Ситуацию с подрядами довольно подробно исследовал Н. И. Павленко, придя к выводу о том, что «ни Шереметев, ни Брюс не были причастны к финансовым махинациям».
Брюс продолжал, по поручению Петра, ученую переписку с Лейбницем о происхождении российского народа и почти ежедневно посещал своего соседа, царевича Алексея Петровича, дворец которого располагался рядом с домом Брюса. При жене царевича кронпринцессе Шарлотте безотлучно находилась тогда жена Брюса Марфа Андреевна. Это подтверждает письмо Петру известной «санкт-питербурхской князь-игуменьи» Ржевской: «По указу вашему, у ея высочества кронпринцессы я и Брюсова жена живем, не на час не отступаем, и она к нам милостива. И я обещаюсь самим Богом, еже ей ей! Ни на великие миллионы не прельщусь и рада вам служить от сердца моего, как умею. Только от великих куплюментов и от приседания хвоста и от немецких явств глаза смутились». О тогдашних отношениях к царевичу самого Брюса один из его подчиненных, видимо, адъютант генерал-фельдцейхмейстера Андрей Брюс рассказывает так: «Зимою 1714 года царевич приехал из-за границы… Я ходил часто с генералом моим (Брюсом) отдавать ему честь, и он часто приходил в дом к генералу, сопровождаемый весьма дурными людьми… Царевича никогда не видно в тех собраниях, где его величество принимает поздравления от всех знатных и чиновных особ в дни торжественные, праздничные, викториальные, спуска кораблей и прочих. Генерал Брюс, живший подле царевича, имел повеление всегда накануне просить его высочество к таким собраниям — и возложил обязанность эту на меня. Но его высочество, чтобы избежать собраний, или принимал лекарство, или открывал себе кровь, всегда извиняясь каким-нибудь нездоровьем, хотя все знали, что он, в то же время, предавался веселостям с своими прегнусными товарищами и не переставал осуждать все действия своего отца».
Действительно, царевич Алексей по складу характера и по убеждениям был полной противоположностью отцу. Вот как о нем пишет Н. И. Павленко: «Безвольный и пассивный, он стоял в стороне от забот, полностью поглощавших неуемную энергию царя, не жалевшего ни сил, ни «живота своего» для претворения грандиозных преобразовательных планов. Более того, к обновлению страны Алексей относился враждебно, открыто заявлял, что после вступления на престол повернет Россию вспять: откажется от приобретений в Прибалтике, забросит флот, отменит все новшества, приблизит к себе поборников старины».
У царя складывались совершенно особые отношения с сыном. Поначалу Петр старался вовлечь Алексея в круг своих интересов, давая ему различные поручения, как то: отправиться в Торгау и позаботиться об устройстве снабжения русского корпуса, действовавшего в Польше (в октябре 1711 года), провиантом, отправиться к войскам в Померанию (апрель 1712 года), а затем в Петербург, чтобы участвовать в Финляндском походе и следить за постройкой судов в Старой Руссе и Ладоге. «Царевич Алексей беспрекословно исполнял все приказания отца, разъезжал всюду, смотрел, бранился, даже дрался там, где замечал недосмотры по делам, но все это за страх, а не за совесть, сам опасаясь батюшкиных побоев и пользуясь всякой возможностью отбыть от дела и от личного свидания с отцом».
У царевича развился по отношению к отцу животный страх. Сам он увлекся религией, интересовался вопросами папской власти, т. е. действительно это был антипод царю-преобразователю в лице собственного сына. Это, естественно, беспокоило Петра, однако он пытался удержать при себе Алексея, старался поддерживать приличествующие их положению отношения.
Естественно, сделать это возможно было только через посредников, людей, находившихся в доверии как у отца, так и у сына. И одним из таких людей, едва ли не единственным в свите Петра, был Я. В. Брюс.
Если вспомнить крестины дочери Брюса, присутствие Брюса на свадьбе Алексея, становится понятно, что отношения их были близкими, а главное, доверительными. Яков Вилимович по-прежнему считал себя обязанным Алексею в самом положительном смысле слова и не изменил своего отношения к нему и в 1718 году. Когда все вельможи подписали приговор царевичу, его подписи (так же как и подписи Б. П. Шереметева) под приговором не было, хотя это могло сказаться на дальнейшей карьере Брюса. Все это говорит о порядочности нашего героя.
Близость Брюса и царевича породила слухи о том, что в 1715 году жена Брюса находилась при кронпринцессе неотлучно «чуть ли не в качестве шпиона». Слухи, без сомнения, беспочвенные, потому что Яков Вилимович в какой-то степени считал себя ответственным за сына царя, и эта ответственность перекладывалась на плечи Марфы Андреевны, которая добровольно взяла на себя опеку кронпринцессы Шарлотты и ее адаптацию к российским условиям. Кроме того, Шарлотта не отличалась крепким здоровьем, и в ее положении (она родила сына Петра, будущего Петра И, 12 октября 1715 года) очень важно было внимание женщины, старшей по возрасту, отличающейся материнским участием к урожденной принцессе Бланкенбургской. Шарлотта нуждалась в женском покровительстве еще и потому, что у Алексея, как известно, в начале 1715 года появилась любовница, Ефросинья, дочь его учителя Никифора Вяземского. Поэтому он не только охладел к жене, но и достаточно отдалился от нее.
Как старшая по возрасту, пережившая смерть своих дочерей во младенчестве, довольно продолжительное время жившая в разлуке с мужем, бывшим месяцами в военных походах и поездках за границу, Марфа Андреевна могла утешить Шарлотту и действительно заменить ей мать.
Судьба Шарлотты, как и ее мужа, трагична. После рождения сына она сильно болела. В эти дни Алексей сблизился с Шарлоттой, однако она прожила после рождения сына 10 дней и умерла 22 октября.
Именно в эти дни у Екатерины родился сын Петр, и вопрос о деятельности Алексея царь поставил ребром.
11 октября Петр I пишет роковое письмо, в котором уже в который раз увещевает сына, рассказывая, к чему стремился он, как государь российский, чего добился за годы войн и преобразований. Письмо завершается следующими словами: «…с горестью размышляя и видя, что ничем тебя склонить не могу к добру, за благо изобрел сей последний тестамент тебе написать и еще мало пождать, аще не лицемерно обратиться. Ежели же нет, то известен будь, что я весьма тебя наследства лишу, и не мни себе, что один ты у меня сын, и что я сие только в устрастку пишу: воистину (Богу изволыпу) исполню, ибо за мое отечество и люди живота своего не жалел и не жалею, то како могу тебя, непотребнаго, пожалеть? Лучше будь чужой добрый, нежели свой непотребный».
В ответ на это Алексей не только согласился с отречением, но и даже просил об этом отца, добавив: «Детей моих вручаю в волю вашу; себе же прошу до смерти пропитания».
Петр не ожидал такого ответа. Своим письмом он думал вызвать раскаяние в сыне. Однако этого не произошло, и Петр поставил условие: «…или отмени свой нрав и нелицемерно удостой себя наследником, или будь монах…» На что сын согласился: «…желаю монашеского чина и прошу о сем милостивого позволения».
Через 9 месяцев после последнего послания, находясь в Копенгагене, Петр советует сыну приехать за границу, чтобы включиться в дела. Однако Алексей использовал этот совет по-своему. По рекомендации Кикина он выехал в Вену и укрылся в тирольском замке в Эренберге, где был обнаружен гвардии капитаном А. И. Румянцевым. Именно Румянцев, выполняя приказ Петра, проследил путь Алексея из Тироля в Неаполь, а затем вместе с тайным советником П. А. Толстым добился встречи с ним, и после долгих уговоров они привезли царевича к Петру. В начавшемся следствии, длившемся полгода, Петр хотел выведать у Алексея все, что касалось его отъезда за границу, все нюансы его планов против «государя и отца». В результате 24 июня 1718 года был объявлен приговор суда, а 26 июня царевич скончался. 30 июня он был похоронен в Петропавловском соборе рядом с женой.
В этот период Я. В. Брюс находился за границей на Аландском конгрессе, и ни он, ни его супруга Марфа Андреевна, несмотря на близость к семье Алексея Петровича и к самому царевичу, не были даже заподозрены в каких-либо связях или отношении к этому делу.