Командующий флотом намеревался запереть Новороссийск с помощью подводных лодок и мин; кроме того, в его планы входила воздушная атака под прикрытием «Гебена» и поддержка переброски германских войск через Керченский пролив на Таманский полуостров. Морской генеральный штаб в Берлине желал возвращения «Гебена» в Константинополь, в соответствии с чем сообщил германскому верховному командованию, что корабль не сможет принять участия в намеченной операции. Однако командующий флотом сумел отвести эти затруднения, явно обусловленные турецким влиянием, и «Гебен» временно остался в Севастополе. Пребывание его там использовали для ввода его в док. При постановке на якорь на «Гебене» лопнула паровая труба, проходившая через отделение, еще заполненное водой со времени получения минной пробоины, ввиду чего всю тяжелую работу по отдаче и уборке якоря приходилось выполнять вручную. Одновременно со свежей покраской подводной части было крайне необходимо обследовать отсеки, получившие пробоины 20 января. На судостроительном заводе имелся док достаточных размеров, но вследствие отсутствия рабочих всю работу пришлось выполнять своими силами. 7 июня корабль встал в док (последний раз он стоял в доке 4½ года тому назад). За короткое время, имевшееся в распоряжении, удалось только очистить днище и покрасить его, а также исправить паропровод к якорному шпилю; к заделке пробоин не приступали; 14 июня «Гебен» уже вышел из дока.
Германское правительство начало переговоры с советским правительством, чтобы добиться возвращения русских кораблей из Новороссийска в Севастополь. Хотя трудно было ожидать их участия в операциях и восстановления их боеспособности, тем не менее все же общая безопасность требовала их разоружения и германского контроля над ними. Об обстановке на этих кораблях с различных сторон приходили самые противоречивые известия. На некоторых кораблях будто бы царил полный хаос, но другая часть их, находившаяся под командой старых офицеров, была еще боеспособна. UC-23, державшаяся на позиции перед Новороссийском, сообщала 3 июня приблизительно те же сведения. Корабли имели на гафелях андреевские флаги, а на фор-стеньгах — красные. Командующим флотом был адмирал Саблин. После неоднократного обмена телеграммами Берлина с Москвой 13 июня правительства договорились, что корабли должны вернуться в Севастополь в течение 6—10 дней. Германское правительство признавало корабли собственностью России и объявляло, что намерено вернуть их после заключения общего мира. Московское правительство послало в Новороссийск приказ о подготовке к переводу кораблей в Севастополь, который должен был последовать не позднее 19 июня. Получив этот приказ, адмирал Саблин сложил с себя командование; его заместитель, капитан 1 ранга Тихменев, 16 июня запросил по радио германское командование, прося указаний по выполнению перехода в Севастополь. Ребейр-Пашвиц отвечал, что в 9 ч 19 июня корабли должны находиться перед Севастополем с орудиями, закрепленными по-походному и открытыми орудийными затворами, с боевым запасом в погребах. После постановки на якорь кораблям предстоял осмотр особой комиссией. 18 июня Тихменев сообщил коменданту Севастопольского порта, что русский флот войдет на следующее утро в составе линейного корабля «Воля», шести эскадренных миноносцев и вспомогательного крейсера. Остальные корабли не могли прибыть по техническим причинам, так как не хватало личного состава и буксиров. 19 июня корабли прибыли под андреевским флагом в Севастополь. При проходе мимо «Гебена», на котором была пробита боевая тревога, линейный корабль «Воля» отсалютовал флагом.
На совещании Тихменев объявил, что не может дать точных указаний о местопребывании оставшихся кораблей. Личный состав этих кораблей был не согласен с уходом кораблей и предпочитал лучше потопить их. Эти сведения не могли удовлетворить германское военное командование. Но и агенты не могли точнее установить местопребывание отсутствующих кораблей. Русское правительство обязалось перевести в Севастополь весь флот целиком, но так как это условие не было выполнено, германское командование не могло прекратить враждебных действий против Новороссийска. Оно поставило себе целью восстановление свободной торговли на Черном море, что было возможно только при полном разоружении русского флота. Чтобы добиться полной ясности, Ребейр-Пашвиц решил 27 июня появиться у Новороссийска с «Гебеном», тремя эскадренными миноносцами, двумя тральщиками и гидросамолетом. Тем временем пришло известие, что находившиеся в Новороссийске один линейный корабль (дредноут) и несколько эскадренных миноносцев затоплены на глубоком месте. Германское морское командование считало необходимым выяснить положение, в котором находятся затопленные корабли, уберечь ценные торговые суда от подобной судьбы и сохранить большой нефтеналивной пароход «Эльбрус» для крайне необходимой доставки нефти.
27 июня на рассвете «Гебен» с эскадренными миноносцами и тральщиками находился к S от входа в новороссийский порт и, следуя за тральщиками с поставленными тралами, направился к Дообскому мысу. На этом курсе дважды за короткий промежуток времени обрывался трал, очевидно, задевая за потопленный дредноут «Свободная Россия». В то время как «Гебен» встал на якорь у Дообского маяка, тральщики и эскадренные миноносцы вошли в порт, одновременно обставляя вехами протраленный фарватер. Большая бухта была широко затянута нефтяным налетом. Во многих местах торчали мачты затонувших кораблей. Во время входа германских кораблей за молом наблюдался взрыв: в дальнейшем выяснилось, что это уничтожался своею командою английский пароход «Тревориэн» («Trevorian»). В полдень 5 эскадренных миноносцев прошли через проход в сетевом заграждении между молами и ошвартовались, не встречая сопротивления, вдоль мола. Из опроса местных советских властей выяснилось, что оставшиеся военные корабли дотоплены 24 июня, а личный состав увезен из Новороссийска. Из торговых судов были взорваны «Эльбрус» и 5 пароходов, принадлежавших державам Антанты. В порту находилось еще 27 крупных и мелких торговых судов под красным флагом. По отмеченному вехами фарватеру «Гебен» вошел в порт и встал на якорь так близко к молам, что держал весь город под угрозой своих орудий. Так завершилось полное крушение бывшего русского Черноморского флота.
1 июля «Гебен» вернулся в Севастополь. Для поддержания спокойствия в Новороссийск посылались в качестве стационаров эскадренные миноносцы и канонерские лодки.
На основании решений, полученных из Германии, командующему Средиземноморской дивизией и председателю навигационно-технической комиссии надлежало согласовать распоряжения о ремонте и использовании захваченных кораблей. Личный состав этих кораблей подчинялся командующему Средиземноморской дивизией; вице-адмирал Гопман являлся начальником всех германских береговых учреждений и частей во всех портах, занятых немцами на черноморском побережье; в качестве такового он распоряжался военными и торговыми кораблями, переданными для ремонта на верфи; в каждом порту, где имелся морской отряд или морское учреждение, предполагалось назначить местного морского начальника, подчиненного Гопману. Турки продвигались на Кавказ, но армяне и грузины оказывали им энергичное сопротивление. В связи с этим командующий 3-й турецкой армией в начале апреля просил о содействии «Гебена» для взятия Батума, но просьба была отклонена, так как корабль был крайне необходим на своем месте. 15 апреля 1918 г. турки взяли Батум.
Из Севастополя «Гебен» пришел 6 июля в Одессу, чтобы доставить в Севастополь главнокомандующего союзными войсками на Украине генерал-фельдмаршала Эйхгорна. Оттуда «Гебен» вышел 11 июля в Константинополь, имея на борту вице-адмирала Ребейр-Пашвица, и прибыл туда 12 июля.
В начале июля 1918 г. из числа захваченных в Севастополе русских кораблей находились в строю под германским флагом следующие:
1. Плавучая мастерская «Флейс» (бывший русский «Кронштадт»). Этот корабль, прекрасно оборудованный всеми необходимыми станками, литейной и кузницей, был отправлен в Константинополь, где служил блокшивом для личного состава подводных лодок. Хорошее оборудование в качестве плавучей мастерской позволило кораблю существенно помочь ремонту «Гебена» и подводных лодок.