Но через год (1199) Всеволоду вздумалось самому вывести Ярослава из Новгорода и посадить там сына. Он велел владыке Мартирию, посаднику Мирошке и лучшим мужам приехать к нему во Владимир за сыном. Разительное доказательство его власти! На озере Серегере архиепископ Мартирий скончался, тело его отвезено было в Новгород к Святой Софии, а посадник Мирошка и лучшие мужи прибыли к Всеволоду и сказали: «Ты господин князь великий Всеволод Юрьевич! Просим у тебя сына княжить Новгороду, зане отчина тебе и дедина Новгород». Всеволод принял послов с великой честью, утвердил честным крестом на всей воле своей и дал им в князья Святослава, еще четырехлетнего младенца, который и приведен был к ним 1 января 1200 года.
Согласившись с посадником, Всеволод дал новгородцам архиепископа Митрофана, который поехал в Киев на поставление в сопровождении новгородских и Всеволодовых мужей.
Наступала пора отомстить Рюрику, который взял перед тем назад города, уступленные им великому князю суздальскому.
Всеволод не спускал глаз с юга, и в 1195 году он прислал тиуна своего Гюрю с людьми, создать «град на Городци на Востри» и обновил свою отчину. В 1197 году дал епископа Павла в Переяславль. В 1198 году, по смерти племянника Ярослава Мстиславича в Переяславле Русском, прислал туда княжить своего сына Ярослава, еще отрока, так же как в Новгород младенца Святослава. Теперь у Рюрика с Романом началась новая распря. Всеволод принял сторону Романа, который заставил тестя отказаться от Киева и идти в свой старый Овруч. На киевском столе посажен был тогда именем Всеволодовым и Романом Ингварь Ярославич луцкий (1202). Рюрик хоть взял город (1 января 1204 г.), соединившись с половцами и Ольговичами, но не мог его удержать за собой без согласия Всеволода и удалился в свой Овруч.
Роман, желая оторвать своего тестя от половцев и Ольговичей, взявших тогда его сторону, пришел было к нему мириться во Вручий. «Слися, сказал он, к свату своему великому князю Всеволоду, и я слюся к нему, к своему отцу и господину, и молимся ему, чтоб он отдал тебе Киев опять». Рюрик поверил Роману и поцеловал крест Всеволоду, с сыновьями и братьями.
И Всеволод не помянул зла, достигнув своей цели, то есть, получив, может быть, прежние города: он опять отдал Рюрику Киев.
Ольговичи также, при посредстве Романа, который молился за них великому князю, «дабы приял их в любовь», примирились с Всеволодом, и он прислал своего боярина Михаила Борисовича привести их к кресту. Черниговские бояре ездили к Владимиру, и великий князь целовал при них крест. Роман присягнул также. Южная Русь успокоилась хоть ненадолго; Всеволод обратился к северной.
Он решил вывести Святослава, княжившего четыре года, из Новгорода, сказав новгородцам: «По земле вашей ходит рать, а князь ваш, сын мой, Святослав, мал: даю вам старейшего сына своего Константина» (1205).
Отпуская Константина, Всеволод сказал ему: «Сын мой Константин! Бог положил на тебе старейшинство во всей братье твоей и во всей Русской земле, а Новгород Великий имеет старейшинство между всеми княженьями в Русской земле. По имени твоем и хвала твоя. Поезжай в свой город. И я даю тебе старейшинство». Всеволод дал ему меч и крест: «Се буди тебе охранник и помощник, а меч прещенье и спасенье, пасти люди твоих от противных». С этими словами, поцеловав, отпустил его. Все братья его — Георгий, Владимир, Иоанн, бояре отца его, купцы, проводили его с честью великой до реки Шедакши. «От множества людей, говорит летопись, великий был говор, доходящий как будто до неба: все радовались, и, настигшу вечеру, поклонились ему братья его, мужи отца его, послы от братьев, воздавая хвалу великую и простились».
Таким образом, Всеволод стал как бы полным господином Новгорода, и, разумеется, делал, что хотел.
В 1208 году пришел Лазарь, Всеволодов муж, из Владимира, и повелел убить Олексу Сбыславича, — и убили его без вины на Ярославле дворе. Разительное доказательство Всеволодова самоуправства, которое смиренный Новгород должен был вытерпеть беспрекословно. Святая Богородица плакала на другой день у Святого Иакова, замечает летописец.
Вскоре по отбытии Константина, мать его, великая княгиня, одержимая жестокой болезнью в продолжение восьми лет, почувствовала приближение кончины и изъявила желание постричься. Великий князь Всеволод, Георгий, его любимый сын, дочь Верхуслава, приехавшая из Киева погостить у родителей, епископ Иоанн и Симон игумен, отец ее духовный, все бояре и боярыни, духовенство и горожане, проводили ее до монастыря, ею основанного, со многими слезами, «зане бяше до всех преизлиха добра». Великая княгиня наречена в монастыре Марией, и, прожив только восемнадцать дней, была погребена там, оплаканная семейством и городом.
Между тем, на юге произошли перемены: Роман, целовавший крест вместе с прочими князьями, не только выгнал Рюрика, но и постриг его. Вскоре он погиб в походе на ляхов (1205), и Рюрик сел на киевский стол, но тут явился ему новый враг, Всеволод черниговский, сын Святослава, который, унаследовав Чернигов после Игоря Святославича, принялся за воплощение мысли, занимавшей некоторое время его деда (Всеволода): изгнать Владимирово потомство из Руси. Он отнял Киев у Рюрика и потом выгнал Всеволодова сына из Переяславля, сказав ему: «Иди к отцу своему в Суздаль, а Галича не ищи под моей братьей (его избирали перед тем галичане); если же ты не уйдешь добром, то я приду на тебя ратью». Молодой Ярослав, которому судьба предназначила много превратностей, должен был повиноваться и просил у него пути, на чем тот целовал крест. Несколько раз Киев переходил из рук в руки у Всеволода с Рюриком, пока, наконец, великий князь суздальский решил положить конец междоусобию, сжалившись о том, что Ольговичи с половцами разоряют землю Русскую.
«Разве им одним отчина Русская земля, сказал он, а нам разве она не отчина? Хочу пойти к Чернигову: как нас управит с ними Бог». Он послал за своим сыном Константином, который, собрав новгородцев, псковичей, ладожан, новоторжцев, прибыл к нему в Москву; рязанские и муромские князья также должны были придти (1207).
Послушные зову, они немедля снарядились и пошли на соединение с ним по крутому берегу Оки. Вдруг Всеволод, уже встреченный в Москве сыном Константином с новгородцами, узнает, верно или нет, что «они идут к нему на льстях, свечавшись с врагами его Ольговичами». Он решил прежде всего покончить с ними и от Москвы повернул назад к Коломне. Дойдя до Оки, великий князь остановился шатрами на пологом берегу. В тот же день подоспели и рязанские князья: Роман, который тридцать лет сидел у него в темнице, Святослав, изменивший ему в Пронске, с двумя сыновьями, и еще четверо племянников, сыновей Игоря и Владимира. Поцеловав их, Всеволод велел им сесть в шатре и послал к ним князя Давыда муромского и мужа своего Михаила Борисовича. Долго ходили эти посредники между князьями, «оным клянущимся и ротящимся», что злого умысла у них никакого не бывало, как вдруг двое из них, «братичичи, а им своя», Глеб и Олег Владимировичи, явились обличителями. Когда великий князь услышал, что истина установлена, то велел взять их вместе с думцами (несчастное семейство, несшее из рода в род измены и казни), и вести во Владимир, а сам пошел к Пронску через Оку. Михаил Всеволодович, услышав, что стрыи его взяты, а на него рать идет, бежал в Чернигов к тестю. Проняне приняли к себе Изяслава Владимировича, третьего брата «обличителей», или, как называет их Новгородская летопись, «клеветников», и затворились в городе. Великий князь прислал к ним Михаила Борисовича смирить их, но они, надеясь на крепкие стены, решили защищаться. Суздальцы приступили со всех сторон, отвели воду. Проняне бились изо всех сил и по ночам выходили за водой. Великий князь велел, наконец, стеречь с оружием день и ночь и распределил всех князей, кому стоять против каких ворот и биться: сыну Константину с новгородцами и белозерцами против одних ворот на горе, Ярославу с переяславцами против других, Давыду с муромцами против третьих, а сам, с сыновьями Юрием и Владимиром, и при них рязанские Глеб и Олег Владимировичи за рекой с поля половецкого. Проняне все-таки бились, уже выходя из города «не для брани, а для жажды водной»: многие люди умирали даже в городе. И у осаждавших оказался недостаток в продовольствии; надо было послать «по корм к ладьям на Оку». На ладьи напал тогда Роман Игоревич, выйдя из Рязани со своим полком. Всеволодов полк, к которому приставлен был Олег Владимирович, быстро двинулся к ладьям на помощь. Рязанцы, оставив ладейников, выстроились и сразились. Олег победил Романа и возвратился к Пронску к великому князю с победой. Три недели длилась осада и, наконец, проняне сдались. Всеволод смирил их, посадил у них Олега Владимировича, а сам пошел под Рязань, сажая своих посадников по всем городам. Когда он был у Доброго и наутро хотел переправиться через Проню, рязанцы прислали к нему гонца с поклоном, моля, чтобы он не подходил к городу, епископ Арсений слал одного за другим послов, молясь, чтобы он не шел далее: «Князь великий! Не опусти мест честных, не пожги церквей святых, в них же жертва Богу и мольба за тебя совершается. Мы исполним теперь всю волю твою, все, чего ты хочешь». Всеволод отошел к Коломне. На устье Мерьской, на пути к Владимиру, его догнал сам епископ с мольбой и поклоном от всех людей.