Уже в 19 лет королева демонстрирует свой авторитарный стиль правления, не всегда совпадающий с курсом канцлера Оксеншерны. С. И. Улофссон пишет о её сознательной оппозиции клану Оксеншернов, обусловленной опасениями введения аристократической верхушкой республиканского правления в Швеции. Сейчас мы знаем, что клан Оксеншернов не имел никаких намерений свергать короля и вводить республику не планировал, но в то время это многим казалось вполне реальным. Королева как-то сказала, вспоминал английский посол Уайтлок, что канцлер питает надежды стать шведским Кромвелем.
Дядя королевы, адмирал К. К. Юлленъельм, по мнению Улофссона, в значительной степени влиял на её отношение и к Государственному совету, и к Оксеншернам. Вместе с Кристиной и престарелым Я. Делагарди он пытался организовать им оппозицию. Я. Делагарди потом перейдёт в лагерь оксеншернистов, но ему на смену придёт сын граф Магнус, из Германии вернётся Ю. А. Сальвиус, к ним присоединится адмирал Херман Флеминг. С этими людьми в 1650–1651 годах Кристина образует так называемую придворную партию.
В начале 1645 года Государственный совет разбирал спор между адмиралом К. К. Юлленъельмом и губернатором Стокгольмского и Упсальского ленов Тюре Оксеншерной, племянником канцлера. При наборе рекрутов в армию губернатор пытался незаконно забрать нескольких слуг адмирала. Управляющий адмиральским имением попытался защитить их от незаконной мобилизации, за что по приказанию Т. Оксеншерны был закован в колодки и подвешен в них на стену. Губернатор явно и грубо попрал закон, превысил власть и без всяких на то оснований применил жестокость и насилие по отношению к людям адмирала. По решению Государственного совета Оксеншерна должен был извиниться перед Юлленъельмом и искать примирения с пострадавшим управляющим. В противном случае он должен был пойти под суд.
На заседании 19 февраля (2 марта), на котором королева Кристина отсутствовала, Тюре Оксеншерна отказался подчиниться вердикту правительства и упорно оправдывал своё поведение. П. Брахе и Я. Делагарди попытались урезонить его, напомнив, что «Швеция — не Ливония, где с крестьянами обращаются как попало, здесь у нас закон и порядок, одинаковый и для благородных, и для подлых крестьян». Губернатор не сдавался и стоял на своём. Рассмотрение дела было перенесено на следующий день и обсуждалось уже в присутствии королевы. Кристина, разобравшись в происшедшем, постановила вызвать Тюре Оксеншерну на заседание совета и объявить ему королевское решение: либо он должен принести повинную, либо предстать перед судом.
На вопрос королевы, готов ли он пойти на примирение с адмиралом, распоясавшийся губернатор снова ответил отрицательно. Было очевидно, что он чувствовал себя уверенным в поддержке всесильного дядюшки и фактически делал вызов верховной власти в стране. И тогда королева произнесла речь, в которой заявила, что могла бы прибегнуть по отношению к губернатору к самым решительным мерам наказания, но, учитывая заслуги рода Оксеншернов перед королевством, делать этого не будет. Едва сдерживая раздражение, она говорила на повышенных тонах, и губернатор струсил и стал выражать Кристине благодарность за милость и благосклонность, оказанные ему и его семье. Но Кристина, не останавливаясь, продолжала бросать в его адрес всё новые и новые гневные обвинения, давая ему понять, что своим упрямством он оскорбил не только честь государства, но и честь королевы Швеции. Рассмотрение спора закончилось в пользу адмирала Юлленъельма на условиях, определённых Госсоветом.
Это был первый чувствительный удар, нанесённый по интересам клана Оксеншернов. Несмотря на глубокое уважение к «папе Акселю» и признание его несомненных заслуг перед страной, Кристина рассудила спорное дело не по «понятиям», а строго по закону. Это делало ей честь.
Канцлер вернулся в Стокгольм в сентябре и снова взял руководство Государственным советом в свои руки. Но Кристина по-прежнему проявляла свой нрав и высказывала своё мнение, не всегда совпадавшее с мнением членов совета, по всем принципиальным вопросам. Впрочем, она умела соблюсти меру и в конце ноября 1645 года решила подсластить горькую пилюлю Оксеншернам, возведя канцлера в графское достоинство.
А первое серьёзное столкновение королевы с «папой» произошло 14 (25) января 1647 года при обсуждении памфлета Ю. Маттиэ, касающегося внутреннего урегулирования противоречий в лютеранской церкви. Памфлет, сочинённый ещё в 1644 году, вызвал большое недовольство шведского клира. Шведская церковь обвиняла автора в кальвинизме, хотя он всего лишь призывал к веротерпимости. Королева открыто выступила в поддержку своего учителя и дала его книге положительную оценку. Аксель Оксеншерна находился в лагере наиболее рьяных критиков Маттиэ и считал, что памфлет не способствовал единению лютеран, а значит, наносил вред государству. Против этого возразить было трудно, и королева обратилась за советом к членам правительства. Возникла жаркая дискуссия, в ходе которой Кристина расплакалась, а члены Госсовета разошлись, не приняв никакого решения. Автор памфлета выступил с компромиссными заявлениями, похожими на покаяние, и разворошённый церковный «муравейник» во главе с канцлером успокоился. Было очевидно, что Кристина не хотела слишком далеко заходить в споре с канцлером и отступила, но простить ему своё поражение она не смогла.
Ещё одно столкновение с Государственным советом и риксдагом по тем же церковным вопросам закончилось уже в пользу Кристины. Двадцатилетняя королева, следуя по стопам отца, проявлявшего религиозную терпимость, решительно отклонила проект так называемого конкордата, регулировавшего формы общения шведских лютеран со своими собратьями в Европе и душившего любые проявления синкретизма. По-видимому, она в этот момент хотела, с одной стороны, продемонстрировать и консолидировать свою никому не подотчётную власть, а с другой — в затхлой обстановке воинственного и оголтелого шведского лютеранства очертить границы своей духовной независимости.
В марте следующего, 1648 года противостояние между королевой и канцлером снова обострилось. На сей раз предметом несогласия послужило предложение Кристины ввести в состав Госсовета заслуженного дипломата Ю. А. Сальвиуса. Она была заранее уверена в том, что предложение вызовет сильное сопротивление со стороны членов правительства, потому что Сальвиус был не благородного происхождения и дворянство получил за свои заслуги совсем недавно. Это её не смущало, и она решила дать своему правительству бой.
Положение усугубляло и то обстоятельство, что между Сальвиусом и сыном канцлера Юханом Оксеншерной, двумя самостоятельными и равноправными представителями Швеции на мирных переговорах в Оснабрюке, шли раздоры. Кристина же, открыто критикуя обоих представителей за медлительность, тайно поддерживала Сальвиуса, более склонного к компромиссам и скорейшему прекращению войны, нежели молодой Оксеншерна. К тому же Ю. А. Сальвиус входил в придворную партию королевы и был ярым противником клана Оксеншернов.
Для канцлера закулисная игра Кристины с Сальвиусом не была секретом, но предпринять что-либо против них он не мог. Акселя Оксеншерну весьма огорчало, что королева в частных письмах Сальвиусу критиковала его инструкции на переговорах, но когда Сальвиус по рекомендации Кристины показал адресованное ему королевское письмо французскому послу д’Аво, терпению канцлера пришёл конец и он выступил с резким протестом. Но Кристине удалось успокоить «папу», и они примирились.
Формальное предложение о кооптации Сальвиуса в состав правительства Кристина сделала 27 марта (7 апреля) 1648 года. На заседании присутствовали одиннадцать советников, включая четырёх ведущих. Королева могла рассчитывать на поддержку своего предложения лишь со стороны одного риксадмирала. Риксдротс П. Брахе был ненадёжен: с одной стороны, он вроде бы всегда выступал на защиту королевской семьи, но и поддерживал Оксеншерну как человек, сидевший в одной лодке с аристократами. Когда начались дебаты о выработке очередных инструкций для переговоров в Оснабрюке, королева демонстративно поддержала решение канцлера, что не могло не вызвать у него искреннего удовлетворения. Заседание шло гладко, дебаты проходили без сучка и задоринки, а вопросы решались быстро и по-деловому. Ясно, что королева хорошо подготовилась к основным дебатам о Сальвиусе и, прежде чем начинать бой, проявила по отношению к Государственному совету максимум доброй воли.