К недостаткам обеспечения оперативной агентурной разведки нужно было отнести также погрешности на этапах подготовки и укомплектования, как на фронтах, так и в Центре. В них совсем не было предусмотрено обслуживающее звено и почти полностью отсутствовал рядовой и сержантский состав, а также сведено к минимуму число вольнонаемных сотрудников. Все делалось самими оперативными офицерами — от подбора, обучения, составления легенд и отправки разведчиков и агентов до упаковки грузовых парашютов, переноски их на автомашины и самолеты, ведения оперативной документации, подшивки бумаг в дела, печатания на машинке всей довольно обширной переписки и другой технической работы. В том, что старший помощник начальника 2-го отдела РУ ГШ полковник А.Н.Овчинников, к примеру, перетаскивал грузовые парашюты с оружием и боеприпасами весом свыше 100 кг, одним пальцем выстукивал на машинке какой-либо проект плана оперативного использования или охранял ночью склад с имуществом на аэродроме «подскока», нет ничего предосудительного, но эта техническая работа отрывала его от более важных оперативных дел, которые зачастую страдали от такого вынужденного «универсализма» офицеров разведки. Один-два сверхсрочника и дополнительно одна машинистка на направление в значительной мере разгрузили бы оперативный состав от второстепенной, но трудоемкой технической работы и дали бы ему возможность лучше выполнять свои основные обязанности.
Всю войну разведка просуществовала без единого, утвержденного начальником ГШ положения, и поэтому каждый начальник действовал в меру своей подготовки и здравого смысла, а также временных наставлений и инструкций, диктуемых обстановкой и потребностями сегодняшнего дня. Причем эти потребности, как правило, были чрезмерно велики, а возможности ограничены. Так, в окруженный нашими войсками город Сухиничи нужно было в 1941 году сбросить листовки с предложением немецкому гарнизону капитулировать. Поскольку авиации для разбрасывания листовок не было, да и листовок, отпечатанных на машинке, было весьма ограниченное количество, последовал приказ послать в город для расклейки воззваний разведчиков. Как ни странно, такой приказ был отдан бывшим начальником РУ РККА, командующим 10-й армией Западного фронта генерал-лейтенантом Ф.И.Голиковым.
Все попытки убедить командующего в нереальности такой задачи ни к чему не привели. Только гибель нескольких лучших разведчиков-маршрутников доказала бесцельность попыток без агентуры силами солдат-разведчиков расклеивать воззвания на глазах у врага.
Во втором отделе РУ ГШ и агентурных отделениях РО штабов фронтов не было единой системы учета людей и выполненной ими оперативной работы. Личные дела разведчиков и агентов вследствие крайней загрузки офицеров велись небрежно. Лица, привлеченные в разведку на оккупированной территории находившимися непосредственно там разведчиками и агентами, зачастую не регистрировались, записи людских потерь, их причин и обстоятельств проводились неточно, родственники пропавших без вести и погибших извещались несвоевременно. Отметки об извещениях в делах погибших иногда не делались. Картотеки на агентов и разведчиков не велось. Вследствие этого после окончания войны еще длительное время возвращались не учтенные ранее сотрудники разведки, мнимо пропавшие без вести, родители и дети погибших обращались в РУ ГШ за справками, в Центр присылалось много писем с жалобами на плохое отношение на местах к бывшим разведчикам, которые по понятным соображениям вынуждены были скрывать истинную причину пребывания в тылу врага, вследствие чего многих считали предателями, которые сотрудничали с немцами. Приходилось вести расследования для реабилитации отдельных лиц, пропавших без вести или погибших при выполнении служебного долга в разведке, но на местах ошибочно считавшихся пособниками врага.
Особенно плохо обстояло дело с учетом разведчиков и их работы во фронтовом (до декабря 1942 года также и в армейском) звене, где зачастую из-за недостатка времени и кадров оперативных офицеров, кроме короткой анкеты и обязательства работать в тылу врага, в личных делах разведчиков и агентов никаких сведений не имелось, иногда даже отсутствовали пометки о переброске во вражеский тыл, выполненная работа учитывалась из рук вон плохо, обстановка в оккупированных районах обобщалась и систематизировалась неудовлетворительно.
Часто при реорганизациях и переформированиях войсковых объединений, особенно в первый период войны, во время ликвидации фронтовой и армейской агентурной разведки многие личные и оперативные дела на так называемый переменный состав уничтожали по актам (так было на Сталинградском и Донском фронтах в 1942 году). В результате в последующем о героических подвигах воинов-разведчиков в тылу врага можно было узнать лишь случайно от их очевидцев. Этим объясняется то обстоятельство, что факты массового героизма разведчиков стали известны лишь по окончании войны: подвиги Ани Шершневой, повторившей подвиг Матросова, Ани Петрожицкой, подорвавшей себя гранатой вместе с карателями, мужество Лиды Базановой перед расстрелом в Брестской крепости и многих других вскрылись лишь недавно. Многие из них еще не выявлены, а может быть, и забыты и погребены в тысячах дел специального архива ГРУ.
Слишком строго винить в халатности при ведении дел оперативных работников разведки военного времени, может быть, и будет поспешно. Они были так загружены повседневной работой по подготовке, отправке, обеспечению, приему людей, анализу поступающей информации и другими текущими вопросами, что на «канцелярию» времени не оставалось. До этой работы просто не доходили руки. Только по линии западного направления 2-го отдела РУ ГШ в тылу действовало до 50 групп, отрядов, резидентур, от которых в день поступало около 30 информационных и организационных радиограмм, почти каждая из которых требовала немедленного реагирования, принятия срочных мер — трудоемких, нуждающихся в ответственных решениях, связанных иногда с крупными материальными затратами, большим риском, и для всего этого штатами было предусмотрено 6 человек старших офицеров-универсалов, в равной мере способных вести переговоры с секретарями ЦК Латвии, Белоруссии, Эстонии по вопросам использования партизанского движения в интересах разведки и грузить на автомашину парашютные мешки с отправляемым в тыл врага имуществом. Для черновых работ в отделе не было предусмотрено ни одного сержанта или солдата. Все приходилось исполнять офицерам. Очевидно, только у нас в разведке можно было увидеть грузчика в звании полковника и писаря — майора. Такие же штатные нецелесообразности имелись во фронтовых разведорганах, пока там не догадались зачислить в штат несколько человек за счет прикомандированных решениями военных советов солдат и офицеров.
Несомненно, заранее разработанная форма учета личного состава с централизованной картотекой, где регистрировались бы все лица, использовавшиеся в разведке, и их работа, а также введение в штат каждого разведоргана специального человека, отвечающего за регистрацию разведчиков и агентов, сильно помогли бы упорядочению этого дела. Однако заблаговременно об этом не позаботились, а во время войны было уже не до того.
Из-за такого состояния дел спецархив ГРУ до 1972 года вынужден был проводить исследования деятельности бывших разведчиков и агентов советской разведки в период Великой Отечественной войны.
У многих тысяч людей, работавших в широко разветвленной сети разведорганов и оставшихся в живых, возникли сотни тысяч правовых, материальных, моральных запросов, поставленных перед ними жизнью. Потребовались доказательства службы в армии, объяснения факта пребывания наших людей на оккупированной территории, службы у немцев, подтверждения подвигов, для получения заслуженных наград, получения пособий по инвалидности и т.д. и т.п. На многие из перечисленных вопросов из-за скверного учета в военное время архив сейчас не в состоянии дать исчерпывающий ответ, вследствие чего ущемляются права наших патриотов-разведчиков, им наносятся незаслуженные обиды.