Поэтому первоначальная опись проводилась неквалифицированно, по-дилетантски, лишь грамотная помощь нотариуса Христофора Тайдемана дала возможность судить о подлинном богатстве библиотеки. Вот как об этом пишет канадский ученый Валентин Босс: «Трудности возникали и по той причине, что книги были на многих иностранных языках — на 12 языках (если не считать и одну неопознанную книгу). Транскрибировались названия книг кириллицей. Иногда транскрипция названий давалась фонетическая, а иногда делалась попытка перевести название книги. Каждый из четырех составителей каталога вносил свою долю профанации при работе над ним. Неспециалисты Богдан Аладин и капитан-лейтенант Гурьев начали работу первыми, и поэтому в списке первых шестисот томов отсутствует дата издания. Христофор Тайдеман подошел к делу более добросовестно и поэтому немецкие книги во второй половине описи обработаны наиболее полно». Можно добавить, что Академия наук получила не только книги из библиотеки Брюса, но и коллекцию редкостей и ценных вещей, которые Брюс собирал всю жизнь (картины, монеты, приборы, атрибуты восточных культов и многое другое).
Нотариус Христофор Тайдеман и писарь Иван Пухорт прибыли для составления каталога 31 июля. Окончательный вариант каталога включал 1600 наименований: книги, редкие рукописи, географические курьезности, карты, образцы минералов и ботаники, а также астрономические и математические приборы. Этот каталог был действительно единственным документом такого рода в первой половине XVIII века. Каталог наглядно показывает не только широкий диапазон интересов Брюса во всей его полноте, но также каким образом учение Ньютона проникало в Россию и становилось в ней известным.
Этот каталог оставался до сих пор нерасшифрованным, частично по вине Забелина, так как он считал, что его список неполный, содержащий менее половины всей коллекции Брюса, а также по причине самых реальных языковых несообразностей каталога. Но если бы такие ученые, как С. Е. Фель, Ю. Х. Копелевич, В. Л. Ченакал, С. Л. Соболь, В. Л. Воронцов-Вельяминов и другие, писавшие о Брюсе, даже знали, что каталог Забелина в 789 наименований является всего лишь частью значительно большего списка, то все равно они не смогли бы понять этот каталог, так как (отмечает С. Е. Фель) «названия книг не даются как текст, а в сильно сокращенном виде, дата издания не указывается, фамилия автора сообщается редко». Например, труды Ньютона, имевшиеся в собрании Брюса, упоминаются без имени автора и без года издания. В библиотеке Брюса имелись все основные труды Ньютона и многие наиболее значительные труды его последователей, комментаторов теории Ньютона, имелись даже «Похвальные стихи на господина Исаака Невтона» (Лондон, 1728). Более бережно отнеслось академическое начальство к книгам на английском языке. Научные связи с Англией и в 30-е годы XVIII века были редки, да и английским языком в то время владело ограниченное число ученых Петербургской академии наук, поэтому и книги на нем были большой редкостью и сразу же попали в иностранный фонд библиотеки Академии наук, где и находились в течение двух столетий. Книги эти в собрании Якова Вилимовича хронологически охватывают конец XVII — первую четверть XVIII века, т. е. период всей жизни Брюса. Сохраняя связи с Англией и после отставки, он получал оттуда литературу до последних дней жизни. Он был единственным в России того времени обладателем полного комплекта научного журнала «Философские труды», печатавшегося в Лондоне с 1666 года. Последний том этого журнала из собрания Брюса вышел в свет в 1730 году. Из книг, опубликованных в Англии в конце 20-х — начале 30-х годов XVIII века, в библиотеке были переводная книга Г. Бургаве «Элементыхимии», «Искусствоминиатюры» и «Школа рисунка», издания 1732–1733 годов и многие другие. Даже художественную литературу Я. В. Брюс, по мнению Е. А. Савельевой, предпочитал иметь в своей библиотеке на английском языке. Примером служат «Басни» Эзопа и «Дон Кихот» Сервантеса.
Многие книги, независимо от языка, на котором они написаны, носят на себе следы работы над ними Я. В. Брюса. На изданиях по математике, физике, астрономии, точным наукам — это алгебраические выкладки, решения задач, расчеты, сделанные им для работы над инструментом, вроде подзорной трубы или оптических стекол, зеркал. На рецептурных справочниках он часто выписывал на форзац рецепты, которыми, по-видимому, пользовался сам. В ряде случаев попадается просто редакторская правка.
Если с книгами на иностранных языках в сохранившейся части библиотеки дело обстоит более или менее благополучно, то судьба книг на русском языке из его собрания оказалась просто печальной. По описям в составе библиотеки числилось тридцать восемь единиц русских изданий. В настоящее время удалось обнаружить лишь пять, которые с уверенностью можно отнести к этому собранию. Три из них: «Земноводного круга краткое описание» И. Гюбнера, «Новейшее основание и практика артиллерии» Э. Брауна (М., 1709) и «Сокращение математическое» Я. Германа и Ж. Н. Делиля (СПб., 1728) — напечатаны гражданским шрифтом. Три издания напечатаны кириллицей: «Таблицылогарифмов» (М., 1703), «Торжественные врата» (М., 1703) и Новый Завет на голландском и русском языках. Голландский текст был напечатан в Гааге, русский — в Санкт-Петербурге в 1717 году. Интересно, что и в последней книге, в русской части текста, имеется правка Брюса.
Анализ библиотеки основан на двух самых авторитетных исследованиях — С. П. Луппова и Е. А. Савельевой. Именно их трудами стало видно, что книги были на четырнадцати языках.
Первое, что бросается в глаза при рассмотрении библиотеки в целом, — это ее универсальный характер. Пожалуй, нет ни одной научной дисциплины, по которой у Брюса не было бы книг. Явно преобладает научная литература. Обращает внимание большое число книг по физико-математическим наукам (233), медицине (116), геологии и географии (71). Несомненный интерес Брюс проявлял и к военным наукам (91), особенно к артиллерии и фортификации.
Но Брюс был не только естествоиспытателем и военным. Гуманитарные науки, особенно история, философия, занимают немалое место в его библиотеке. В этой области Брюс, очевидно, был силен. Немало книг имелось у него по архитектуре, искусству и филологии (включая лексиконы).
Подавляющее большинство книг в библиотеке Брюса было на немецком, английском, голландском и латинском языках. На французском языке всего 25 книг. Брюс приобретал для себя книги, как правило, лишь на тех языках, которые были ему хорошо известны.
Какие же именно книги находились в библиотеке Брюса? В числе математической литературы можно найти книги по всем разделам математики: арифметике, алгебре, геометрии (в том числе и стереометрии), тригонометрии. Среди них есть учебные курсы (например, «Математика для отроков» Штурма на латыни) и литература о практическом применении математики. Тригонометрические таблицы (например, Хр. Вольфа, издания 1711 года), переводы самого Брюса.
Довольно разнообразна и астрономическая литература. Здесь и «Космография» С. Мюнстера (Базель, 1550), «Каталог звездам восточным» Э. Галлея и его же «Описание прохождения лунной тени через Англию во время солнечных затмений 1724 и 1725 годов», «Известия о кометах» К. Нотингеля (1665), целый ряд изданных в Гданьске на латинском языке произведений польского астронома XVII века Я. Гевелия (например, «Космогеография», 1668), «Защищенный Коперник» И. Вилкина (Лейпциг, 1703).
В числе книг по физике, наряду с работами Ньютона, в собрании Брюса привлекают внимание «Книга о магнитной теории» Хью Эбергарда, издания 1720 года, сочинения Архимеда в изложении Барова на английском языке.
Интересовала Брюса и литература по химии — науке, находившейся в этот период еще в младенческом состоянии (до открытий Ломоносова и Лавуазье). В числе книг по химии в библиотеке Брюса мы находим: «Курс химии» Луммера (1698), «Химия рациональная и экспериментальная» Г. Штала (1720), «Химические примечания» (1718), «Химия» Кункела (1686), «Химия» Келнера (1693), «Химия» Реленера (1715) и другие.