14 сентября, оставив императорские яхты крейсировать по европейским портам, броненосец покинул гостеприимное королевство и через два дня прибыл в Кронштадт. 21 сентября он окончил кампанию, не разоружаясь, с тем чтобы после окончания достроечных работ направиться в Либаву. Туда же собирались «Полтава» и «Севастополь», завершавшие испытания в отдельном отряде контр–адмирала Ф. И. Амосова.

Вторник 12 ноября 1899 г., назначенный для выхода «Апраксина» в море, начался туманом и постепенным усилением северо–восточного ветра. Рассеявшийся около 15 час. туман позволил штурману «Апраксина» лейтенанту П. П. Дурново определить девиацию по створу Кронштадтских огней, а командиру В. В. Линдестрему принять решение следовать по плану. Наблюдая падение барометра, Владимир Владимирович рассчитывал укрыться в Ревеле, но туда еще надо было дойти.

К 20 часам ветер усилился до 6 баллов, а вскоре достиг силы шторма, усугубленного отрицательной температурой воздуха и метелью. Броненосец, покрывавшийся слоем льда, шел вслепую — вне видимости островов и маяков. Механический и ручной лаг из‑за замерзания воды и опасности посылки людей на ют не использовали, скорость определяли по оборотам машин. В 20 час. 45 мин. командир уменьшил ход с 9 до 5,5 уз., собираясь уточнить место путем измерений глубины моря. Не получив таким способом определенных результатов, В. В. Линдестрем и П. П. Дурново посчитали себя снесенными к югу и собрались определиться по маяку на о. Гогланд — самом крупном острове в центре Финского залива. На самом деле «Апраксин» оказался значительно севернее и в 3 час. 30 мин. 13 ноября на скорости около 3 уз. выскочил на отмель у высокого заснеженного юго–восточного берега Готланда.

Удар показался командиру мягким, а положение корабля вначале не безнадежным. Однако попытка сняться с мели полным задним ходом потерпела неудачу, а через час в носовой кочегарке показалась вода, которая быстро прибывала Корабль накренился на 10° на левый борт и на волнении сильно бился днищем о грунт. B. В. Линдестрем, думая о спасении людей, решил свезти команду на берег. Сообщение с островом, на котором собрались местные жители, установили с помощью двух спасательных лееров, поданных с формарса. К 15 часам переправу людей успешно завершили, прекратив перед этим поднятые уже после аварии пары в двух кормовых и во вспомогательном котлах.

Об аварии нового броненосца береговой обороны в С. — Петербурге узнали из телеграммы командира крейсера «Адмирал Нахимов», который на переходе из Кронштадта в Ревель заметил сигналы бедствия, подаваемые «Апраксиным». Управляющий Морским министерством вице–адмирал П. П. Тыртов немедленно распорядился направить к Гогланду из Кронштадта броненосец «Полтава», а из Либавы — «Адмирал Ушаков», снабдив их пластырями и материалами для спасательных работ. Для руководства последними назначался контр–адмирал Ф. И. Амосов, державший флаг на «Полтаве». Кроме боевых кораблей к спасению «Апраксина» привлекли ледокол «Ермак», пароход «Могучий», 2 спасательных парохода частного Ревельского спасательного общества и водолазов кронштадтской школы Морского ведомства «Адмирал Ушаков» до Гогланда не дошел — вернулся в Либаву из‑за поломки рулевого привода.

Утром 15 ноября к «Апраксину» прибыл Ф. И. Амосов, который, не разделяя первоначального оптимизма В. В. Линдестрема («при немедленной помощи броненосец будет снят»), нашел положение крайне «опасным» и зависящим от погоды. Борьбу со льдами, к счастью, мог обеспечить «Ермак», а вот телеграф для поддержания связи с С. — Петербургом имелся только в Котке, что затрудняло оперативное руководство работами.

Проблему организации связи удалось решить с помощью выдающегося изобретения конца XIX в. — радио. Докладом МТК от 10 декабря 1899 г. вице–адмирал И. М. Диков и и. о. главного инспектора минного дела контр–адмирал К. С. Остелецкий предложили связать о. Гогланд с материком с помощью «телеграфа без проводов», изобретенного А. С. Поповым. На опытах в кампании 1899 г. на Черном море, удлинив антенну с помощью воздушного змея, удалось добиться 16–мильной дальности связи. Управляющий министерством в тот же день наложил резолюцию: «Попробовать можно, согласен..» На место работе комплектами радиостанций вскоре направились сам А. С. Попов, его помощник П. Н. Рыбкин, капитан 2–го ранга Г. И. Залевский и лейтенант А. А. Реммерт. На Гогланде и на о. Кутсало до Котки начали сооружение мачт для установки антенн.

К тому времени выяснилось, что «Апраксин», по меткому выражению Ф. И. Амосова, буквально «влез в груду каменьев». Вершина огромного камня и 8–тонный гранитный валун застряли в корпусе броненосца, образовав левее вертикального киля в районе 12–23–го шпангоутов пробоину площадью около 27 м². Через нее водой заполнялись носовой патронный погреб пушек Барановского, минный погреб, подбашенное отделение, крюйт–камера и бомбовой погреб 254–мм. башни, весь носовой отсек до броневой палубы. Три других камня произвели меньшие по размерам разрушения днища. Всего корабль принял более 700 т. воды, которые нельзя было откачать без заделки пробоин. Застрявшие в днище камни мешали сдвинуть «Апраксин» с места. Авария получила широкий общественный резонанс и вызвала целый поток предложений по спасению броненосца, хлынувший в Морское министерство.

Все спасательные работы проводились под общим руководством и контролем самого управляющего министерством адмирала П. П. Тыртова, который привлек к этому важнейшему делу известных адмиралов И. М. Дикова, В. П. Верховского и С. О. Макарова, главных инспекторов из МТК Н. Е. Кутейникова, А. С. Кроткова, Н. Г. Нозикова. Непосредственное участие в спасательных работах под руководством Ф. И. Амосова приняли командир броненосца В. В. Линдестрем, младшие помощники судостроителя П. П. Белянкин и Е. С. Политовский, представитель Ревельского спасательного общества фон Франкен и указатель Нового Адмиралтейства Олимпиев, хорошо знавший корабль. Водолазами, работавшими в ледяной воде, руководили лейтенанты М. Ф. Шульц и А. К. Небольсин. Было решено удалить верхнюю часть большого камня с помощью взрывов, разгрузить броненосец, имевший к моменту аварии водоизмещение 4515 т., по возможности заделать пробоину, откачать воду и, используя понтоны, стащить броненосец с мели.

Попытки стащить «Апраксин» с мели по приказанию контр–адмирала Амосова предпринимались дважды: 26 ноября (ледокол «Ермак» плюс полный задний ход «Апраксина») и 9 декабря (то же плюс пароходы «Метеор» и «Гелиос»). После тщательного обследования корпуса и большого камня водолазам стало ясно, что эти попытки заранее обречены на провал.

Затянувшаяся до ледостава борьба с камнями при неудаче попыток сдвинуть «Апраксин» с места буксирами привели П. П. Тыртова к решению отложить его снятие с мели до весны будущего года. Ф. И. Амосова с «Полтавой» и большинством экипажа аварийного корабля отозвали в Кронштадт. Для обеспечения работ были оставлены 36 матросов с боцманом Иваном Сафоновым Опасности разрушения «Апраксина» нагромождением льдов удалось избежать с помощью «Ермака» и укреплением ледяных полей вокруг броненосца. 25 января 1900 г. председатель МТК вице–адмирал И. М. Диков прочел срочную телеграмму из Котки: «Получена Готланда телеграмма без проводов телефоном камень передний удален». Доложив ее П. П. Тыртову, Иван Михайлович получил указание сообщить содержание в редакции «Нового времени» и «Правительственного вестника»: это была первая в истории радиограмма, преданная на расстояние более 40 верст.

К этому времени под шпилем Адмиралтейства созрела мысль поручить дальнейшие работы по спасению броненосца специально назначенному энергичному флагману. Выбор пал на З. П. Рожественского. 22 января 1900 г. начальник ГМШ Ф. К. Лвелан обратился к последнему с письмом:

«Милостивый государь, Зиновий Петрович.

Вследствие приказания его императорского высочества генерал–адмирала, управляющий морским министерством поручает Вашему превосходительству наблюдение и направление хода работ по снятию броненосца «Генерал–адмирал Апраксин» с камней, почему Вам следует отправиться на остров Гогланд на «Ермаке», отходящем через несколько дней туда из Ревеля…»