Отъезд Курбского и его письма произвели на царя Иоанна страшное впечатление: один из лучших воевод, на которого он так полагался, изменил, ушел к врагу, польскому королю, и, мало того, оправдывал в этом себя и других, кто бы захотел сделать то же самое; но хуже всего было то, что Курбский до сих пор был знаменит своими заслугами, умом, добрыми качествами. Иоанн, вследствие своего воспитания, был подозрителен и раздражителен, а теперь, вследствие ухода Курбского, эта подозрительность и раздражительность достигли высшей степени. Кому после того верить, на кого положиться? От душевного волнения Иоанн так переменился в лице, что его узнать нельзя было. Он не считал себя более в безопасности в Москве, в России, уехал из Москвы в Александровскую слободу (теперь город Александров во Владимирской губернии), удалился от бояр, устроил опричнину, т. е. новый особый двор из людей, которых считал себе вполне преданными, на содержание которых определены были особые города и области; но Иоанн думал, что и опричнина его не спасет, что враги выгонят его и детей его из России, и он искал, где бы приютиться тогда в чужих землях. Думая, что повсюду окружен враждебными людьми, он считал себя вправе вести с ними жестокую войну, истреблять их, и когда он получал известия о злых умыслах, то пощады не было никому, громил целые города и области: так, разгромлен был Новгород Великий, когда царь получил весть, что новгородцы хотят передаться польскому королю. Митрополитом в это время был Филипп, вызванный царем из Соловецкого монастыря, где он был игуменом и прославился святостью жизни. В случае опалы (гнева царского) на кого-нибудь митрополиты обыкновенно ходатайствовали за опального (провинившегося), что называлось тогда печаловаться, просили государя простить провинившегося, брали его на свои поруки. Видя ожесточение царя, казни, наглость опричников, митрополит Филипп стал печаловаться, увещевать Иоанна, чтоб переменил поведение и унял опричников. Упреки святого мужа наводили раздумье на царя; но это раздумье было страшно для опричников, и они постарались оклеветать Филиппа, внушить Иоанну, что он вмешивается не в свои дела, вступается за изменников и потому не хочет добра царю. Филипп был лишен митрополии и сослан в заточение в тверской Отрочь монастырь, где впоследствии главный из опричников, Малюта Скуратов, задушил его. К троим великим святителям московским и всея России, Петру, Алексию, Ионе, присоединился четвертый святитель-мученик.
С течением времени казни приутихли, опричнина была уничтожена; но царь уже не мог вылечиться от страшных припадков гнева, в которых не щадил никого: в одном из этих припадков он так сильно ударил старшего сына своего Иоанна, что тот умер. Семейная жизнь царя, по кончине царицы Анастасии, была очень печальна и не могла нисколько его успокоить. Он женился в другой и третий раз: царицы скоро умирали, и все шли толки, что злые люди их изводили; Иоанн выпросил у архиереев позволение жениться в четвертый раз, а потом уже женился и в пятый, и в шестой, и в седьмой.
Не было царю радости и от успехов военных. Война затянулась, потому что кроме поляков нужно было воевать и со шведами: одна часть орденских немецких владений, Ливония с городом Ригою, поддалась полякам, а другая, Эстония с городом Ревелем, поддалась шведам. Вести долгую войну бедной и малолюдной России было очень тяжко, а между тем овладеть морскими берегами считалось необходимым. В 1566 году Иоанн созвал собор из духовенства, бояр, дворян, главных делопроизводителей, которых тогда называли дьяками, знатнейших купцов московских и спрашивал их совета — кончать войну или продолжать? Собор отвечал, что надобно добывать всю Ливонию до моря. Война, по всем вероятностям, кончилась бы удачно, если бы поляки не избрали на свой престол князя трансильванского Стефана Батория, очень искусного полководца. В то время в Европе был обычай нанимать войско; люди, которым почему-нибудь не нравилось в своем отечестве, уходили из него и нанимались то у того, то у другого государя, смотря по тому, кто больше даст денег и в какой войне будет больше добычи. Так как война была постоянным ремеслом этих людей, то они были очень искусны в военном деле, мастера в нем. С таким-то небольшим, но искусным войском, с хорошей артиллерией Стефан Баторий вдруг начал быстрое наступательное движение и стал забирать у русских города; русское войско, растянутое по границам, неискусное, без опытных полководцев, не знавшее, куда двинуться, чтоб остановить неприятеля, пропустило Батория до самого Пскова. Но здесь, под стенами этого хорошо укрепленного города, успехи польского короля остановились. Осажденные, под начальством князя Ивана Петровича Шуйского, защищались отлично, все приступы Батория были отбиты. Это было в 1581 году. Но славная защита Пскова, которая в то время для русских людей имела такое же значение, как для нас защита Севастополя, дала царю Иоанну Васильевичу только возможность поскорее заключить мир, ибо он видел, что со своим неискусным и истомленным войском он не мог ожидать успеха в войне с таким искусным полководцем, каким был Баторий; да и не с одним Баторием нужно было воевать; шведы также наступали и забирали русские города. Царь заключил мир и с поляками и со шведами, отказавшись от морских балтийских берегов. Первая попытка овладеть этими берегами была неудачна; но сильный народ, который растет и мужает, не устрашается неудачами; царь Иоанн Васильевич завещал свою мысль о необходимости приобретения балтийских берегов своим преемникам, и переходила она от царя к царю до самого Петра Великого. Самая неудача, бывшая следствием неискусства русского войска, тем более усиливала стремление приобрести искусство, знание и для этого сблизиться с образованными заморскими народами, взять у них науку.
Отказавшись до поры до времени от балтийских берегов, надобно было довольствоваться для торговых сношений с Европою Белым морем, хотя и неудобным по краткости способного для мореплавания времени. Торговые сношения с Европою через Белое море начались также при царе Иоанне IV: в 1553 году один английский корабль явился в устье Северной Двины, вследствие чего и завелась торговля у англичан с русскими. Благодаря этой торговле основан и разбогател город Архангельск, также разбогатели и другие города по дороге от Архангельска к Москве — Устюг, Вологда, Ярославль.
В то время как на западе царь Иоанн должен был отказаться от своих завоеваний в пользу поляков и шведов, с востока пришла весть, что там без ведома царя завоевано для него еще целое царство татарское, царство Сибирское. По обширности пустых земель в России государи наши издавна с большою охотою уступали большие земельные участки людям, которые брались населять их и заводить разные промыслы. В 1558 году богатые промышленники Строгановы выпросили у государя пустые земли по реке Каме на 146 верст, с тем чтоб поставить здесь городок для оберегания от дикарей, призвать работников, завести хлебопашество и соляные варницы, что все и было исполнено. Но Строгановым не давал покоя из-за Уральских гор сибирский султан Кучум; чтоб не допускать его до своих земель, Строгановы выпросили у царя позволение перенести свои укрепления дальше за Уральские горы, на реку Тобол, и там заводить поселения и промыслы. Царь согласился и на это. Но чтоб воевать с Кучумом, Строгановым нужно было войско, и войско нашлось.
Мы знаем, как в это время Россия была мало населена, как были близки к Москве пустые, степные пространства; город Ливны был пограничным городом с этими степями, в которых появлялись только иногда толпы татар, шедшие пустошить Россию, да русские станичники, сторожившие их, чтоб не пришли внезапно. Такая степная граница, из-за которой беспрестанно нужно было ждать нападения разбойничьих орд, требовала военного населения, которое было бы постоянно готово отражать врага. И действительно, давно уже, с XIV века, южные границы имеют такое население, которое носит название казаков. Этим казакам правительство давало земли, поместья по границе, и потому они назывались поместными казаками и служили, повинуясь всем распоряжениям правительства. Но с течением времени уходили далее в степь люди, которым почему-нибудь не нравилось на родине; шли туда люди бедные, бездомовные, которым приходилось жить в работниках у чужих людей, шли туда люди, которые сделали что-нибудь нехорошее и боялись за это наказания, шли вообще люди сильные и смелые, которым нравилась степная жизнь, исполненная опасностей, приключений, жизнь на воле, на просторе. Эти люди, уходя далее в степь, селились обыкновенно по большим рекам, для рыболовства, которое вместе со звероловством и военной добычей составляло для них главное средство пропитания. Эти люди назывались также казаками, и когда их собиралось много на одном месте, например на Дону, то они составляли военные общества, выбирали себе начальников, или атаманов. Они принимали к себе всякого, кто бы он ни был и из какого бы народа ни происходил, но больше всего между ними было русских, и потому у них был русский язык и русская православная вера. Они не отрывались от России и признавали над собою власть русского государя; но, живя очень далеко в степи, плохо его слушались; так у них было положено не выдавать никого, кто к ним придет, и если государь пришлет с требованием, чтоб выдали, отвечали одно: «От нас выдачи нет!» Потом они любили пограбить: грабили чужих, татар, турок, не спускали и своим: разъезжая по Волге, грабили суда царские, разбивали персидских и бухарских послов, шедших в Москву, разбивали купцов русских. Царь Иоанн Васильевич послал за это на них войско; тогда толпа казаков под начальством атамана Ермака Тимофеева, убегая от царского войска, поплыла вверх по Волге, где получила приглашение от Строгановых вступить к ним в службу, на что согласилась с радостью. В 1581 году Строгановы отпустили казаков на сибирского султана. Ермак Тимофеевич, плывя почти все реками, добрался до сибирских стран и начал удачно действовать против татар, у которых не было огнестрельного оружия. Кучум принужден был бросить свой город Сибирь, который был занят Ермаком. Летом 1582 года Ермак покорил разные городки и улусы татарские по рекам Иртышу и Оби и, возвратившись в город Сибирь, послал в Москву известить царя о покорении сибирской земли. Иоанн послал за это казакам большое жалованье и отправил воевод своих принять у них сибирские города и закрепить здесь русскую власть.