, как не было и прямых призывов к оружию. Зато в ней говорилось о непорядках — грабежах и пьянстве — в лагере подмосковного земского ополчения.