Ни полная покорность, ни лесть окружающих не могли заглушить страх Грозного перед тайной боярской крамолой. Как человек благочестивый, государь даже готов был видеть в «измене» бояр наказание за грехи. «…По грехам моим учинилось, — писал царь Василию Грязному в 1574 году, — и нам того как утаити, что отца нашего и наши князи и бояре учали нам изменяти…»
В дни опричнины царь через посланника А. Дженкинсона просил королеву Елизавету о предоставлении ему убежища в Англии. В связи с отменой опричнины Иван IV уведомил посла о прекращении переговоров по этому поводу. Однако летом 1574 года тайные переговоры с английским двором были возобновлены. Пригласив к себе английского гонца Д. Сильвестра, Грозный заявил, что желает заключить с королевой специальный договор, который бы определял условия его приема и проживания в Англии. Самодержец требовал утверждения договора королевским советом.
Отменив опричнину, самодержец распустил опричную гвардию, место которой занял так называемый «двор». Малюта помог царю избавиться от опричных руководителей, забравших в свои руки слишком большую власть. Его влияние на дела было исключительным, но вскоре после отмены опричнины Скуратов погиб в Ливонии. Казни надолго прекратились. Видное место в первом послеопричном правительстве заняли представители фамилий, пострадавших от опричного террора. К числу их принадлежали В. И. Умной-Колычев и князь Б. Д. Тулупов. Объявив изменниками учредителей опричнины, самодержец приблизил ко двору лиц, пострадавших от них.
Грозный не доверял Москве и хлопотал о том, чтобы устроить себе резиденцию в Новгороде. Послушные воле самодержца, многие руководители «двора» поспешили расстаться со своими поместьями в московских уездах и получили от казны огромные новгородские поместья. Архиепископ использовал шанс, чтобы установить особые отношения с руководителями «двора», ставшими крупными новгородскими помещиками. Леонид не мог представить, какие последствия для него будут иметь связи с «двором».
На долю первого послеопричного правительства выпала трудная задача умиротворить и успокоить страну, потрясенную погромами и террором. Но оно не успело выполнить свою задачу и распалось под влиянием внутренних разногласий. Верх одержали Нагой, Бельский и Годуновы, настоявшие на возвращении к опричным методам управления страной. В. И. Умного и Б. Д. Тулупова обвинили в государственной измене и передали в руки палача. Семья Тулуповых была издавна связана с Софийским домом в Новгороде. Князь Андрей Тулупов служил главным боярином у новгородского архиепископа Пимена и погиб вместе с ним. Уцелевшие члены семьи Тулуповых сложили головы в августе 1575 года. Княжеский род Тулуповых-Стародубских был искоренен. Вместе с Умным погиб видный дворянин А. Старого-Милюков, ранее возглавлявший опричную администрацию Новгорода.
Попытка царя противопоставить Новгород Москве не привела к успеху. Противостояние между столицей и ее давним соперником приобрело новую форму и вновь закончилось не в пользу Новгорода. Розыски об измене Умного, Тулупова, Милюкова положили начало второму «новгородскому делу». Подозрения в измене пали на архиепископа Леонида.
Источники противоречат друг другу, коль скоро речь идет о времени суда над Леонидом. Курбский считал, будто архиепископ (имени которого он не знал) подвергся казни «аки по двух летех» после назначения в Новгород, иначе говоря, в 1573 году. Поздний новгородский летописец также утверждал, будто Леонид «бысть на владычестве два года». Приведенные известия лишены достоверности. Самым надежным источником следует признать «Краткий владычный летописец», который составлялся в новгородском Софийском доме и фиксировал продолжительность правления архиепископов в днях и месяцах. Этот источник сообщает, что Леонид пробыл на владычестве 4 года без полутора месяцев: с 6 декабря 1571-го (7080-го) до кончины 20 октября 1575 (7084) года. Ту же дату гибели Леонида (7084) называет и соловецкий летописец.
Существуют две версии гибели архиепископа. Согласно одной, он был казнен, согласно другой — умер в заточении.
По сведениям англичанина Джерома Горсея, суд, послушный воле монарха, приговорил владыку к смертной казни. Но затем сам царь помиловал архиепископа и заменил смертную казнь вечным заточением. Опального заковали в цепи и держали в погребе на хлебе и воде. Леонид в заточении прожил недолго.
Трагический конец архиепископа породил множество слухов и легенд. Псковский летописец записал слухи, будто царь «опалился» на Леонида «и взя к Москве и сан на нем оборвал и медведно ошив, собаками затравил». Но более достоверный источник — «Краткий владычный летописец» — умалчивает о казни Леонида и по существу подтверждает версию Горсея. В нем записано, что архиепископ «взят был к Москве в государевой царской опале, да тамо и преставися».
По свидетельству Д. Горсея, архиепископа Леонида оговорил дворовый медик Бомелей. Архиепископу предъявили обвинения в том, что он вместе с Бомелеем посылал шифрованные письма, написанные по латыни и по-гречески, королю Польши и королю Швеции, причем сношения осуществлялись тремя путями. Архиепископ якобы чеканил деньги и пересылал их вместе с другими сокровищами королям Польши и Швеции. Кроме того, Леонида обвинили в преступлениях против морали, мужеложстве, скотоложстве и других грехах. Начиная с июля 1572-го и до 1576 года в Польше продолжалось бескоролевье, прерванное на несколько месяцев в 1574 году. Один этот факт ставит под сомнение версию о тайной переписке Леонида с польским королем. Однако некоторые историки склонны доверять версии о заговоре.
Архиепископ Леонид подвергся опале не один, а вместе с другими видными деятелями церкви. Будучи в эмиграции, князь А. М. Курбский слышал, будто царь велел убить новгородского архиепископа «со двема опаты, сиречь игумены великими, або архимандриты». По крайней мере три летописи упоминают о казни заодно с Леонидом чудовского архимандрита. Наконец, можно сослаться еще на один источник — «Краткий синодик государевых опальных», который называет разом обоих «опатов» — сообщников Леонида. В синодике записаны одно за другим имена «архиепископа Леонида, архимандрита Евфимия, архимандрита Иосифа Симоновской…»
Признак, объединявший трех названных лиц в одну группу, очевиден. В составе священного собора не было святителей, которые стояли бы столь близко к опричному, а затем к «дворовому» руководству. Чудовский архимандрит Левкий оказал большие услуги царю при учреждении опричнины. Леонид стал его преемником. Царь отличил Леонида и послал его на архиепископство в опричный Новгород. Преемником Леонида в Чудове стал Евфимий. Московский Симоновский монастырь добился не меньшего доверия Грозного и в разгар террора был принят в опричнину.
Из-за раздора с могущественной аристократией царь в начале опричнины старался привлечь на свою сторону влиятельное черное духовенство. В то время он отступил от политики, выработанной в период Избранной рады, и щедро раздавал главным монастырям льготы и привилегии.
Затеяв борьбу с боярской крамолой и учредив опричнину, Иван IV употреблял всевозможные средства, чтобы доказать подданным, что не он, а его противники преступают христианские заповеди и впадают в грех, восстают против боговенчанного и богом данного им царя. В разгар казней самодержец учредил в Александровской слободе некое подобие опричного монастыря. На себя он взял роль игумена, Афанасию Вяземскому поручил роль келаря, Малюта занял скромный пост пономаря. Возвращаясь в слободу из очередного карательного похода, опричники сбрасывали запачканные кровью одежды и надевали монашеское платье. Наступала пора молитв, поста и покаяний. Сам игумен зорко следил, чтобы братия ни на йоту не отступала от устава монашеской жизни. Мнимые иноки рано поутру шли к заутрене, после молитвы собирались в скромно обставленной трапезной. Царь стоял, пока братия насыщалась скромной монастырской пищей. Остатки пищи «иноки» собирали со стола, чтобы напитать нищих и убогих. Иван относился к своим обязанностям игумена с большим усердием. Известно также, что царь сочинял молитвы, например канон Ангелу Грозному (Михаилу), писал музыку к церковной службе. Царская молитва Ангелу была пронизана страхом смерти, и в ней звучал бред преследования.