Учредительное собрание отвергло предложения Боливара. Сторонники Сантандера предложили принять конституцию, ограничивавшую власть президента и превращавшую провинции в автономные области. Депутаты намеревались значительно сократить армию и соответственно снизить налоги.
Убедившись, что большинство учредительного собрания настроено к нему недоброжелательно, Боливар решается на государственный переворот. Он приказывает своим друзьям покинуть собрание. Его сторонники организуют в разных городах Колумбии выступления, требуя, чтобы Освободитель провозгласил себя диктатором Колумбии. Боливар возвращается в Боготу и, ссылаясь на волю народа, объявляет учредительное собрание распущенным, себя диктатором, а должность вице-президента отмененной. Он заявляет, что отныне будет оказывать покровительство католической церкви и что «утопические сны о социальном совершенстве» должны уступить место вере в бога. Свое обращение Боливар заканчивал следующими словами:
— Колумбийцы! Я не стану вам говорить о свободе, ибо, если я выполню свои обещания, вы будете более чем свободны — вас будут уважать. Но, кроме того, разве следует говорить о свободе, когда господствует диктатура? Народ, который повинуется, и человек, правящий единолично достойны сожаления!
Случилось непоправимое: Боливар — диктатор. Его власть ничем не ограничена. Его опора — духовенство, вчерашние враги республики, венесуэльские генералы. Но доволен ли он? Нет, он отдает себе счет, что столь дорога ему слава Освободителя запятнана теперь званием диктатора. Сколько раз он заявлял народу, что первый день мира будет последним днем пребывания его у власти, сколько раз заверял друзей, что никогда не последует примеру Наполеона и не нарушит республиканского порядка!
По разве Боливар мог оставить власть и спокойно наблюдать со стороны, как его соратники, всем обязанные ему, даже «воздухом, которым они дышат», разрушают созданные с таким трудом и жертвами республики, ввергая их в пучину анархии? Разве не он, Боливар, отменил рабство, провозгласил равенство рас, наделил индейцев землею? А что сделал Сантандер для народа? Хитрый новогранадец думал только о своем благополучии, обогащая себя. А народ разве понимал его, Боливара? Во время войны с испанцами людей нужно было принуждать бороться за свою свободу, теперь же они поддерживают честолюбца и интригана Сантандера. Нет, такой народ нуждается не в освободителях, а в тиранах. И теперь Боливар вынужден стать им во имя народного же благополучия.
«Я убежден до мозга костей, — говорил он, — что Америкой можно управлять только с помощью умелого деспотизма… Мы, гнусные потомки хищников-испанцев, пришли в Америку, чтобы обобрать ее до нитки и плодить потомство в браках со своими жертвами. Позже незаконные отпрыски этих брачных союзов смешались с отпрысками рабов, привезенных из Африки. При таком смешении рас и таком уровне морали можем ли мы позволить себе поставить законы выше руководителей и принципы выше людей?»
Боливар, пытаясь оправдать, обосновать свой переворот, беседует с друзьями, пишет письма знакомым. Он уже не смеется и не шутит, как в былые времена. Он все меньше доверяет своим приближенным и почти не выходит из своего дома в Боготе, где поселился, вернувшись из Лимы. Боливар бездействует. Он диктатор, но никого не преследует, вся власть у него в руках, но он, кажется, вообще не знает, что с нею делать, как ее применить. Он даже отложил в сторону свой проект создания Андской конфедерации. Он все больше и больше времени посвящает Мануэлите, поручая ей решать важные государственные дела. Мануэлита, одетая в форму офицера колумбийской армии и сопровождаемая почетным эскортом из гусар, ежедневно объезжает на полудиком скакуне центральные улицы Боготы, вызывая злобные и презрительные насмешки врагов Боливара. Мануэлита сторонница решительных действий.
— Почему медлишь? — спрашивает она Боливара. — Ведь Сантандер и его люди готовят против тебя заговор. Арестуй Сантандера, пока не поздно, покажи свою силу, иначе тебя прикончат, как цыпленка.
— Я не могу этого сделать. Я Освободитель, а не палач. Если я арестую Сантандера, в Америке и Европе скажут, что я свожу с ним личные счеты.
Освободитель чувствовал себя неуверенно в атмосфере враждебности, которая его окружала в то время в Боготе. По-видимому, уже тогда он подумывал покинуть Колумбию. Не этим ли объясняется желание Боливара продать медные рудники в Венесуэле, которыми управляла жившая в Каракасе его сестра Мария Антония? Об этом упоминается в письме Боливара Марии Антонии от 29 июля 1828 года, подлинник которого хранится в Отделе рукописей Государственной публичной библиотеки имени M. E. Салтыкова-Щедрина.
Боливар назначил Сантандера полномочным посланником в Соединенных Штатах. Но Сантандер не спешил покинуть Боготу. Между тем кампания против Боливара нарастала. Газетные листки обвиняли его во всех смертных грехах. В Боготе и других городах Новой Гранады возникали комитеты общественного спасения, призывавшие население избавить республику от «мерзкого тирана». Боливар никаких мер предосторожности не принимал. Особняк, в котором он жил, охранялся двумя часовыми и несколькими адъютантами. Наиболее экзальтированные заговорщики — начальник генерального штаба полковник Герра, его помощник венесуэлец майор Карухо, француз Ормэ — предложили Сантандеру убить Освободителя. Сантандер не одобрил их планов. «Я хочу прийти к власти с чистыми руками», — сказал он. Но его друзья не были столь щепетильными. Они решили действовать на свой страх и риск.
Вечером 25 сентября 1828 года Боливар почувствовал себя плохо. Вызванная одним из своих адъютантов Maнуэлита заставила Боливара принять горячую ванну и лечь в постель. В полночь в доме поднялась суматоха, раздались выстрелы, разбудившие Боливара.
— Что случилось? — спросил Боливар Маиуэлиту.
— Тебя хотят убить. Оденься. Не думаешь же ты драться за свою жизнь и ночной рубашке?
Пока Боливар одевался, Мануэлита закрыла дверь на ключ и дала ему еще один толковый совет:
— Прыгай в окно!
Боливар, схватив шпагу и пистолет, выпрыгнул на улицу. Кругом стояла непроглядная тьма. Беглец кинулся к казармам. По дороге он встретил своего слугу. Они побежали вместе. Вскоре им преградили путь несколько военных, громко требовавших смерти «тирана». Опасаясь расправы, Боливар и его спутник вынуждены были укрыться в болотистых зарослях под мостом.
Тем временем заговорщики, убив адъютанта Боливара Фергусона, ворвались в спальню и потребовали от Мануэлиты указать, куда бежал Освободитель. Мануэлита, не растерявшись, ответила, что Боливара срочно вызвали на совещание.
Выстрелы и шум у резиденции Боливара подняли тревогу в округе. Жившие неподалеку товарищи Освободителя по оружию, среди них военный министр генерал Урданета, поспешили в казармы, где мятежники призывали солдат к бунту. Многие солдаты отказались в нем участвовать. Друзьям Боливара не стоило труда убедить их выступить в защиту Освободителя. Узнав о провале заговора, в казармы явился Сантандер и заявил о своей готовности поддержать Боливара.
Освободитель со своим слугой провели два часа под мостом. Они вышли из укрытия, когда услыхали, что солдаты кричат «Да здравствует Боливар!». Появление Боливара солдаты встретили возгласами ликования. Прошло еще полчаса, и все участники нападения на президентскую резиденцию — 12 офицеров и студентов и 25 солдат были арестованы. Только майору Карухо удалось скрыться. Боливар допросил арестованных в ту же ночь и посоветовал им не признаваться в покушении на его жизнь, ибо военный суд мог приговорить их за это к смертной казни.
На следующий день ближайшие сотрудники и советники Боливара потребовали от него сурово покарать заговорщиков.
— Если вы их помилуете, они вновь примутся за свое, — убеждал Боливара генерал Урданета. — Вы по имеете права так играть своей жизнью и ставить под удар не только себя и своих друзей, но и дело, которому посвятили всю свою жизнь.
Боливар не устоял перед этими аргументами, и 15 главных заговорщиков были преданы военному суду под председательством Урданеты. Среди них были Сантандер, мулат адмирал Падилья и другие видные противники Боливара. Суд приговорил всех подсудимых, в том число Падилью и Сантандера, связь которого с заговорщиками была установлена, к смертной казни. В последнюю минуту Боливар заменил Сантандеру смертную казнь высылкой, остальные 14 человек были расстреляны на одной из площадей Боготы.