Естественно, в ведении брюсовской коллегии были металлоплавильные заводы, особенно на Урале. Этот ответственный участок работы коллегии поручается В. Н. Татищеву, бывшему на Аландском конгрессе при Брюсе офицером связи. Затем ввиду острого конфликта Татищева с Демидовым на Урал был отправлен Вильгельм де Геннин, которому поручается не только руководить устройством уральских заводов и надзирать за ними, но и также сделать описание всех уральских и сибирских заводов. Это описание было составлено за период управлением заводами с 1722 по 1734 год. Оно очень полно отражает масштаб развития промышленности на Урале и в Сибири в Петровскую эпоху, а главное — разнообразие этой промышленности. В «Описании» присутствуют предприятия от крупных железоделательных, медных, серебряных до мелких по производству кирпича, хлеба, мехов и т. п. Составление такого описания, безусловно, крупное достижение деятельности сотрудников Берг-коллегии.
В феврале 1724 года Геннин пишет: «Екатеринбургские заводы и все фабрики в действии… выплавлено уже 1500 пудов чистой меди и отправлено к пристани для отсылки к Москве; и медной руды уже на целый год добыто в короткое время и с малым убытком; и должен я Бога благодарить о моем счастии, что я такое богатое рудное место обложил… и надеюсь, что в малых летах тот убыток, во что заводы Екатеринбургские стали, все заплатится, и потом великая прибыль пойдет… всюду на заводах руды и угля на год вперед заготовлено. И где такая богатая железная руда есть, что на Алапаевских заводах! Половина железа из нее выходит, а на Олонче пятая доля выходит: то великая разность. Ныне на Каменских заводах льют пушки на артиллерию… Строгановы видят ныне, что Бог открыл много руды, а прежде сего жили они как Танталу, весь в золоте и огороженный золотом, а не могли достать: жили они в меди, а голодны. И ныне просили меня, чтобы я с ними товарищ был и указал им, как плавить и строить, так же на их камне завод отмежевать и при Яйве три места рудных, то я с радостью рад и сделаю, а ваши места не отдам, понеже надобно пренце свой убыток, во что заводы стали, возвратить… И они могут, ежели охотники, так же довольно руды добывать: кроме твоего богатого места, других там мест довольно. И покамест не приведу в действо нынешний завод при Пыскаре, не пойду без твоего указа; покамест сила моя есть, я рад трудиться… Пожалуй, послушай меня и не реши горных здешних дел и положи на меня, как я прикажу. Я желаю тебе добра, а не себе, и хочу прежде все убытки тебе возвратить, что в 25 лет издержано на горное дело. И то ныне не отдавай тех шахт, где я на тебя добываю руду, для того, что очень богато и без труда добываем, а возле тех мест есть довольно и других таких рудных мест… я бы сам себе худа не желал и те места на себя бы взял, только не хочу, а тебе желаю добра».
Это письмо было адресовано Петру I, с которым Вильгельм де Геннин состоял в личной переписке. Надо признать, что не всегда эта переписка была «в пользу» Брюсу, хотя право непосредственной переписки с царем Геннин приобрел благодаря личным поручениям Брюса. Преданность нашего героя делу и пользе России была такова, что нередко вызывала неприятие не только у посторонних, но и среди подчиненных самого Брюса. Впрочем, и друзья, и недруги отдавали должное его энергии, уму и таланту, независимо от личных отношений, понимали, что участие Брюса обеспечивает успех дела. Известный нам В. де Геннин, руководивший до этого Олонецким заводом, а в 1720 году командированный за границу для найма мастеровых, писал Петру 13 февраля 1720 года из Берлина: «Пожалуйста, Государь, не отдавайте ружейного мастера и штального мастера в артиллерию; пожалуй пошли их на Олонец; а с другим как ваше величество изволите». И еще жалуясь царю: «Не вели меня Берг-Коллегии трогать; а как все сделаю, в ту пору — как они хотят. А коли им рапорты о приходе и расходе надобны, то пускай пришлют из Коллегии кого из приказной ябеды; а мне и подчиненным моим рапортовать за многим строением недосуг. Ежели б Якову Вилимовичу досуг было, то любо бы переписываться с ним, который, зная горные дела, принял бы мои письма за благо. А я из Берг-Коллегии еще благодарного письма не видал, токмо грубые указы, без приписания руки Якова Вилимовича». В то же время де Геннин в одном из писем царю сообщает 4 апреля 1724 года, что «ныне на каменских заводах льют пушки на артиллерию по присланным чертежам от Якова Вилимовича, токмо они не корабельные».
Из писем того же де Геннина мы узнаем и о том, что зимой 1724 года Брюс, не то заболевший, не то чем-то расстроенный, заперся в четырех стенах и не занимался даже службой. В письме от 26 декабря 1724 года де Геннин, сообщая Брюсу о старых рудных копях и медной руде, найденных за Барабою, в Сибири, не преминул приписать: «О прочем, что я по моей должности партикулярно ваше сиятельство долгое время не рапортовал, то тот резон, понеже слышно мне и сожалительно, что вы не изволите никого к себе пускать и никакого дела не принимать, того ради я не хотел вас, моего государя утрудить; однако в чем изволите иметь о здешнихъ всех делах известие, то может донести вам член из Берг-Коллегии из моих рапортов, которые сколько я мог и как поспел за умалением приказных людей посылать».
Были трения у Брюса и с другими подчиненными по Берг-коллегии. Так, 25 февраля 1720 года он сделался непосредственным начальником первого порохового мастера, суперинтенданта Шмидта, в именном указе которому говорилось: «Сим подтверждаем, чтобы ты все ко исполнению должности своей требовал письменно от генерал-фельдцейхмейстера, и стать бы под его ордерами, а в небытность его здесь (в Петербурге) кому правление артиллерийское вручено будет, и того по указам исполнять». Это непосредственное начальствование над Шмидтом, объявлявшим, что без соблюдения определенных условий он порох делать не хочет, вовлекало Брюса в разные затруднения, из которых об одном он 6 апреля писал царскому кабинет-секретарю Макарову следующее: «Государь мой Алексей Васильевич. Изволил его царское величество приказывать мне, чтоб вновь заведеный пороховой завод по манире сур-интенданта (Шмидта) конечно достраивать. И я доносил, что в артиллерии зело великое оскудение в деньгах и что на такие дела денег нам не определяется. И его величество изволил обещать на оное строение приказать из кабинета отпустить деньги. И колико на половину оного строения потребно было, о том посылал я к вашему благородию наперед сего доклад.
А именно требовано 8907 рубл. И понеже по се время еще никакой резолюции не имею, а то строение к остановке ближится, того ради вашего благородия услужно прошу, дабы пожаловали уведомили меня: нет ли какова его величества указа о том. Я зело опасен, чтоб гнева на себя ненавесть; а строить из артиллерии конечно нечим. И хотя б не вдруг вышеписанное число было выдано, токмо б до остановки не допустить, понеже сие дело зело надобно. Впрочем, пребываю навсегда вашего благородия (собственноручно должным слугою Яков Брюс».
А вот служивший на заводах подполковник артиллерии Матвей Виттвер 15 августа 1720 года доносил царю: «Пушку скорострельную 24-фунтовую, которая ныне делается, оную я пробовал и выстрелил восемь зарядов с ядрами безо всякой запности. И начаю, что Божиею помощию можно выстрелить вдвое больше оною безо всякого мешкания. И ежели бы в нашей воле было — и оная бы давно в готовности была, также и прочие дела». Тот же Виттвер 18 ноября 1720 года письменно объяснил кабинет-секретарю Макарову, что не может прислать ему трехфунтовые мортиры, потому что новоопределенный цейхвартер Кошелев без позволения господина генерал-фельдцейхмейстера этой мортиры из цейхгауза не выдает, а мортир в 1 фунт, в 1,1/2 фунта и в 2 фунта, просимых Макаровым «в дом его царского величества», в наличии нет.
Несмотря на все эти досадные помехи, деятельность Брюса по руководству Берг- и Мануфактур-коллегией была довольно плодотворной.
Так, в 1719 году он разрабатывает Берг-привилегию, утвержденную Петром 10 декабря 1719 года. Этот документ имеет огромное значение для развития горного дела, металлоплавильного производства и разработки полезных ископаемых. Фактически принятие этого документа стало основой для деятельности Берг-коллегии. Кстати, благодаря ему датой образования Берг-коллегии принято считать 1719 год.