Разгром новгородской церкви, ограбление местных монастырей и казнь лиц духовного звания ухудшили взаимоотношения между царем и церковниками. Все это привело к тому, что власти вернулись к мерам ограничения податных привилегий монастырей. Сразу после отмены опричнины власти 9 октября 1572 года издали указ, согласно которому любые земельные пожертвования крупным монастырям полностью запрещались. Если дворянин завещал вотчину монастырю, «ино, — значилось в указе, — ее (вотчину. — P.C.) в Поместной избе не записывати, а отдавати ее роду и племяни, служилым людем, чтоб в службе убытка не было, и земля бы из службы не выходила». Исключение делалось для малоземельных монастырей, но и они могли принять земельные пожертвования лишь «доложа государя», с боярского приговора. Только одну серьезную уступку правительство сделало всему черному духовенству в целом. По приговору 1572 года наследники вотчин, некогда пожертвованных монастырям, навсегда лишились права выкупа родовых земель: «а монастырских вотчин вотчичем вперед не выкупати».
Многие годы особым расположением Грозного пользовались столичные обители. Симоновский монастырь удостоился чести быть принятым в опричнину. Двое архимандритов — чудовский и симоновский — сопровождали царя в Новгород зимой 1571/72 года. После отмены опричнины царь охладел к своим прежним любимцам, слишком тесно связанным с опричными руководителями, обвиненными в измене и казненными в 1570–1571 годах. Царь казнил духовных лиц, разграбил Софийский дом. Он знал, что из-за подобных святотатств рискует утратить славу благочестивого государя всея Руси. Стремясь не допустить этого, Иван IV взялся за перо, чтобы выставить себя поборником истинного благочестия и обличить монахов, погубивших праведное иноческое житие.
Особым доверием Грозного издавна пользовался Кирилло-Белозерский монастырь, в стенах которого царю и его сыновьям были отведены особые кельи. В разгар опричных казней на Белоозеро удалился Иван-Большой Васильевич Шереметев — один из выдающихся деятелей Боярской думы периода Избранной рады. Постригшись в монахи под именем старца Ионы, боярин благодаря своим исключительным богатствам приобрел большое влияние на дела обители. Новоявленный постриженник держал «про себя» особый годовой запас провизии и не считался с монастырскими запретами и ограничениями. В 1572 году Иван IV отослал в Кириллов родственника умершей жены Марфы Собакиной Василия Собакина, принявшего в монашестве имя Варлаама. Шумные распри между Ионой Шереметевым и Варлаамом нарушили праведное житие северной обители. Царь надеялся найти успокоение от мирских тревог в Кирилловском монастыре, но и тут крамольные бояре не желали оставить его в покое.
Когда кирилловские старцы обратились к государю с грамотой, сообщая о раздорах в монастыре и требуя совета и поучения, Иван IV, отложив дела, написал им обширную эпистолию. С притворным смирением царь-инок писал о том, что никогда не дерзнет учить послушников пречистой обители: «Увы, мне, грешному, горе мне окаянному, ох мне, скверному! Кто есть аз, на таковую высоту дерзати?» Далее самодержец каялся во всех смертных грехах: «А мне, псу смердящему, кому учити и чему наказати и чем просветити? Сам повсегда в пияньстве, в блуде, в прелюбодействе, в скверне, во убийстве, в граблении, в хищении, в ненависти, во всяком злодействе…»
Покончив с покаянием, царь подробно изложил свой взгляд на состояние монастырей и монашества в России. Отношения с духовенством Иван склонен был оценивать сквозь призму своих представлений о великой боярской «измене», имевших характер навязчивой идеи. Жертвуя земли и прочие богатства в монастыри, бояре, по мысли царя, неизбежно приобретали огромное влияние на монахов и на образ жизни в монастырях. Эта идея буквально пронизывает письмо царя в Кирилло-Белозерский монастырь, написанное осенью 1573 года. Прежние подвижники, писал Грозный, не гонялись за боярами, не говорили стыдных слов: «Яко нам з бояры не знатся — ино монастырь без даяния оскудеет». Нынешние же монахи «гоняются» за боярами ради их богатств, что и приводит в упадок даже самые знаменитые обители.
Пагубное влияние бояр на честное монашеское житие, утверждал царь, сказывалось во всем. Поселяясь в обители, бояре тотчас нарушают строгие монастырские уставы и вводят свои, «любострастные, уставы»; не хотят жить «под началом», бесчинствуют, развращают братию пирами. Грозный называл по имени виновников гибели благочестия: Вассиан Шереметев ниспроверг честное жительство в Троице-Сергиевом монастыре, его сын Иона тщился погубить последнее светило — Кирилло-Белозерский монастырь. Особым нападкам царь подверг за неблагочиние бывший опричный Симоновский монастырь и Чудов, власти которого были известны особой близостью к опричному руководству. Монахи, писал Грозный, ввели столько послаблений, что «помалу, помалу и до сего, яко же и сами видите, на Симонове кроме сокровенных раб божих, точию одеянием иноцы, а мирская вся совершаются, яко же и у Чюда быша среди царствующего града пред нашима очима — нам и вам видимо».
Иван Грозный считал себя хранителем чистоты православной церкви и всячески поощрял доносы на неблагочиние духовенства. В государственном архиве хранилось «сыскное дело про московского митрополита Антония да про крутицкого владыку Тарасия 7083 и 7084 году». Опись того же архива упоминает о четырех отписках к царю дьяка А. Я. Щелкалова. Против одной из отписок в тексте описи сделана помета: «Лета 7083-го сентября в 19 день такова грамота отдана по государеву приказу в Иосифов монастырь Офонасью Федоровичю Нагому…» Содержание одной из недатированных грамот изложено в описи более подробно: «Отписка Ондреева руки Щелкалова, писал ко государю о крутицком митрополите и о симоновском архимарите, что крутицкой митрополит пьет, а в город не выезжает, а симоновский архимарит, не хотя быть в архимаритех и умысля, причастился без патрихели, а сказал, что бутто ся беспаметством».
Розыск о митрополите Антонии и крутицком епископе Тарасии проводился на рубеже 7083–7084 годов, то есть летом — осенью 1575 года. Именно в это время царь предал суду архиепископа Леонида. Ни Антоний, ни Тарасий не поддерживали тесных связей с вождями опричнины, а затем с верхушкой «двора». По этой причине неблагочестие Тарасия легко сошло с рук. Он занимал свою кафедру по крайней мере до 1578 года. Симоновский архимандрит Иосиф умыслил сложить сан, чтобы избежать опалы и суда. Но его постигла неудача.
Гибель Леонида и архимандрита Евфимия подтверждает наличие обвинения их в заговоре и измене, но никак не факт самой измены. Леонид поддерживал дружбу с опричной администрацией Новгорода, позже с руководителями первого послеопричного правительства, перешедшими на поместья в Новгороде. Казнь руководителей «двора» повлекла за собой гибель близкого к опричнине духовенства.
Когда архиепископа Леонида предали пыткам, он покаялся в том, что участвовал в заговоре и впал в ересь, занимаясь колдовством. Д. Горсей является единственным автором, который сообщает о том, что во время суда над архиеписком были сожжены его ведьмы. Этот рассказ находит подтверждение в источнике, составленном на основании опричных архивов. Среди записей синодика, относящихся к 1575 году, можно прочесть следующие строки: «В Новгороде 15 жен, а сказывают ведуньи, волховы». Отмеченная подробность не оставляет сомнения в осведомленности Горсея.
Главным свидетелем обвинения в деле об измене Леонида выступал лейб-медик Бомелей. Выходец из Вестфалии Бомелей подвизался при дворе Грозного в роли придворного медика и политического советника, а также оказывал царю всевозможные грязные услуги: составлял яды для впавших в немилость придворных, некоторых из них (например, Григория Грязного) отравил собственноручно. На Руси иноземца и еретика считали колдуном и обвиняли во всевозможных преступлениях. Бомелей приобрел большое влияние на личность Грозного, впервые познакомив его с астрологией. Составленные им гороскопы сулили царю всевозможные беды, но открывали также и пути спасения.