Феофан Прокопович упоминает об обер-прокуроре синодальном. 11 мая 1722 года государь указал Сенату: «В Синод выбрать из офицеров доброго человека, чтоб имел смелость и мог управления синодского дела знать и быть ему обер-прокурором, и дать ему инструкцию, применяясь конструкции генерал-прокурора». Выбран полковник Болтин. Подчиненные Синоду приказы были: 1) духовная дикастерия в Москве, где управителем был синодальный советник архиепископ крутицкий, асессорами – три архимандрита; 2) Монастырский приказ, где управителем был судья, при нем советник и два асессора – все светские; 3) Приказ церковных дел, где был судья архимандрит и при нем игумен; 4) Канцелярия розыскных раскольничьих дел. При Сенате находился духовного Синода агент. Члены Синода нередко призывались в Сенат для общих совещаний, секретных и несекретных. Иногда при этих заседаниях присутствовал сам государь. Так было 12 апреля 1722 года, когда было рассуждаемо и постановлено: когда кто сговорит для вступления в брак, то отцов и матерей жениха и невесты приводить к присяге, что брак заключается по согласию их детей; из нижних чинов люди дают эту присягу при священниках и судьях светских, а знатные – при синодальных членах и архиереях. В домах господских церквей строить не позволять; в монастырях церквам быть одной соборной, другой – теплой, третьей – больничной, чтобы больше служб не было, а прочие церкви оставить разве для праздников годовых. При этом новгородский архиерей Феодосий предлагал, что больше трех церквей не нужно, потому что иконостасы, церковные уборы и кровли тратятся. Больных солдат, которые посланы будут в монастыри, причитать вместо убылых старцев и содержать их в монастырях, а кто в монастырях жить не захочет, тем корму не давать. Меншиков заметил, что этого нельзя сделать, потому что многие больные имеют жен. В этом же заседании определено было принять энергические меры для поддержания православия в польских областях, именно Феодосий новгородский предложил об утеснениях православным в Могилеве; Петр отвечал, что надобно туда определить комиссара для наблюдения, и если гонение не уймется, то с гонителями надобно управиться, как пристойно; в то место, где православные, послать резидента, который должен купить двор и построить для православных церковь. Постановлено также: в монастырях и церквах надгробные камни опустить в землю и надписать наверху их, кто погребен, и который камень останется, употребить на мощение и починку церквей. В монастырях женских сделать госпитали и перевесть женские монастыри туда, где каменные ограды. Тут же Синод предложил: раскольникам носить платье, как и бородачам, старинное, кроме красных цветов, потому что при том Платье для признаку раскольники должны носить красные козыри. Государь согласился на это предложение.
При самом учреждении своем Синод должен был заниматься известным нам делом о разводе Салтыковых, делом новым и трудным. По поводу этого дела Феодосий новгородский писал императрице Екатерине: «Всенижайше доношу вашему величеству о деле г. Салтыкова с женою его, которые хотят, чтоб дело по их желанию было сделано, а виноватого б не было, к тому ж и чести своей очень берегут и один другому не уступает; когда она подала челобитну на мужа в Синод, тогда его в С. – Петербурге не было, а когда он прибыл, тогда она из С. – Петербурга провалилась, а он без нее не хочет против ее челобитья ответствовать, отчего немалая в Синоде трудность. И ежели впредь так будут поступать, то нам нечем будет и начать. Не изволите ли, ваше величество, уведомиться чрез царевну герцогиню курляндскую о ее, Салтыковой, от мужа в Митаве побоях, такожде и у доктора ее высочества, который ежели ее, Салтыкову, после тех побоев пользовал лекарствами; секретарю вашего величества взять бы сказку за рукою оного доктора, которая бы нам к решению дела много помогла, понеже побоев смертных и несмертных никто так тонко не может рассуждать, как докторы. Сие написав, ежели что непристойное, всенижайше прошу прощения». В этом любопытном письме вскрываются причины той медленности, какою отличалось тогда наше судопроизводство. Отец Салтыковой, князь Григорий Федорович Долгорукий, также в письме к императрице указывает на другие причины медленности: «Всем обидимым милостивая мать! Известно вашему величеству, какие дочь моя от мужа своего нестерпимые обиды и смертные побои терпела и совсем ограблена и ныне без всякого милостивого страждет рассуждения, что еще по се время не только правого решения и ни начала по неусыпному моему прошению в ее известном деле нет, когда многие противные сильные особы людей в пользу его просят и принуждают, а моего никакого истинного прошения принять не хотят и к себе ни с какою истиною меня не допускают; того ради помянутый зять мой к Москве и по деревням всегда ездит и доныне гуляет и веселится и мне ругается, и я с моею фамилиею в слезах, едва жив, обретаюсь, что по се время ни в которой коллегии ни единого моего правого дела окончить, ни правым, ни виноватым учинить не хотят, токмо бесстыдно все продолжают до того времени, чтоб я отсюды по-прежнему отъехал».
Главными обязанностями новоучрежденного Синода, по мысли учредителя, были: устройство духовенства, преимущественно черного, противодействие расколу, преследование суеверий и распространение религиозно-нравственного просвещения в народе.
Мы видели, что древняя Россия передала новой монашество в самом неудовлетворительном положении, резко засвидетельствованном церковным и гражданским правительствами. Меры, принятые преобразователем для исправления зла, не имели успеха, только ярче выказали зло; они возбудили сильную вражду к преобразователю, который, разумеется, отвечал тем же чувством. От 1722 года осталось написанное рукою Петра толкование заповедей; на одной стороне написаны заповеди, на другой – какие грехи противны тому. Против 1-й заповеди написано: «Идолопоклонники и атеисты». Против 2-й: «Кто страха божия не имеет и все почитает легко, другие – от незнания учения». Против 3-й – Те ж, о которых во втором пункте писано, и презорцы и ленивые. Против 4-й – То ж, что во 2-м и 3-м. 5-й – Разбойники и им подобные, 6-й – Есть от тех же страха божия неимущих, есть от нужды, есть от великого вожделения, 7-й – Тати. 8-й – Бездушники. 9-й – Ябедники, 10-й – «Они ж. Описав все грехи против заповедей, един токмо нахожу грех лицемерия или ханжества необретающийся, чего для? Того ради, понеже заповеди суть разны и преступления разны против каждой, сей же грех все вышеписанные в себе содержит. Против первой грех есть атеиство (атеизм), которое в ханжах есть фундаментом, ибо первое их дело – сказывать видения, повеления от бога и чудеса все вымышленные; и когда сами они вымыслили, то ведают уже, что не бог то делал, но они; какая же вера в оных, а когда оной нет, то суть истинные атеисты. Против второй страха божия неимущие, понеже когда лгут на бога, какой уже страх божий в них обрестися может? Против третьей: сия равна второй, к тому ж прилагается: святи его, сиречь молися; молитва же от ханжей приятна ли богу, которая во лживых чудесах и фарисейских местах и атеистовскою совестью исполнена. Против четвертой: может быть, что натуральных отцов некоторые и почитают (но сие на удачу), но пастырей, иже суть вторые по натуральных отцы от бога определены, как почитают? Когда первое их мастерство в том, чтобы по последней мере их обмануть, а вяще тщатся бедство им приключить подчиненных пастырей оболганием у вышних, и вышних всеянием в народ хульных про оных слов, подвизая их к бунту, как многих головы на кольях свидетельствуют. Против пятой: который на свете разбойник только может людей погубить, как заводчик бунта, и все то чинят образом святыни, под видом агнца, прикрытые его кожей. На шестую: как бы мог муж незнакомого человека к жене допустить, и особливо бодрого и хорошего, а ханжу, еще и под руку приняв, отведет для благословения и пророчества, и, провожая назад, руки выцелует, и накланяется, считая за великую себе добродетель (что такого адского сына в свояки себе принял). На седьмую: не токмо одною рукой, но духом и обоими все крадут. На восьмую: в сем их и мастерство состоит, как выше писано. На девятую и десятую: сие все без разбору, понеже чем бы им питаться как следует? Скажут, что явилась икона где в лесу или на ином месте и явление было, чтоб на том месте монастырь сделать или пустыню, а монастырю без деревень быть нельзя, как недавно такое дело было в Преображенском, что два крестьянина пришли и сказали такое явление, чтоб построить монастырь и господина их деревню тут отдать. И тако сей грех все в себе содержит, а из грехов прочих не каждый может, например коли б разбойник стал ханжить, кто б его в артель принял? Когда б из шумниц (пьяниц) кто пришел на кабак святым образом и не стал бы пить и шалить с ними, все б от него побежали; когда б охотник молодой до Венуса пришел бы в компанию девиц в ханжеском образе, то ни у одной бы дружбы не сыскал. Когда б тать так себя учинил, товарищей бы не нашел, понеже чаяли б, что их искушает. Наконец, Христос Спаситель ничего апостолам своим боятися не велел, а сего весма велел: блюдитеся, рече, от кваса фарисейского, еже есть лицемерие».