Напряжение возрастало.
Когда вторая группа дошла до Стрельнинского парка, начались потери. После паузы поиск возобновился. Теперь легководолазы подходили к предполагаемому месту разведки под водой. Противник стал нервничать, что говорило о близости разведчиков к цели. Пришлось опять делать паузу, а затем продолжить поиск ораниенбауманской группой. Наконец легководолазу Никитину и его напарнику удастся обойти дамбу Стрельнинского парка по болотистому участку, считавшемуся немцами непроходимым. Они обнаружили катера противника тщательно охраняемые и замаскированные. Остальное было делом техники. Вскрыта система связи и охраны, определено место базирования небольшого гарнизона, распорядок дня и так далее.
Для уничтожения базы катеров созданы четыре группы. На первую возлагалась задача повреждения связи и удержание подкреплений противника, вторая должна уничтожить катера, третья — блокировала гарнизон, четвертая — прикрывала отход всех групп. Первый выход на операцию обернулся неудачей. Из-за ветра катера снесло, и И.В. Прохватилов принял решение вернуться в базу. Нужно было действовать наверняка. Перед началом второй попытки, используя легководолазное снаряжение, на берег занятый противником, высажен наводчик — краснофлотец Ананьев. Он должен был в условленное время выставить световой ориентир, на который будут выходить диверсионные группы. С наступлением темноты подразделение вышло на операцию. Высадка прошла успешно. Через час после нее на берегу раздались взрывы.
Чуть позже к катерам стали подходить шлюпки с диверсантами. Нужно было срочно уходить, т.к. немцы открыли ураганный огонь. С этой операции не вернулась группа прикрытия за исключением старшины Данилова.
Спецподразделение легководолазов штаба Краснознаменного Балтийского флота выполнило более 200 разведывательно-диверсионных заданий. О них писала флотская газета «Красный Балтийский флот», из уст в уста передавались легенды. Именно легенды, так как боевые операции, выполнявшиеся ими, не встречали поддержки со стороны советской оборонной промышленности. Легководолазы индивидуально совершенствовали снаряжение, изобретали его. Практически все специальное оборудование и вооружение производил шестой взвод подразделения (учебный). Но потери в людях оказались огромны. Из 145 человек, входивших в первый состав РОН БФ, в живых осталось только 20 человек.
По некоторым сведениям, на Черноморском флоте подобное подразделение во время боевых действий с августа 1941 по январь 1942 года было полностью обескровлено. Изучение материалов позволило установить, что 01.10.1941 года в Севастополе было сформировано особое подразделение войсковой разведки. Руководил им батальонный комиссар У.А. Латышев (начальник разведотдела штаба флота полковник Д.Б. Намгаладзе). Подразделение именовалось — 2-й разведывательный отряд Черноморского флота (в/ч 605). Он состоял из 4-х взводов, каждый из которых насчитывал четыре отделения. Кроме обычного оружия бойцы были оснащены велосипедами и мотоциклами. Данных о наличии в составе отряда бойцов, имеющих водолазную подготовку, обнаружить не удалось (см: Шесгаков Н.С. Совершенно секретно. — Севастополь: «Рибэст», 2005, С93—95).
В августе 1941 года в Севастополе на западном берегу бухты Круглой (Омега) был сформирован диверсионный отряд особого назначения (23 человека), предназначенный для действий на территории Болгарии. Подразделение состояло из болгарских коммунистов. Его переброску из бухты к месту высадки в 1941 году осуществляли подводные лодки Щ-211 и С-32. 11.08. и 28.08.1941 года была осуществлена высадка двух диверсионных групп. Но выход на берег выполнялся из субмарин, находившихся в надводном положении.
11.08.1941 года Щ-211 подошла ночью к болгарскому берегу южнее устья реки Камчия на полпути между варненским заливом и мысом Карабурун. В 150 метрах от берега на пяти резиновых лодках была высажена группа, состоявшая из 14 (по другим данным, из 16) болгарских диверсантов. Подразделение возглавлял руководитель Военной комиссии ЦК Болгарской коммунистической партии Цвятко Радойнов.
Вторая высадка в Болгарии произошла в ночь с 28.08. на 29.08.1941 года в районе между селом Шкорпиловци и устьем реки Камчия. В этот раз группа состояла из 9 человек, а руководил диверсантами Мирко Петков. Позже подводные лодки Черноморского флота не раз осуществляли доставку советских десантно-диверсионных групп к различным участкам крымского побережья, но высадки на берег неизменно осуществлялись в надводном положении. Это стало одной из причин больших потерь среди личного состава и даже полной гибели подразделений.
Погибли со всеми экипажами и подводные лодки Щ-211 и С-32. Щ-211 не вернулась из боевого похода в ноябре 1941 года (командир — капитан-лейтенант А.Д. Девятко (1908—1941), экипаж 44 человека). Ее останки были обследованы в июле 2003 года в точке с координатами 42 градуса 53,65 минут с.ш. 28 градусов 03,51 минут в.д. По мнению некоторых специалистов, во время гибели корабля на его борту могла находиться одна из болгарских диверсионных групп, так как штатная численность экипажа составляла 38 моряков. Позже действия Щ-211 были отмечены руководством Болгарской Народной Республики, Именем командира лодки названа улица в Варне. А.Д. Девятко посмертно был награжден болгарским орденом «9 сентября 1944 года» I степени. Подводная лодка С-32 погибла 26.06.1942 года в 12 милях южнее м. Сарыч в точке с координатами 44 градуса 12 минут сш. 33 градуса 48 минут в.д. (командир — капитан 3-го ранга С.К. Павленко (1905—1942), экипаж 48 подводников) (см.: Стрельбицкий К.Б. Во имя России. Мартиролог черноморских подводников Отечества (1909—1945). — M. «Отечественная военная история». 2003. С. 66—73, 92—95). На берегу Круглой бухты, рядом с корпусами украинского военного госпиталя, установлен памятник из черного мрамора, посвященный болгарским разведчикам-диверсантам. На нем высечены фамилии: Георги Антонов, Иосиф Байер, Антон Бекляров, Кирилл Видинский, Трифон Георгиев, Георга Гырбачев, Тодор Гырланов, Сыби Денев, Димитр Димитров, Васил Додев, Иван Иванов, Иван Изаговский, Басил Лагадинов, Делчо Напла, Ангел Ников, Стефан Пажев, Мирко Петков, Авраам Петров, Цвятко Радойнов, Симеон Славов, Борис Толчев, Иван Щерев. Считается, что было подготовлено четыре группы диверсантов, состоявших из болгар. Вероятно, приведенные фамилии представляют совокупный перечень личного состава отряда.
Не предполагая использовать подводный вариант диверсионной деятельности после начала Великой Отечественной войны под г. Горьким (совр. Нижний Новгород, местечко Моховые Горы), была создана группа легководолазов, получивших профильное образование в ОСВОДе. Ее возглавил А.И. Мацюра. Задачей его подчиненных было в короткие сроки подготовить стрелковый полк для «подводного варианта» преодоления рек. Предполагалось в течение 1,5 месяца пройти курс подготовки личного состава с использованием аппаратов ВИА-1 и ВИА-2, а также ИПА-3. Учебный процесс не исключал формирование из наиболее подготовленных военнослужащих спецподразделений для ведения подводной войны. Они, имея взрывчатку, могли двигаться под водой по компасу или путеводной нити.
Деятельность подобных воинских образований остается одной из тайн ушедшей войны...
Бесценный опыт ведения специальных операций, приобретенный личным составом роты особого назначения Прохватилова на Балтике, вскоре оказался востребованным на южном направлении боевых действий. В апреле 1944 года на Черноморском флоте сформировано спецподразделение, состоявшее из 10 легководолазов-разведчиков. Им командовал ученик И.В. Прохватилова — С.С. Осипов. На Тихоокеанском флоте в июне 1945 года сформирован отряд, решавший подобные функции. Им командовал Герой Советского Союза В.Н. Леонов.
После разгрома немецких войск на ленинградском направлении И.В. Прохватилову не удалось убедить командование в сохранении уникального подразделения, которым он командовал все непростые годы войны. Он аргументированно предлагал создать на базе роты особого назначения РО ШБФ спецшколу легководолазов-разведчиков, справедливо полагая, что «...это дело новое, при известных условиях может быть очень полезным на все время, пока существует разведка». Однако его мечте не суждено было сбыться. Главным недостатком в работе РОН являлась невозможность использования в диверсионной работе подводных лодок.