В июне 1944 года немецким командованием принято решение о проведении первой операции новой группы боевых пловцов-диверсантов спецподразделения «К». Результатом этих действий стал подрыв моста на Орнском канале. Группа боевых пловцов без потерь вернулась на базу. Чуть позже взорван еще один мост на Орне, что стало также одной из успешных операций немецких подводных диверсантов во время боевых действий на пресноводных водоемах.
С целью анализа действий штурмовых групп специального назначения и планирования дальнейших подводных диверсионных операций, в мае 1944 года немцами создан научный специализированный центр «Раумкоппель» с дислокацией в Шепеберге (Мекленбург). Его возглавил доктор Конрад Фоппель. До конца войны центр подготовил сотни разработок, которые позволяли боевым пловцам эффективно действовать на любой территории стран мира, учитывая серьезное топографическое, геологическое и географическое обеспечение. До конца 1944 года оставалось немного времени. Но пловцами-диверсантами Германии будет проведен еще ряд успешных операций. Наиболее примечательными среди них стали уничтожение береговой батареи «Бакдю Од» (располагалась на южном берегу устья Сены между Онфлером и Трувилем), главного портового шлюза в Антверпене и мостов через реку Ваал (район Неймегена).
Почти одновременно с 211-й флотилией боевых пловцов во второй половине 1944 года начала действовать 261-я флотилия спецподразделения «К», вооруженная одноместными ПЛ типа «Бибер» («Бобр», конструктор капитан 3-го ранга Ганс Бартельс). К 23.02.1944 года подготовлен проект корабля, 15.03.1944 года — изготовлен его опытный образец, получивший рабочее название «Адам». Окончательно испытана 29.03.1944 года в присутствии главкома ВМС Германии и поступила в серию (всего 325 лодок).
Погружающаяся лодка типа «Бибер» имела длину 9 (по другим данным — 8) метров при диаметре корпуса (максимальном) 98 см. В его середине располагалась небольшая рубка, над которой возвышался перископ длиной 1,5 метра, нактоуз и шнорхель для подачи в лодку воздуха. Двигатель использовался автомобильный (бензиновый) фирмы «Оппель», что стало огромной проблемой для эффективности боевого применения СМП А «Бибер» нес две торпеды, управляемые одним человеком.
Боевое использование СМПЛ началось с 20.08.1944 года, когда ее 261-я флотилия расположилась на берегу Ла-Манша. Но надежды, возлагаемые на новое штурмовое средство, не оправдали результатов. Большинство водителей «Биберов» стали жертвами не только авиации и кораблей противника, но в значительной степени несовершенства самой конструкции сверхмалой ПЛ. Нередко служба радиоперехвата немецкой разведки получала информацию из английских источников о подъеме из воды «Биберов» со спящими или мертвыми водителями. Еще чаще водители пропадали без вести. Потеря людей происходила, главным образом, из-за непродуманной системы регенерации дыхательного воздуха. Пилот мог дышать в замкнутом объеме корпуса лодки примерно 45 минут, затем переходил на использование оксилитовых патронов (три блока). Каждый из них был рассчитан на 7,5 часа автономного использования. Теоретически это позволяло находиться в подводном положении примерно 20 часов. Но проблемы оставались, н руководство спецподразделений пыталось применять тонизирующие таблетки Д-IX, однако пилоты часто отказывались их использовать. Это было связано с тем, что в химический состав препарата входили наркотические средства.
Попытка использовать «Биберы» предпринималась и на советско-германском фронте. На рейде Мурманска находились корабли, прибывшие в порт с грузом техники, имущества, поставлявшегося в СССР по ленд-лизу. Среди конвоя находился линкор «Ройял Соверен», переданный в распоряжение Северного флота под названием «Архангельск». В тот раз рядом с ним расположились авианосец, крейсера и эсминцы королевского флота. Немецкое командование приняло решение с помощью СМПЛ «Бибер» атаковать их «строго одновременно в установленный час». К счастью, операция даже не была начата. Решение об этом принял командир группы из 6 СМПЛ капитан-лейтенант Вольфганг Ведеман, так как подчиненные ему лодки «из-за постоянной вибрации» вышли из строя. Группа была возвращена в базу.
Ограниченные возможности «Биберов» лишили немецкое командование возможности их эффективного использования. Только за три месяца (декабрь 1944 года—февраль 1945 года) около 110 сверхмалых ПЛ приняло участие в нескольких боевых операциях, результат которых оказался невысок. Учитывая недостатки СМПЛ, разработан ее модернизированный вариант «Бибер-3», но проект не будет реализован. После несчастного случая в Роттердамском порту (январь 1945 года), когда собственной торпедой была уничтожена почти вся флотилия «Биберов», интерес к ним немецкого командования значительно пошатнулся. 06.03.1945 года таким же образом была загублена вторая флотилия лодок, но уже с большей частью пилотов. Это окончательно отвернуло немецких военных от дальнейшего применения «Биберов». Война была проиграна, и это понимали в Германии многие.
В процессе боевых действий на средиземноморском театре германское командование использовало также одноместную СМПЛ типа «Мольх» («Саламандра»), но ожидаемого успеха и она не имела. По сути, это была увеличенных размеров электрическая торпеда с диаметром корпуса 1,3 метра. С июня по декабрь 1944 года спущено со стапеля оказалось около 150 СМПЛ «Мольх». До конца войны эти лодки заменит более совершенная модель сверхмалой ПЛ «Зеехунд». Ее проектирование началось в июне 1944 года. Но времени для отработки боевого применения корабля не оставалось.
Всего на апрель 1945 года было построено более 250 единиц СМПЛ типа «Зеехунд», большое количество субмарин находилось в стадии сооружения. Новое боевое штурмовое средство использовалось только с января по апрель 1945 года в морском районе между Темзой и Шельдой, а также в проливе Па-де-Кале. С помощью субмарины «Зеехунд» немцам удалось потопить несколько кораблей. Общий тоннаж судов противника, потерянный с февраля по апрель 1945 года при боевом воздействии лодки, составил 93 тыс. брт. По данным английских источников, «Зеехунды» потопили корабли общим водоизмещением свыше 120 тыс. брт. Последнее задание, которое пришлось выполнять боевым пловцам-пилотам на этой малой субмарине, было снабжение войск заблокированных в «крепости Дюнкерк». Несмотря на скромные результаты, специалисты считали, что «подводные лодки типа "Зеехунд" довольно успешно использовались в боевых действиях. Это было обусловлено их повышенными тактико-техническими элементами в части скоростей и дальности плавания, а также сравнительно большей автономностью» (см: В.В. Дмитриев, В.П. Дорофеев, К.Г. Суворов «Подводные москиты»).
Кроме действий на Западном фронте, боевые пловцы-диверсанты спецподразделения «К» осуществляли операции на Восточном фронте против Красной армии, для этого в феврале 1945 года из состава «Учебной команды 700» была создана группа «Ост» в количестве 16 человек. В ее задачу входило разрушение мостов в тылу русских войск. Вскоре группа была переброшена на север в город Альбек на острове Узедом (Балтийское море). Именно отсюда в течение марта—апреля 1945 года диверсанты группы «Ост» действовали в тылу советских войск, уничтожив два моста в Штеттине и три между островами Воллин и Померанией. В период наступления советских армий с одерских плацдармов на Берлин (апрель 1945 г.), немецкие подводные диверсанты взорвали еще несколько мостов через Одер, в том числе понтонные переправы в районе Ниппервизе и Фиддихова. Последние недели апреля 1945 года оказались для подводных диверсантов группы «Ост» самыми тяжелыми. Они были связаны с уничтожением мостов, а также других объектов в районе Штеттинского порта. Это оказались последние операции немецких подводных диверсантов. Вторая мировая война для Германии закончилась поражением
Боевые пловцы-диверсанты спецподразделения «К» так и не смогли выполнить последнюю задачу, которую поставил перед ними фюрер, — прорваться в Берлин и обеспечить его личную охрану. 27.04.1945 года 30 подводных диверсантов с полным вооружением были готовы к переброске с аэродрома Рерик в Берлин на трех транспортных самолетах Ю-52. Но было поздно. 29 апреля, покончив жизнь самоубийством, Адольф Гитлер освободил их от необходимости выполнения приказа.