Особое внимание в работе комиссии занимали вопросы организации структуры контрразведывательных органов. Разногласия возникли по вопросам подчиненности контрразведки — Главному управлению Генерального штаба Военного министерства или Департаменту полиции Министерства внутренних дел. Здесь мнения представителей различных ведомств разделились, но в конечном итоге все пришли к выводу о необходимости учреждения в структуре тайной полиции специальных контрразведочных органов, так называемых «военно-розыскных бюро», входящих в соответствующие районные охранные отделения. Для этого необходимо было использовать как сотрудников охранных отделений, обладавших опытом в розыске преступников, так и сотрудников разведывательных отделений военных округов, ввиду их компетентности в военных вопросах и сосредоточения у них данных по разведке за рубежом. Руководство ими предлагалось возложить на офицеров-жандармов. По мнению членов комиссии, полагалось возможным направлять на должности помощников начальников военно-розыскных бюро, строевых обер-офицеров по распоряжению начальников штабов военных округов, но с предварительного согласия директора Департамента полиции.

Такая структура органов контрразведки позволяла Департаменту полиции осуществлять маневр наличными силами и средствами розыскных учреждений. По сути, это являлось реальным воплощением идеи Столыпина о неразрывности борьбы со шпионажем с деятельностью подразделений, обеспечивающих внутреннюю безопасность государства. Оперативный опыт являлся важнейшей составляющей для успешного решения задач по пресечению иностранного шпионажа в общегосударственном масштабе, а недостаток штатного личного состава Отдельного корпуса жандармов восполнялся кадрами армейских офицеров.

Первые военно-розыскные бюро предполагалось сформировать в семи крупнейших стратегически важных центрах империи — в Санкт-Петербурге, Варшаве, Киеве, Вильно, Одессе, Иркутске и Владивостоке. Общая численность в каждом предполагалась до 25 человек, включая офицеров-агентуристов, агентов наружного наблюдения и чиновников канцелярии. На эти расходы предполагалось затратить денежные средства в сумме 251 тыс. 520 руб. Предполагаемые расходы значительно превысили аналогичные затраты предыдущих лет. Однако по сравнению с растущим финансированием разведки: в 1908 г. – 585 130 руб., 1909 г. – 675 130 руб., 1910 г. – 875 130 руб., ассигнования на борьбу со шпионажем были явно недостаточными и носили остаточный характер. Создание контрразведывательных органов предполагалось завершить к 1 июля 1909 г.

Однако это не получилось. Многие идеи «комиссии Трусевича» оказались нереализованными. Ко времени подписания итогового протокола 25 марта 1909 г. он уже подал в отставку с должности директора Департамента полиции. 29 марта 1909 г. его место занял Нил Петрович Зуев, бывший до этого вице-директором Департамента полиции. В его компетенции находились организационные и хозяйственные вопросы, поэтому он особо не разбирался в проблемах государственной безопасности. Н. П. Зуев сосредоточился на упорядочивании кадровых и хозяйственно-финансовых вопросов, ведении делопроизводства. При нем была создана секретарская часть, в которой сосредоточилась вся переписка, производство дел, носивших «особый характер», контроль за ведением документации. Это был типичный бюрократ.

Вся оперативно-розыскная работа по обеспечению государственной безопасности оказалась в руках товарища (заместителя) министра внутренних дел, генерала Павла Григорьевича Курлова. По авторитетному мнению современного историка спецслужб 3. И. Перегудовой, истиной причиной отставки Трусевича явились его амбиции. Он почувствовал себя оскорбленным, когда его подчиненный П. Г. Курлов (вице-директор Департамента полиции) был в январе 1909 г. неожиданно назначен на высокую должность товарища министра внутренних дел, которую хотел получить сам руководитель государственной безопасности Российской империи. В марте 1909 г. Курлов стал шефом Отдельного корпуса жандармов, а бывший директор Департамента полиции М. И. Трусевич был назначен сенатором.

За всем этим крылась очередная политическая интрига, которыми так богата отечественная история. П. Г. Курлов был наиболее приемлемой фигурой на этой должности для ближайшего окружения последнего российского монарха. Премьер-министр П. А. Столыпин долгое время противился его назначению. Однако он уступил после того, как императрица по окончании одной из аудиенций бросила фразу: «Только тогда, когда во главе политической полиции станет Курлов, я перестану бояться за жизнь государя». Вновь назначенный товарищ министра и командир Отдельного корпуса жандармов был достаточно опытным администратором, имевшим представление о специфике политического розыска.

Он происходил из дворянского рода, принадлежащего к богатым землевладельцам Новгородской и Тверской губерний. В 1880 г. закончил по первому разряду Николаевское кавалерийское училище, проходил военную службу сначала в конно-гренадерском полку, а затем в корпусе пограничной стражи. В 1888 г. закончил по первому разряду Александровскую военно-юридическую академию и работал на прокурорских должностях в Костроме, Твери, Вологде, Москве. В 1903 г. Курлов перешел на службу в Министерство внутренних дел с назначением курским вице-губернатором. С мая 1905 г. занимал должность минского губернатора. По приказу Курлова 18 октября 1905 г. войска без предупреждения открыли огонь по участникам многотысячного митинга в Минске. Это событие, вошедшее в историю под названием «Курловский расстрел», явилось основанием для его отстранения от губернаторской должности и последующего сенатского расследования, которое, впрочем, было быстро прекращено. 7 октября 1906 г. Курлов был назначен членом Совета министра внутренних дел, а с декабря 1906 по февраль 1907 г. временно управлял Киевской губернией. В апреле 1907 г. назначен вице-директором Департамента полиции и куратором Особого отдела Департамента полиции. С сентября 1907 г. стал начальником Главного тюремного управления вместо убитого А. М. Максимовского.

Став товарищем министра внутренних дел, Курлов заведовал делами полиции и фактически, ввиду большой загруженности Столыпина, руководил работой министерства. Кроме того, он был куратором Департамента духовных дел иностранного исповедания и председателем Особого совещания с оставлением в должности шталмейстера Двора Его Императорского Величества. По Табели о рангах последняя должность соответствовала чину генерала от инфантерии российской армии. Курлов пользовался определенным влиянием при дворе и действительно много занимался организацией охраны царской семьи, сопровождая императора и его семью во время поездок по стране во время юбилейных торжеств: в честь 200-летия Полтавской битвы, в честь 200-летия присоединения Лифляндии к России. В ходе этих поездок впервые была апробирована деятельность Временного регистрационного бюро, специально созданного для проверки благонадежности населения. Безусловно, «лоббистские возможности» Курлова были достаточно высокими для решения вопроса об организации специальной контрразведывательной службы.

К этому времени могущественный премьер-министр России П. А. Столыпин утратил свое влияние на решение важнейших государственных дел. У него сложились непростые отношения с ловким царедворцем и опытным интриганом военным министром В. А. Сухомлиновым. Теперь от его поддержки во многом зависела практическая реализация решений 1-й Межведомственной комиссии по организации контрразведывательной службы. Однако сам Курлов полагал, что решение вопроса об организации специальных контрразведывательных органов является далеко не первоочередной задачей для российских спецслужб. Для начала он считал необходимым навести порядок в собственном ведомстве. В зоне особого внимания Курлова оказались проблемы оперативной деятельности охранных отделений. В частности, весьма острое значение приобрел вопрос о провокаторстве как методе борьбы с антиправительственными партиями и группировками.