27 апреля 1906 года открылись заседания первой в истории России Думы. Среди ее 499 членов 18 представляли Русскую церковь — 16 священников и два епископа. Уже 12 мая представители кадетской фракции внесли для обсуждения законопроект о свободе совести. Это был первый партийный документ, предложенный в качестве законопроекта.
В Объяснительной записке к законопроекту лидеры партии убедительно доказывали, что и в прошлом, и в настоящем Россия жила и живет «под режимом несвободы совести». Попытки царского правительства в предшествующие несколько лет устранить из религиозно-церковной жизни наиболее нетерпимые «стеснения» и «ограничения» и реализовать на практике положения указа от 17 апреля и манифеста от 17 октября 1905 года не принесли положительного результата. А потому для народных избранников делом первостепенной важности должна быть борьба за обеспечение принципа свободы совести в жизни российского общества.
По мнению кадетов, следовало бы принять закон как своего рода манифест о свободе совести, определяющий принципы государственной церковной политики, и лишь затем на его основе рассматривать и принимать законы, регулирующие те или иные конкретные практические стороны деятельности религиозных организаций различных конфессий.
Но была и другая позиция. Министерство внутренних дел, которому правительством было поручено проведение реформ в вероисповедных вопросах, не видело необходимости в издании общего закона о свободе совести, а предполагало рассматривать законопроекты по отдельным конкретным сторонам религиозного законодательства. На первый взгляд такой прагматизм мог показаться предпочтительным. Однако на самом деле он был губительным для всяких попыток реформирования отжившего законодательства и преодоления административной практики, поскольку не имел ясной, понятной и принимаемой всеми (государством и обществом) цели.
Государство не случайно не желало концептуального обсуждения смысла, принципов и целей предлагаемых вероисповедных реформ, так как при этом тотчас же становились бы очевидными противоположные векторы намерений государства и демократического общества. Правительство, при всех обещаниях расширить и утвердить свободу совести, на самом деле стремилось всеми силами сохранить статус-кво в государственно-церковных отношениях, отказаться лишь от наиболее одиозных пережитков религиозного законодательства. Содержание термина «свобода совести» по-прежнему сводилось исключительно к «веротерпимости», то есть к сохранению государственной церкви и покровительству ей, при обещании некоторого смягчения политики в отношении иных религиозных объединений.
Совсем иное содержание вкладывалось в термин «свобода совести» ведущей на тот момент оппозиционной партией — конституционно-демократической. Один из ее идеологов А. К. Дживилегов писал: «Свобода совести есть дальнейшее развитие принципа веротерпимости, который непременно предполагает существование государственной церкви, пользующейся особым покровительством (запрещение менять религию господствующей церкви и проч.), причем остальные религии только не преследуются. Свобода совести предполагает признание государством следующих положений: каждый имеет право свободно выбрать себе религию, основать новую религию, переходить из одного вероисповедания в другое; каждый имеет право публично отправлять богослужение и говорить проповеди в духе исповедуемой им религии; никто не подвергается ограничениям политических и гражданских прав за принадлежность к той или иной религии. В этом виде свобода совести осуществлена во всех конституционных государствах. Высшее выражение свободы совести — это отделение церкви от государства, существующее в Соединенных Штатах, Мексике и некоторых швейцарских кантонах, подготовляющееся во Франции и осуществленное с некоторыми ограничениями в Голландии и Бельгии». К слову, такое понимание свободы совести было свойственно и абсолютному большинству других оппозиционных партий.
И хотя Первая Государственная дума, проработавшая всего лишь 73 дня и распущенная царем, так и не успела приступить к рассмотрению вероисповедных законопроектов, все же тема религиозной свободы прозвучала на ее пленарных заседаниях.
5 июня на пленарном заседании Думы обсуждалось предложение о принятии законов о гражданском равенстве. От имени кадетской партии выступил Ф. Кокошкин, который настойчиво требовал устранить привилегии одних сословий и ограничения других в правовой, национальной и вероисповедной сферах, обеспечить равенство полов. При этом он подчеркивал, что в России до сих пор «существует средневековый варварский пережиток — ограничение прав отдельных национальностей или лиц отдельного вероисповедания».
Последовавшее вслед за этим обсуждение показало, что идеи отмены существовавших жестких ограничений по признакам национальной, вероисповедной или сословной принадлежности и установления в России гражданского равенства нашли самый широкий отклик у депутатов. Они воспринимались как самоочевидные истины, которые следовало не доказывать, а практически реализовывать в жизни России, в том числе и через принятие соответствующих законов.
Либеральная печать, подводя итоги деятельности Первой думы в вопросах реформирования вероисповедного законодательства, отмечала, что нельзя мириться с половинчатым решением, предлагаемым властью. Нужно не просто расширение уступок в пользу требования веротерпимости, а «нужен разрыв» с прежними политическими традициями, видевшими в союзе церкви и государства оплот и основу строя. Подчеркивалось, что исходным пунктом новой политики государства в вероисповедных вопросах должен быть принцип свободы совести как неотъемлемое право человека и гражданина.
В период между разгоном Первой думы и созывом Второй думы проявились противоречия относительно вероисповедной реформы и во властных структурах. Витте, при всех своих колебаниях ратовавший за их продолжение, натыкался на стену «непонимания» со стороны правых, которые объединились против него еще со времен октябрьского манифеста о свободах и жаждали реванша. Нежелание реформирования вероисповедной политики Витте объяснял тем, что «фактическое проявление революции скопом подавлено». В докладе Николаю II с просьбой о своем освобождении от должности премьер-министра он, разъясняя свою позицию, писал: «По некоторым важнейшим вопросам государственной жизни, как, например, крестьянскому, еврейскому, вероисповедному и некоторым другим, ни в Совете министров, ни во влиятельных сферах нет единства. Вообще, я не способен защищать такие идеи, которые не соответствуют моим убеждениям, и потому я не могу разделять взгляды крайних консерваторов, ставшие в последнее время политическим кредо министра внутренних дел».
В феврале 1907 года открылись заседания Государственной думы второго созыва. Среди ее 509 членов было 20 православных священников и два епископа.
6 марта в Думу прибыл новый председатель Совета министров П. А. Столыпин. В своей программной речи премьер охарактеризовал «реформы последнего времени» в России «перестройкой» всего государственно-национального бытия. Она должна, по его убеждению, превратить Россию в недалеком будущем в правовое государство, где главенствует писаный «закон», а не воля «отдельных лиц». Он призвал депутатов всемерно содействовать принятию необходимых России законов. Этих, как выразился Столыпин, «материальных норм», которые только и могут определить и установить «твердые устои новоскладывающейся государственной жизни России».
Представляя правительственные законопроекты по различным областям экономической, социальной и политической жизни, Столыпин остановился и на вероисповедной политике государства. Он признал, что эта сфера, как никакая другая, нуждается в срочных реформах, поскольку явственно обнаружился правовой вакуум. Хотя свобода совести и возвещена указом от 17 апреля и манифестом от 17 октября 1905 года, но правовой механизм ее обеспечения отсутствовал. Премьер призвал в срочном порядке внести изменения в действующее законодательство, а также выработать новые вероисповедные законы.