С этой частью выступления никто не спорил, ибо она соответствовала и настроениям думцев, и настроениям общества. Вопрос заключался в том, на каких принципах будет выстраиваться вероисповедная политика государства: на традиционной идее «православно-христианского государства» или на идее «светского государства». Что касается Думы, то она сохраняла приверженность идеям, изложенным в прошлогоднем (1906) законопроекте кадетов «О свободе совести».
Премьер же связал свое личное и правительства в целом понимание сути и направленности необходимых для России вероисповедных реформ с отношением Русского государства с Российской православной церковью. В его устах это выглядело так: «…многовековая связь Русского государства с Христианской Церковью обязывает его положить в основу всех законов о свободе совести начала Государства Христианского, в котором Православная Церковь, как господствующая, пользуется данью особого уважения и особой со стороны государства охраною. Оберегая права и преимущества Православной Церкви, власть тем самым призвана оберегать полную свободу ее внутреннего управления и устройства и идти навстречу всем ее начинаниям, находящимся в соответствии с общими законами государства. Государство же и в пределах новых положений не может отойти от заветов истории, напоминающих нам, что во все времена и во всех делах своих русский народ одушевляется именем Православия, с которым неразрывно связана слава и могущество русской земли».
Если отбросить пафос и патетику, то выясняется, что в существе своем политика в отношении религиозных организаций остается неизменной. Правительство оставалось на позициях «христианского государства» и в своих практических шагах собиралось руководствоваться данной идеологией. Чтобы как-то завуалировать, смягчить обнаружившееся принципиальное расхождение в подходах к вероисповедным реформам между Думой и правительством, Столыпин заявил, что «права и преимущества Православной Церкви не могут и не должны нарушать прав других исповеданий и вероучений» и что в целях «укрепления начал веротерпимости и свободы совести» правительство внесет соответствующие законопроекты.
Вторая дума оказалась еще более левой по своим настроениям, чем Первая. А потому Николай II пошел и на ее досрочный роспуск, о чем сообщалось в манифесте от 3 июня 1907 года. Одновременно был опубликован и новый избирательный закон. Его цель, как и задумывалось П. А. Столыпиным, не допустить в Думу оппозицию. Для этого были кардинально пересмотрены квоты выборщиков в пользу помещиков и буржуазии при одновременном сокращении возможностей крестьянского населения и рабочих. Полностью были лишены представительства десять областей и губерний в азиатской части России под предлогом отсутствия у населения «достаточного развития гражданственности». Сокращено общее число депутатов Думы. Землевладельческая курия увеличила по новому закону число выборщиков почти на 37 процентов, а крестьянская и рабочая курии сократились, соответственно, на 45 и 46 процентов выборщиков. В результате по землевладельческой курии один выборщик приходился на 230 человек населения, по крестьянской — один на 60 тысяч, по рабочей — один на 125 тысяч человек.
Результат получился таким, каким его планировало правительство П. А. Столыпина: большинство в Думе оказалось за правыми и националистами, сплотившимися на началах «национализма и русскости», а кадеты и левые партии были низведены до оппозиционных фракций, не имевших существенных возможностей влиять на ход законотворчества в Думе и на ее работу в целом.
Нельзя не заметить, что православная церковь выступила в этот момент послушным механизмом власти. Правящие архиереи и приходское духовенство призваны были возвещать причины и обстоятельства «вынужденного» роспуска Думы, не оправдавшей, по мнению властей, «народных ожиданий». К примеру, в Москве в Историческом музее состоялось заседание специальной комиссии по вопросам проведения Чтения для рабочих. Перед участниками выступил с речью митрополит Московский Владимир (Богоявленский). Профессор П. Тихомиров следующим образом откликнулся на эту речь: «Власти церковные, послушные рабы самодержавной политической бюрократии, запрещают священникам становиться в ряды революционных партий во имя принципа невмешательства в мирскую борьбу, но считают вполне совместимым с этим принципом служить благодарственные молебны по поводу разгона Государственной думы, защищать политические убийства, совершаемые реакцией при посредстве фиктивных (военных) судов, благословлять погромные черносотенные организации и т. д.».
Обращает на себя внимание и тот факт, что императорское правительство сочло необходимым распустить Государственную думу с грубым нарушением Основных государственных законов, в порядке государственного переворота изменить закон о выборах в Государственную думу, чтобы тем самым обеспечить себе большинство в ней. Таким образом, третьеиюньские акты сыграли роковую роль в судьбе русского конституционализма. Ими был поколеблен основной принцип новой редакции Основных законов, по которому устанавливались нормы, не подлежащие изменению без санкции народного представительства. К таковым прежде всего относились основания избирательной системы. В угоду практической целесообразности правительство пожертвовало конституционным принципом, нанеся по зарождавшемуся в обществе правосознанию сокрушительный удар. Силы, высказывавшиеся за преобразование самодержавия путем постепенных реформ, проиграли в общественном мнении, поскольку не смогли осуществить ими же самими провозглашенные программы в Первой и Второй думах. Тогда как представители левого крыла российского общественного мнения могли торжествовать: события 3 июня становились для них весомым аргументом в доказательстве «бесплодности» ожиданий реформ сверху и возможности эволюционирования российской политической системы от самодержавия к демократии; отныне в качестве единственного аргумента признавались «силовое давление», революция.
На этом общеполитическом фоне, в условиях противостояния власти и общества в вопросах расширения религиозных свобод и развертывалась деятельность Сергия Страгородского на новой кафедре и в Синоде. На него стали возлагать всякого рода поручения, в том числе важные и неотложные, требующие немедленного решения. Его по-прежнему призывали к делам Учебного комитета Синода. Особенно острым был вопрос о предоставлении автономии духовным академиям. В ноябре 1905 года проходило специальное совещание делегаций от духовных академий, на котором новый обер-прокурор Синода князь А. Д. Оболенский столкнулся с решимостью представителей академий добиться автономии. Первенствующий член Синода митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский), будучи последовательным противником автономии и стремясь «разбавить» решимость и единство академиков, предложил А. Д. Оболенскому пригласить на заседание «свежие силы» — архиепископа Сергия Финляндского (Страгородского) и епископа Псковского Арсения (Стадницкого), который недавно занял пост члена Учебного комитета Синода.
Но неожиданно для него и Арсений, и Сергий, хотя и с небольшими оговорками, поддержали позицию профессоров. Все вместе они смогли склонить и митрополита Антония к тому, чтобы в проект нового устава духовных академий были включены следующие положения: академии находятся в подчинении Святейшего синода; ректор и инспектор избираются советом академии и утверждаются Синодом в своей должности; в состав совета академии вводятся и доценты; совет академии окончательно принимает решения об утверждении в ученых степенях.
17 декабря 1905 года Николай II принял в Царском Селе трех митрополитов: Петербургского Антония (Вадковского), Киевского Флавиана (Городецкого) и Московского Владимира (Богоявленского) и имел с ними беседу о созыве Собора. По окончании аудиенции иерархи получили указание готовить и провести Собор «в ближайшее по возможности время». В этих целях было создано Предсоборное присутствие — особый орган из представителей иерархии, ученого монашества, академических кругов для разработки необходимых церковно-административных документов и материалов к Собору.