Первые два года царствования Бориса прошли хорошо, спокойно, но потом царем овладела сильная подозрительность. Подозревал он главных вельмож, которые могли иметь права на престол, и чтоб узнать, не замышляют ли они чего-нибудь против него, он стал наградами побуждать к доносам. Язва доносов распространилась быстро, заразила людей всех званий, самые близкие люди стали доносить друг на друга, ни при одном государе таких бед никто не видал, говорят современники. Подан был донос от дворового человека на Романовых, сыновей покойного боярина Никиты, следовательно, двоюродных братьев последнего царя Федора Иоанновича; схватили всех пятерых братьев, родственников и друзей их, пытали, ничего не узнали и разослали в ссылку по дальним городам; старшего из них, Федора Никитича, постригли в монахи под именем Филарета и сослали в Антониев Сийский монастырь; жену его, Ксению Ивановну, также постригли под именем Марфы и сослали; сослали и малолетнего сына их Михаила. К этой беде от доносов присоединился страшный голод вследствие трехлетнего неурожая; за голодом следовал мор; за голодом и мором разбои: люди, спасавшиеся от голодной смерти, составляли шайки и кормились грабежом. Под самою Москвою не было проезда от разбойников, и самым злым атаманом их был какой-то Хлопка Косолап. Царь должен был выслать против него целое войско, и разбойники были так смелы, что вступили в бой с этим войском, убили царского воеводу, но сами были разбиты и должны были бежать в Северскую Украину, нынешние губернии Орловскую, Курскую и Черниговскую, где всегда было множество всякого сброда. В это время пошли слухи, что царевич Димитрий жив. В начале царствования Бориса появился в Москве бойкий, смышленый, грамотный молодой человек, сирота Юрий Отрепьев. Он проживал в домах вельмож, подозрительных царю, а потому и сам сделался подозрителен. От этого стала ему грозить беда, и чтоб спастись от нее, он постригся под именем Григория, скитался из монастыря в монастырь; попал наконец в Чудов и поступил даже к патриарху Иову писцом. Но здесь дерзкие речи, что он будет царем в Москве, навлекли на него опять беду; царь Борис велел сослать его в Кириллов Белозерский монастырь; но Отрепьеву удалось убежать из Москвы и пробраться за польскую границу. В польских владениях он скинул с себя монашескую рясу и вступил в службу к богатому польскому вельможе, князю Вишневецкому, которому при первом удобном случае открылся, что он московский царевич Димитрий, сын царя Иоанна Васильевича, спасшийся от убийц, подосланных Годуновым, которые вместо него убили другого, подставленного ребенка. Вишневецкий поверил, поверили и другие польские вельможи и начали принимать Отрепьева с царскими почестями; особенно усердствовал сандомирский воевода Юрий Мнишек, дочь которого Марина очень понравилась Отрепьеву; усердствовали и польские католические монахи, которым Отрепьев обещал, что если сделается русским царем, то станет вводить католическую веру между своими подданными. В начале 1604 года самозванца привезли в Краков, столицу Польши, и представили королю Сигизмунду III, который царствовал по смерти Стефана Батория. Королю очень хотелось завести смуту в России, да и боялся, а если не удастся, тогда надобно будет воевать с царем Борисом; поэтому он пошел на хитрость, сам как будто был в стороне, а позволил вельможам польским собрать для Лжедимитрия войско и ввести его в Россию.
В октябре 1604 года Лжедимитрий со стороны Северской Украины переступил русскую границу с очень небольшим войском; но успех его зависел не от войска, которое было при нем, а от смуты, которая поднялась в России при известии, что царевич Димитрий жив и идет к Москве свергнуть беззаконного Бориса. В Москве патриарх Иов и князь Василий Шуйский уговаривали народ не верить слухам о царевиче Димитрии, который действительно погиб в Угличе, а идет негодяй Гришка Отрепьев под именем царевича. Но многие не убеждались словами патриарха и Шуйского; в толпе народа слышались слова: «Говорят они это поневоле, боясь царя Бориса, а Борису нечего другого говорить: если этого ему не говорить, так надобно царство оставить и жизнь свою спасать». Патриарх проклял Гришку Отрепьева, но это проклятие не трогало людей, которые сомневались, не настоящий ли царевич идет к Москве: пусть проклинают Гришку Отрепьева, настоящему царевичу от этого ничего. Люди знатные, воеводы, говорили: «Трудно будет воевать против законного государя». Поэтому неудивительно, что у войска, которое выслал Борис против Самозванца, не было рук для сечи, как говорят очевидцы; руки отнимались от страшной мысли, не бьются ли они против законного государя. Благодаря этому Самозванец, отличавшийся большою храбростью, разбил царское войско; в другой раз он потерпел поражение, но это не испортило его дела, потому что воеводы царские действовали вяло, медленно, а к Самозванцу пришли на помощь казаки, которых опять стало много на Дону после Иоанна Грозного.
В это время, когда недоумение овладевало все больше и больше русскими людьми, в апреле 1605 года умирает царь Борис скоропостижно, и хотя жители Москвы присягнули спокойно сыну Борисову, Федору, однако воеводы, стоявшие против Самозванца, думали, что нельзя ничего сделать с войском, которое упало духом, не имея уверенности, что дело, за которое оно бьется, дело правое. Главным воеводою был Басманов; он решился прямо объявить войску, что истинный царь есть тот, против которого оно воюет, и войско перешло на сторону Самозванца, только немногие разбежались. Лжедимитрий двинулся в Москву, куда перед ним явилось несколько его приверженцев; они взволновали народ, свергнули патриарха Иова, разослали в ссылку родных царя, а самого Федора с матерью зверски умертвили.
В июне 1605 года Лжедимитрий с торжеством въехал в Москву; но скоро после этого въезда князь Василий Иванович Шуйский стал распускать слухи, что новый царь — самозванец. Слухи дошли до дворца, Шуйского схватили и приговорили к смерти, но Лжедимитрий простил его. Для большего уверения народа, что царь есть истинный Димитрий, сын царя Иоанна Васильевича, привезли из заточения монахиню Марфу, бывшую царицею, мать царевича Димитрия, и все видели, с какою материнскою нежностью свиделась она с царем. Возвращены были из ссылки родственники ее, Нагие, также пострадавшие при Годунове Романовы, из которых в живых остались только два брата: монах Филарет Никитич с сыном Михаилом да Иван Никитич; остальные померли в ссылке от жестокого обращения с ними людей, приставленных стеречь их. Филарет Никитич поставлен был Ростовским митрополитом. В патриархи, вместо Иова, был поставлен рязанский архиерей Игнатий, родом грек.
Самозванец венчался на царство по принятому обычаю; часто присутствовал в Думе или в совете царском и удивлял вельмож умом, находчивостью при решении трудных дел, начитанностью, говорил, что вельможам недостает образования, и обещал позволить им ездить за границу для его приобретения; но в то же время он оскорблял приближенных людей пренебрежением старых русских обычаев, даже таких, которые считались священными; неудовольствие усилилось, когда приехала в Москву невеста царская, Марина Мнишек, со множеством поляков, которые вели себя дерзко, когда Лжедимитрий женился на ней; знали, что она православия не приняла. Этим неудовольствием спешил воспользоваться князь Василий Шуйский вместе с некоторыми другими знатными людьми, чтоб составить заговор для истребления Лжедимитрия. 17 мая 1606 года рано утром раздался набат в Москве, и по этому знаку заговорщики собрались на Красной площади, откуда князь Василий Шуйский повел их в Кремль ко дворцу. Самозванец проснулся от набата и, увидав, что отбиться от заговорщиков нельзя, бросился в окно и расшибся; в этом положении он был найден и убит. В то же время было побито много поляков, но Марина, отец ее и другие знатные поляки были спасены боярами, которые не хотели из-за них ссориться с Польшею.
Надобно было думать об избрании нового царя. Виднее всех был теперь князь Василий Иванович Шуйский, избавивший Россию от позора иметь на царском престоле обманщика, расстригу. Шуйского провозгласили царем, не созывая собора советных людей из всего государства, как было при избрании Годунова. Свергнули и патриарха Игнатия, как лжедимитриевского патриарха, и возвели на его место казанского архиерея Гермогена. Разослана была по областям грамота от имени бояр и всех москвичей; в грамоте говорилось, что Гришка Отрепьев овладел царством с бесовскою помощью, всех людей прельстил чернокнижеством; но что он погиб, и теперь царствует Василий Иванович, потомок прежних великих князей русских. Эта грамота могла показаться очень странною в областях: недавно извещали из Москвы, что Годунов свергнут истинным царем Димитрием, а теперь уверяют, что этот Димитрий был обманщик, злодей, чернокнижник, объявляют, что он погиб, но как погиб и как уверились в том, что он самозванец, — это неизвестно; объявляют, что избран новый царь, но как и кем — и это также неизвестно: советные люди из областей не были на избрании Шуйского. Всякий мог спрашивать: что это такое? как это сделалось? И вместо ответа, который бы успокоил, вдруг разносятся слухи, что царь Димитрий жив, в другой раз спасся от убийц, ушел из Москвы опять в Польшу и оттуда идет с войском на похитителя престола, Шуйского. Кому же и чему верить? Опять сомнение, смута, как при появлении первого самозванца; у добрых людей опустились руки, не знают, за кого стоять, на чьей стороне правда, а злым людям того только и надобно, чтобы мутить землю для своих выгод.