При канцелярии находились две экспедиции: первая ведала шифрами, а вторая — газетами (позже преобразована в бюро печати — то, что теперь называют пресс-отделом министерства). Но на самом деле канцелярия была похожей на настоящее разведывательное подразделение. В её составе находился так называемый «старший чиновник» или начальник «чёрного кабинета», в обязанности которого входили перехват и перлюстрация почтовой корреспонденции и секретных телеграмм иностранных представителей в Петербурге. Этот чиновник сидел в своём «чёрном кабинете» и заботился о том, чтобы секретные депеши аккредитованных при его императорском величестве Николае II иностранных послов и посланников непременно попадали на стол к русскому министру иностранных дел раньше, чем к адресату. Как вспоминают очевидцы, справлялся «чёрный кабинет» со своими обязанностями превосходно.

Попутно отметим, что удачно решать свои разведывательные задачи помогал ему сам способ передачи дипломатических депеш. Радио тогда ещё не было изобретено, но зато существовал телеграф. Собственными телеграфными станциями посольства не располагали — слишком дорого, и дипломаты, естественно, были вынуждены прибегать к услугам общегородских, разумеется центральных, телеграфных станций. Например, посол Великобритании или Франции, зашифровав текст послания своему министру иностранных дел, запечатывал его в конверт и отправлял с курьером на Центральный Петербургский телеграф. Там конверт с депешей ждал и перехватывал специальный чиновник «чёрного кабинета», он аккуратно его вскрывал и тщательно переписывал всю зашифрованную часть послания — цифирь. После этого он также аккуратно запечатывал конверт с текстом, отправлял его по назначению почтовому оператору, а копию шифрованного текста со срочным курьером переправлял криптографам канцелярии Министерства иностранных дел. Если шифр был уже взломан, то криптографы быстро переводили цифирь на понятный русский язык и доставляли текст непосредственно министру иностранных дел России. Если шифр был новый, то они приступали к его расшифровке. Тогда, чтобы облегчить задачу, их снабжали как можно большим количеством открытых исходных текстов из того же источника. Впрочем, шифры тогда были не такими уж и сложными, а русские математики всегда славились своими способностями. Примерно так же, по принципу взаимности, поступали и в Берлине, и в Париже, и в других европейских столицах, так что секретные депеши русских дипломатов тоже могли вскрываться и расшифровываться.

Департаменты делились на отделения и столы, возглавляемые столоначальниками и занимавшиеся дипломатическими отношениями с конкретными регионами или странами. Азиатский департамент, переименованный при Ламздорфе в 1-й, состоял из двух отделений: Ближнего и Дальнего Востока. Начальником первого был Д. К Семёновский-Курило, а второго — М. Г. Жданов. В отделении Ближнего Востока было четыре стола: турецкий, славянский, греческий и политический, в которых работали по два-три сотрудника. За громким названием политического стола скрывалась шифровальная служба департамента.

Департамент внутренних сношений ведал консульскими и юридическими вопросами, во главе его стоял опытный человек — барон Ф. Р. Остен-Сакен, привлекавший к себе всеобщее внимание тем, что не ходил в здании министерства, а бегал трусцой.

Департамент личного состава и хозяйственных дел (ДЛСиХД) министерства (по-нашему, административно-кадровый отдел) возглавлял М. Н. Никонов — типичный чиновник и пользовавшийся, по мнению сотрудников, дурной репутацией в денежных делах. Через департамент шло финансирование всех посольств, миссий и консульств, так что деньги к Никонову могли «прилипать» вполне свободно. Потом Никонова сменил аккуратный и тщательный во всём, высокий, представительный, краснощёкий остзейский барон К. К Буксгевден, по воспоминаниям современников, всегда приветливый и с постоянной самодовольной улыбкой на лице. Барон одновременно имел придворное звание шталмейстера и в официальных случаях являлся — к вящему изумлению молодёжи — в вицмундире и сапогах со шпорами.

При Н. К. Гирсе товарищем министра был Н. П. Шишкин, в то время как граф В. Н. Ламздорф считался ведущим советником министерства. Граф специализировался на составлении всех важных документов, в том числе и всеподданнейших докладов и был для Гирса незаменимым сотрудником. Продолжал работать горчаковский коллегиальный орган — Совет министерства, в который, в частности, входил профессор Ф. Ф. Мартенс (1845–1909), крупный юрист и знаток международного права, неизменный консультант министерства на всех переговорах и при заключении международных договоров, включая Портсмутский. Он оставил после себя фундаментальный труд «Современное международное право цивилизованных народов», оформленный в курс лекций, а также множество других публикаций, статей и трудов.

Судя по отзывам современников, профессор был о себе высокого мнения и иногда любил «пощеголять» своими знаниями. Статс-секретарь Государственного совета А. А. Половцов в своих мемуарах описывает заседание 18 февраля 1885 года Русского исторического общества, членом которого являлся Ф. Ф. Мартенс: «Мартенс душит нас рассказом, достойным сельского школьного учителя, о сношениях России с Пруссией во время Отечественной войны. С трудом прерываю этот педантический, бездарный рассказ…»

На 1902 год Министерство иностранных дел России имело следующую структуру:

министр — Ламздорф Владимир Николаевич;

товарищ (заместитель) министра — Оболенский-Нелединский-Мелецкий Валериан Сергеевич;

канцелярия — директор Ваксель Платон Львович;

1 — й департамент — директор Гартвиг Николай Генрихович;

2-й департамент — директор Милевский-Малевич Николай Андреевич;

Департамент личного состава и хозяйственных дел — директор барон Буксгевден Карл Карлович;

Государственный и Санкт-Петербургский Главные архивы — директор Стюарт Дмитрий Фёдорович;

Московский Главный архив — директор князь Голицын Павел Алексеевич.

При А. П. Извольском в Министерстве иностранных дел России тоже проводились реформы, отличавшиеся тем, что они были инициированы снизу. Старые обычаи «времён Очакова и покоренья Крыма» уже не отвечали требованиям времени. С приходом Александра Петровича окончательно уходили в небытие горчаковские патриархальные порядки, когда сановники министерства могли приходить в «присутствие» и уходить домой, когда им заблагорассудится, брать документы для работы на дому и без спросу родниться с иностранными гражданами. От находившихся за границей сотрудников (П. С. Боткин, Д. А. Эйхлер, Ю. Я. Соловьёв, И. Я. Коростовец, А. А. Гирс и др.) посыпались многочисленные предложения, для разбора которых была создана специальная комиссия.

Своим товарищем Александр Петрович назначил посланника в Гааге Н. В. Чарыкова[15], с которым учился в Александровском лицее. Потом Чарыков станет послом в Константинополе, а на его место заступит «кабинетный» дипломат А. А. Нератов, никогда за всю свою службу не занимавший ни одного заграничного поста.

Преодолев страшное сопротивление со стороны старого чиновничества (например, любимца Ламздорфа А. А. Савинского[16]), Извольский, в определённой степени следуя по стопам Горчакова, уволил управляющего второй (газетной) экспедицией Нивэ, назначил вместо него заведующего Санкт-Петербургским телеграфным агентством А. А. Гирса и установил тесный контакт и с агентством, и с прессой. Министр задался целью знакомить императора со всем тем, что появлялось в русской и иностранной периодике о России, русском правительстве и русской политике. Этим он наивно полагал привить Николаю II конституционный образ мысли. Будучи в области внутренней политики близким к кругу лиц, которые стремились сформировать правительство с участием общественных деятелей, Александр Петрович мечтал перенести этот принцип и на своё министерство. Но всё это были мечты и масса тщеславия — тщеславия, приведшего его к большой (боснийской) катастрофе для России и для него лично.