Обсерватория при въезде фланкировалась двумя флигелями, один из которых, западный флигель парадного двора, использовался под кладовую. Во втором, расположенном в парке, размещалась химическая лаборатория Брюса. Симметричное расположение флигелей читается и сейчас, несмотря на то что подъездной дороги через пруд уже больше нет, а берег пруда, где проходила подъездная аллея, застроен современными постройками и сильно зарос деревьями и кустарником. На парадном дворе также сохранились южный и восточный флигели. Каждый из них выполнял функции кордегардий, в нем размещалась охрана усадьбы.
Сохранились в усадьбе и постройки на хозяйственном дворе. Бывшая конюшня, каменная оранжерея, складские помещения и мастерские в XIX веке были соединены в одно здание, составляющее в настоящее время основу хозяйственного двора усадьбы. На хозяйственном дворе также присутствует бывшая конюшня и двухэтажная оранжерея. Теперь все эти постройки используются в качестве лечебного и спального корпусов гастро-энтерологического санатория «Монино». В 1972 году на территории усадьбы была обнаружена минеральная вода, способствующая быстрому излечиванию от желудочно-кишечных заболеваний.
Усадьба Глинки совершенно не обследована искусствоведами, специалистами садово-паркового искусства, поэтому можно только предполагать, что на месте современного основательно запущенного парка был когда-то регулярный парк французского типа. Об этом парке писал побывавший здесь в 1920-е годы искусствовед А. Н. Греч: «Схематическая планировка этого небольшого французского сада сводится к четырем квадратам в ширину главного дома (обсерватории), разделенным тремя широкими аллеями… В четырехугольник перед домом вписан многоугольник, состоящий из вековых лип. Дальний четырехугольник занят квадратным водоемом, по оси которого дальше, уже за парком, стоит церковь. Два других прямоугольника справа от средней аллеи заняты: один звездообразным пересечением аллей, а другой — лужайкой, где, согласно народному поверью, была беседка с самопроизвольно играющей музыкой». Трудно определить, что в этом рассказе осталось от брюсовского парка, но несомненно одно: парк в усадьбе был одним из самых интересных в России. К сожалению, в настоящее время парк потерял прежнюю красоту.
В архиве профессора В. В. Чердынцева, ученика В. И. Вернадского, сохранился интересный рисунок усадьбы, на котором записано: «Глинки по специальному плану 1855 г.». Рисунок довольно условный, однако на нем четко обозначена аллея, проходящая на восток от усадебного комплекса. Аллея тупиковая и заканчивается площадкой округлой формы, похожей на «кабинет», характерный для парков французского типа. По всей видимости, аллея, сохранявшаяся к 1855 году, была частью перспективы. Пруд на рисунке, так же как и на плане 1767 года, разделен на две части. Раздел между прудами находится на месте предполагаемого моста и является частью центральной оси — перспективы с запада на восток. Южная часть пруда имеет форму квадрата и значительно меньше северной. Этот квадратный пруд занимает промежуточное положение «среднего» по отношению к северной части и реке Воре, что вызывает вопрос о возможном применении этого пруда при проведении опыта по «замораживанию» пруда летом, как это предполагает доктор технических наук, профессор кафедры гидротехнических сооружений МГСУ В. В. Малаханов.
Усадьба, созданная Брюсом, хранит еще много тайн, которые во многом и рождали легенды. Одна из этих тайн — система подземных ходов, находящаяся в усадьбе. Согласно исследованиям группы лозоискателей под руководством кандидата технических наук И. Е. Кольцова, проведенным в 1988–1989 годах, подземные ходы соединяют все здания усадьбы и выходят далеко за ее пределы.
В конце XVIII — начале XIX века в парке был создан искусственный пруд, который, по мнению В. В. Синдеева, использовался в качестве садка для разведения рыбы. Этот пруд отделяет основную часть парка от северной его части, где в 1756 году племянником Я. В. Брюса Александром Романовичем была построена церковь Иоанна Богослова с приделом Святого благоверного князя Александра Невского. После смерти А. Р. Брюса рядом с церковью выстроена усыпальница на месте захоронений Александра Романовича, его жены Н. Ф. Колычевой. В храме было захоронение П. А. Румянцевой-Брюс с известным надгробием скульптора И. П. Мартоса. Церковь, перестроенная в 1883 году, в советское время была закрыта и переделана в спальный корпус. Не сохранилась и усыпальница. В 1934 году она была разобрана. Все надгробия из усадьбы вывезены в Донской монастырь. Из них только надгробие Мартоса хранится в настоящее время в главном здании Музея архитектуры имени A.B. Щусева на Воздвиженке.
Период пребывания Я. В. Брюса в Глинках имеет огромное значение по той причине, что именно в эти годы Яков Вилимович наконец-то смог активно заняться научной деятельностью. Достаточно сказать, что библиотека, вывезенная из усадьбы после смерти Брюса, согласно далеко не полной описи, насчитывала 1579 томов. Это были книги по двадцати научным дисциплинам на четырнадцати языках. Поистине он был ученый-энциклопедист, занимавшийся не только переводами и научными исследованиями в различных дисциплинах, но и активно пропагандировавший знания, настоящий просветитель и организатор науки в России, всю свою жизнь занимавшийся научноисследовательской деятельностью.
Безусловно, ведущую роль в формировании Брюса-ученого сыграла поездка в Англию в составе Великого посольства в 1698 году. Об этой поездке и занятиях Брюса в Англии уже было рассказано, однако добавим, что к моменту его приезда в Англию Лондонское Королевское общество представляло собой не просто группу ученых. Общество имело сложившиеся традиции развития экспериментальных знаний, достигших своего высшего подъема на уровне теоретического анализа. Кроме того, возникает своего рода синтез бэконовского эмпирически-индуктивного и декартовского математически-дедуктивного методов (хотя номинально представители этих направлений научного исследования противостояли друг другу). И Брюс, оказавшийся по воле царя в Англии в 1698 году, аккумулировал знания, накопленные учеными за предыдущие десятилетия. Поэтому он и получает комплексное универсальное образование энциклопедиста. Тем более получаемые Брюсом знания попадают на подготовленную почву, что было обусловлено его несомненными талантами. Так что выбор Петра был неслучаен.
И все же, говоря об энциклопедичности ученого Брюса, необходимо обратить внимание на некоторые отрасли знания, которым Брюс отводил особую роль.
Безусловно, для совершенствования в науках в целом требовалось поднять свой уровень знаний в математике. Этим и занимался Яков Вилимович, обучаясь у Джона Колсона.
В библиотеке Брюса имелись рукописные книги и тетради с пометкой «Bruciana», написанные во время пребывания в Англии в 1698 году. К сожалению, этих книг сохранилось немного. Среди них наиболее интересны как раз математические. Прежде всего это «Сборная рукопись по математике и фортификации» на шведском языке. Рукопись включает такие разделы, как «Арифметика», «Геометрия», «Практическая геодезия и геометрия», «Осада крепости», «Инструкции по фортификации» и многое другое. На 286 страницах здесь подробно изложен теоретический и практический материал с упражнениями и схемами по использованию математических знаний для всяких целей. Более того, книга имеет добавления, которые Брюс вносил в апреле 1699 года, а также во время военных походов 16 ноября 1702-го и 18 января 1704 годов.
Несмотря на то что отсутствуют имена авторов книг, мы склонны предполагать, что данная «Сводная рукопись…» является своего рода конспектом, который составил Брюс при изучении различных трудов по математике, геодезии, фортификации.
Подобным же конспектом, составленным в 1698 году, безусловно, является и рукописный текст «Заметки по математике» на немецком языке. Я. В. Брюс обозначен в качестве автора этой рукописной книги. Однако эта книга не что иное, как конспекты, составленные Яковом Вилимовичем при его обучении у Джона Колсона. Конспект включает практически все разделы математики. Здесь «Правила треугольника», «Правила двойных углов», «Арифметические прогрессии», «Геометрические прогрессии», «Извлечение квадратного корня», «Дефиниции», «Теоремы», «Проблемы геометрии», «Тригонометрия». Все это показывает, что Якова Вилимовича очень серьезно интересовала математика. И связано это не только со строительством кораблей, военной и артиллерийской деятельностью, а еще и с занятиями астрономией.