Она скорее могла ненавидеть его, чем опровергать. Несмотря на то что она читала творения св. Августина и Иеронима и не была знакома с сочинениями Лютера и Кальвина, ей все-таки казалось, что между различными исповеданиями христианской религии, в сущности, очень мало разницы. Поэтому она приняла протестантство больше из политических целей, чем из убеждения. В этом она видела средство привлечь к своей партии общественное мнение, придать ей главнейшее значение в государстве и ослабить враждебную ей партию. Она немедленно окружила себя людьми преданными и опытными. Между ними первые места занимали лорд Роберт Дедлей, один из сыновей герцога Нортэмбленда, назначенный ею великим шталмейстером и до самой смерти бывший ее любимцем, и лорд Уильям Сесил, получивший должность государственного секретаря. Умея сохранять привязанность тех, кого она выбрала, она всегда могла положиться на этих людей. Но при этом никогда ни на минуту не подчинялась влиянию своих любимцев. Она постоянно советовалась с ними, но принятие решений предоставляла себе. Свою волю, подчинявшуюся только личным расчетам или политическим интересам, она выказывала иногда немедленно, часто смело, но всегда повелительно — по-королевски. Такова была королева, сделавшаяся опорой религиозных диссидентов и всех недовольных существующим порядком дел в Шотландии. Мария Стюарт, следуя «дурным советам», вызвала своими поступками горячую ненависть Елизаветы.

Число религиозных диссидентов и недовольных в Шотландии беспрестанно увеличивалось, потому что регентша, Мария Лотарингская, выдав свою дочь за дофина, не считала нужным быть снисходительной к протестантской партии и думала, что может безнаказанно пренебрегать высшей аристократией государства. Она управляла при помощи французских солдат, следуя советам Франции, к которой в это время питали в Шотландии такую же ненависть, какую прежде — к Англии. Когда же на престол вступили зять и дочь Марии Лотарингской, она стала действовать еще неосторожнее.

Генрих II умер 10 июля 1559 года от удара копьем, полученного им на турнире, и оставил корону молодому Франциску II, который совершенно подчинился влиянию кардинала Лотарингского и герцога Франсуа де Гиза. Хотя за 3 месяца до этого (2 апреля) был заключен общий мир и хотя Елизавета была признана по этому трактату королевой, однако же Мария Стюарт не оставляла герба Англии, а теперь даже приняла титул королевы Англии и Ирландии. Это дерзкое и тщеславное присвоение титула заставило Елизавету поддерживать в Шотландии членов высшей аристократии и религиозных диссидентов реформатского исповедания, составлявших в Шотландии английскую партию. С этой минуты между местным дворянством и чужеземными войсками, между протестантами и католиками возник важный вопрос о том, кто одержит верх — аристократия или королевская власть, старый или новый порядок вещей. Отсутствие Марии Стюарт и неблагоразумие Марии Лотарингской дали возможность одержать верх аристократии и пресвитерианской церкви, которые приобрели господство в королевстве.

Это началось тогда, когда в управление государством вступил граф Аранский. Привлекаемый личными интересами на сторону Англии, он условился с другими лордами дозволить чтение библии на языке народном и разрешить евангелическим реформаторам и проповедь. Один из этих реформаторов, Джордж Уншарт, возвратившийся в это время из Англии, куда он бежал в предшествовавшее царствование, стал распространять новое учение. Своим учеником он считал знаменитого Нокса, который был незаменим в деле проповедания и утверждения протестантства.

В разгар борьбы с реформатской партией Мария Лотарингская скончалась в 1560 году. Теперь, естественно, влияние французской партии ослабело, и перевес взяла английская партия, стоявшая за союз с Англией. За отсутствием короля и королевы Шотландии управление государственными делами вручено было совету из двенадцати лиц; семь из них назначались королевой, а пять по избранию сословий; парламент также должен был собраться.

Вслед за уничтожением в Шотландии чужеземного господства произошла религиозная революция. Реформаторы во главе с Ноксом потребовали от парламента, чтобы в Шотландии были уничтожены римско-католическая церковь и католическое вероучение о пресуществлении тела Христова в хлебе, чтобы был произнесен осудительный приговор против верования в заслугу дел, в чистилище душ после смерти, паломничество. Словом, парламент должен был уничтожить таинства и обряды католического богослужения и лишить духовенство права заседать и подавать голос в собрании сословий. Парламент в большинстве удовлетворил эти требования; он удовлетворил реформаторов, признав их вероисповедание, удовлетворил и реформатское духовенство, уступив ему часть имущества, принадлежащего католическому духовенству.

Парламент потребовал, однако, от реформатских пасторов разъяснения их веры, которое они и дали. Это исповедание, составленное Ноксом, было почти тождественно с учением Кальвина. Парламент единогласно утвердил его. Победившие протестанты тотчас же выказали нетерпимость и прибегли к насилию. Решениями, следовавшими одно за другим, они отменили католическую церковь и папский суд в королевстве. Они определили суровое наказание для тех, кто станет служить католическую мессу (обедню) или присутствовать при ней, под угрозой в первый раз конфискации имущества, во второй — изгнания, а в третий — смерти. Парламент в отсутствие королевы предоставил соблюдение правосудия и управление государством двадцати четырем выдающимся членам господствующей партии. Одного из них отправили во Францию для представления предполагаемых мер на утверждение Марии Стюарт и Франциска II. Таким образом парламентские акты сделали из Шотландии род протестантской республики, управляемой дворянством и пасторами и находящейся под покровительством Англии. Члены парламента, не стесняясь, говорили: «Королева Елизавета позаботилась о безопасности и свободе Шотландии и потому королевство обязано ей более, чем своей собственной государыне…»

Мария Стюарт и Франциск II, как католики и как государи, не могли одобрить парламентские акты, изменявшие и состояние монархии и народную религию. «Мои подданные ведут себя не так, как прилично подданным. Я — их королева и научу покорности», — воскликнула в гневе Мария Стюарт. Однако вскоре она увидела, что невозможно силой принудить шотландцев к повиновению. Через несколько месяцев после этого неожиданно скончался Франциск 11(1560 г.), король Франции и муж Марии Стюарт. Последняя овдовела на восемнадцатом году жизни. Ее дяди, принцы Лотарингские, потеряли влияние при дворе, когда на престол вступил Карл IX; сама же она сделалась королевой одной Шотландии.

Только теперь она почувствовала, что теряла со смертью мужа. Прежде всего она заметила, что дворянство в Шотландии привыкло к мятежам и захватило власть в свои руки, что ее королевство против ее воли вступило в союз с соседней, прежде недружественной державой, что народ исповедует чужую религию. Обычаи, власть, политика, вера — все ей грозило опасностью. Она предалась глубокой печали и лишь через несколько недель стала принимать иностранных послов, выражавших ей соболезнование и уже делавших ей от различных королей предложения вступить в новый брак. Елизавета послала графа Бедфорда выразить ей сожаление, надеясь, что этим склонит ее подписать парламентские акты о господстве реформаторской религии в Шотландии. Но Мария Стюарт, ответив Елизавете любезным письмом, не подписала актов. Между тем партия католиков предложила ей немедленно вернуться в Шотландию. Через некоторое время Мария Стюарт решила отправиться в Шотландию, скорее не по желанию, а по необходимости. Она страшно боялась этого переезда. 14 августа она села на корабль в Кале. Заливаясь слезами, печально повторяла: «Прощай, Франция!..»

Через 7 дней она благополучно прибыла в Лейтский порт. Ее встретили народ и дворянство, проводившее королеву в замок ее предков, в Эдинбург. Радушие граждан хотя и тронуло ее, но не обрадовало. Она сравнивала бедность и дикость своей страны с пышностью Парижа. Вечером граждане Эдинбурга явились под ее окна, выражая музыкой своих скрипок и пением псалмов радость по случаю ее приезда.