В Рахмании Бонапарт узнал, что 16 июля Мустафа овладел фортом Абукир. Это было весьма неприятное известие. Французский командующий полагал, что форт продержится минимум две недели и усложнит положение турок на полуострове.
Абукирский полуостров, заключенный между морем и озером Мадия, имел форму треугольника, вершиной которого и являлся форт Абукир. Между деревней и фортом для прикрытия последнего на холме Везирь был возведен земляной редут. Мустафа-паша после высадки стал лагерем на холмах Колодезь и Шейх и атаковал редут, который обороняли 300 французов при 5 орудиях во главе с комендантом форта. В самом форте был оставлен капитан Винами с 60 солдатами. Редут успешно отражал атаки противника весь день 15 июля, но на следующее утро был окружен и взят турками, а его гарнизон изрублен. В полдень 17 июля форт капитулировал. С этого момента Мустафа-паша не трогался с места, его войска занимали позиции на холмах Колодезь и Шейх, не предпринимая активных действий.
В это время авангард французской армии разместился в Бирке, где предполагалось устроить лагерь для сбора всех войск. Отсюда французы имели возможность ударить по левому флангу турецкой армии, если она двинется к Александрии, или по правому флангу, если она пойдет к Нилу. Одновременно велись работы по укреплению Александрии.
Наконец, собрав все свои силы, при полной бездеятельности неприятеля, 25 июля до рассвета Бонапарт двинул свои войска к Абукиру. Генерал Мюрат командовал авангардом, состоявшим из кавалерии, пехотной бригады Дэстена, 4 орудий — всего 2300 человек. Лапн командовал правым флангом численностью 2700 человек при 6 пушках. В распоряжении Лаиюсса был резерв в 2400 бойцов с 6 пушками. Генерал Даву во главе 300 всадников получил приказ охранять коммуникации между французской армией и Александрией.
Турки ввели в озеро Мадия 12 канонерских лодок, которые обстреливали на марше правый фланг французской армии. В ответ французы поставили на берегу 8-орудийиую батарею, которая ввязалась в перестрелку. В 9 часов утра генерал Мену установил орудия на выходе из озера, и канонерки, опасаясь быть запертыми, ушли.
К полудню армии стали на виду друг у друга. Турки были расположены следующим образом: 1-я линия в 9000 человек была разделена на три отряда — правый занимал холм Шейх, левый — холм Колодезь, третий примыкал к домам предместья. Вторая линия численностью 8000 человек, оседлавшая холм Везирь, правым и левым флангами примыкала к морю. Резерв в 5000 человек занимал деревню Абукир и форт; там находились обоз, парк и лагерь Мустафы-паши. Между первой и второй линиями турок были расположены 30 полевых орудий. Несколько канонерских лодок стояли на якоре, поддерживая правый фланг турецких линий; другие находились на внутреннем рейде, прикрывая левый фланг.
Французские артиллеристы генерала Сонжиса выдвинули вперед батареи тяжелой артиллерии и завязали дуэль с канонерскими лодками, вынудив их отойти. После этого наполеоновские дивизии развернулись в боевой порядок. Кавалерия, построившись в три линии, находилась в центре, бригада Дэстена — слева, дивизия Ланиа — справа. Дивизия Ланюсса стала во второй линии.
На холмах Шейх и Колодезь видны были следы земляных работ. Паша находился на холме Везирь, при нем были несколько английских офицеров, в том числе и Сидней Смит. «Англия заставляет нас совершать подвиги, и мы их совершим», — обратился Бонапарт к своим солдатам.
В течение двух часов оба войска стояли в ожидании, как перед бурей. Наконец началась артиллерийская дуэль между турецкими батареями, расположенными на холмах, и полевыми орудиями Ланна и Дэстена. Генерал Мюрат выслал вперед две кавалерийские колонны, по 4 эскадрона и 3 легких орудия в каждой. Первая колонна направилась в промежуток между холмами Колодезь и Везирь, вторая — в обход холма Шейх. Одновременно в атаку на турецкие позиции пошла пехота. Турки держались стойко, стрелковый огонь был очень силен с обеих сторон. Но когда гранаты и ядра легких орудий, сопровождавших кавалерийские колонны, стали поражать турецкие позиции сзади, турки встревожились за свои пути отступления и потеряли выдержку. Заметив это, Ланн и Дэстен со своими войсками беглым шагом взобрались на обе высоты. Турецкая пехота скатилась вниз в долину, где их ждала кавалерия Мюрата. Не имея возможности отступить, турки были прижаты к морю — одни на берегу внутреннего рейда, другие на берегу открытого моря. Преследуемые картечью, ружейным огнем и кавалерией, эти беглецы бросались в волны, пытаясь вплавь достичь своих судов. Большая часть их утонула.
Центр первой турецкой линии двинулся вперед, чтобы прийти на помощь флангам. Но этот маневр был запоздавшим и, по определению Наполеона, «неосторожным». Мгновенно эскадроны Мюрата охватили турок с обоих флангов, выходя им в тыл, а пехота Ланюсса атаковала с фронта батальонными колоннами. Через короткий промежуток времени центр турецкой армии был окружен, смят и разгромлен. Турки снова, не имея путей к отходу, разбежались вправо и влево по обе стороны полуострова, и вскоре тысячи тюрбанов закачались на волнах. Первая линия турецкой обороны была практически полностью уничтожена. Наполеон с гордостью вспоминал об этом успехе: «Что может сделать пехота без порядка, без дисциплины, без тактики! Сражение продолжалось всего час, а 8000 человек уже погибли; 5400 утонули, 1400 были убиты и ранены, 1200 сдались в плен; в руки победителей попали 18 пушек, 50 знамен».
После этого Бонапарт произвел рекогносцировку второй линии турецкой армии: она занимала отличную позицию. Ее фланги примыкали к морю и прикрывались фланкирующим огнем 17 полевых орудий и канонерских лодок. В центре находился редут холма Везирь. Позиция казалась неприступной, и французский командующий уже почти решил в этот день остановиться на достигнутом.
Однако, осмотрев берег, он обнаружил небольшой мыс на Абукирском рейде и у него возник план новой операции. На мысу была установлена артиллерийская батарея, которая могла обстреливать с тыла весь правый фланг противника. Ее огонь вынудил турок сосредоточиться между деревней и редутом и отвести назад свой левый фланг. Между ним и морем образовался коридор примерно в 400 метров шириной. В этот промежуток бросился Мюрат с 600 всадниками. Между тем Ланюсс и Дэстен вели сильный огонь по центру и правому флангу неприятеля, вынуждая его пятиться назад. Затем французская пехота в жестоком штурме заняла редут, а кавалерия ударила во фланг второй турецкой линии и прижала ее к морю.
Ланн со своей дивизией двинулся на деревню Абукир, закрепился в ней и, не задерживаясь, атаковал лагерь паши, где находился его резерв. На узкой полоске суши началось столпотворение и резня. Мустафа-паша с телохранителями совершал чудеса храбрости; он был тяжело ранен Мюратом, которого в свою очередь ранил в голову из пистолета. Наконец, паша сдался в плен с тысячей своих воинов. Остальные бросились в море. Сидней Смит, едва избежав плена, с трудом добрался до своей шлюпки. Три бунчука (знак власти) паши, 100 знамен, 32 полевых орудия, все обозы достались французам. Победа была полной и сокрушительной. После битвы восхищенный Мюрат обнял Бонапарта и признался: «Генерал, вы велики, как мир, но мир слишком мал для вас!»
Около 4000 турецких солдат во главе с сыном паши заперлись в форте, и все попытки выбить их оттуда не имели успеха. На следующее утро паша написал сыну письмо и приказал сдаться, но осажденные отказались. Бонапарт приказал Ланну провести правильную осаду, а сам уехал в Александрию.
Потери французов в Абукирском сражении составили 200 человек убитыми и 550 ранеными. Турки потеряли почти всю свою армию: 2000 убитыми, 3000 пленными, несколько тысяч утонувшими. 2 августа, не выдержав осады, страдая от ран и жажды, сдался гарнизон форта. Весь его внутренний двор оказался завален трупами и телами умирающих. Для французов такое количество турецких раненых было обременительно и их решили вернуть на корабли, что послужило поводом к переговорам между двумя штабами.