17 марта германо-австрийские войска заняли Николаев. Эта оккупация являлась преддверием к дальнейшим операциям 52-го корпуса, имевшим целью восстановление порядка в Тавриде и в Крыму и в связи с этим оккупацию этих районов, а также в случае надобности — районов побережья Азовского моря и Кавказа. После небольших стычек германские войска прорвались через Перекопский перешеек и 25 апреля заняли главный город Крыма — Симферополь. Здесь под охраной германских войск образовалось новое крымское правительство, в состав которого вошли также лица из немецких колоний Юга России. В дальнейшем город стал местом пребывания командира 52-го корпуса. В ближайшем будущем ожидалась оккупация Севастополя, поэтому Морской генеральный штаб прислал в распоряжение сухопутного командования двух офицеров Морского генерального штаба. В Севастополе находилась самая ценная часть русского флота: оба дредноута — «Воля» (бывший «Император Александр III») и «Свободная Россия» (бывшая «Екатерина II»), крейсер «Память Меркурия», несколько подводных лодок и эскадренных миноносцев; остальная часть флота, по полученным сведениям, была покинута личным составом.
По просьбе вице-адмирала Гопмана для обеспечения положения в Одессе 26 марта туда отправились подводные лодки UC-23 и UB-14. Им предписывалось блокировать Одессу с целью прекращения сообщения с Севастополем, Николаевом и Херсоном и атаковать большевистские корабли с красным флагом; корабли под новым желто-голубым флагом Украины рассматривались как дружественные. 31 марта UC-23 вошла в одесский порт, где присутствие ее было нарочито демонстрировано. Подводная лодка направилась на позицию на линии Одесса — Севастополь. 11 апреля UC-23 встретила у Евпатории пароход, который не выполнил требования застопорить машины. Завязался бой, причем пароход отвечал из 120-мм орудий, и залпы его ложились хорошо; только получив первое попадание, он повернул и поднял белый флаг. Это был русский пароход «Труд» (вместимость 610 т). На него была послана призовая команда, и UC-23 повела его по направлению к Одессе и по пути передала вышедшим навстречу тральщикам. 14 апреля в 1 ч был задержан артиллерийским огнем русский пароход «Казак» (около 1000 т) с разным грузом и также отправлен в Одессу с призовой командой. Несколько часов спустя, в 6 ч 50 мин, та же судьба постигла пароход «Ольга» (327 т). 15 апреля опять произошел артиллерийский бой с пароходом, по размерам сходным с «Казаком». Только получив несколько попаданий, последний прекратил огонь и поднял белый флаг. Не обращая внимания на сигнал «следуйте за мной», он продолжал идти дальше, ввиду чего стрельба по нему возобновилась; после этого пароход выбросился на скалистый берег. UC-23 после кратковременного пребывания в Одессе, где она нашла захваченные ею призы, вернулась 22 апреля через Констанцу в Константинополь: 11 апреля UB-42 вышла из Босфора. Находясь на позиции перед Севастополем, подводная лодка неоднократно видела пароходы, но вследствие малой скорости хода ей не удалось атаковать ни один из них. Согласно полученному приказу 4 мая подводная лодка зашла в Одессу, откуда была послана в Севастополь.
Комиссия по перемирию уже в конце марта 1918 г. считала крайне желательной посылку в Одессу «Гебена», появление которого быстро навело бы порядок; в дальнейшем «Гебен» явился бы прикрытием наступления армии на Севастополь. Однако 25 марта Морской генеральный штаб в Берлине принял решение, что единственный в этот момент боеспособный корабль турецкого флота может быть использован только в самой критической обстановке. В середине апреля армия начала наступление на Севастополь. Предполагалось обезвредить русский Черноморский флот, захватить предполагавшиеся в главном военном порту богатые запасы и использовать их для военных целей на родине. Согласно Брест-Литовскому мирному договору русские военные корабли надлежало разоружить. Это условие до сих пор не было выполнено. На германской стороне подозревали, что русский флот со всеми исправными военными и торговыми кораблями отправится в Новороссийск. Чтобы помешать этому намерению, Ребейр-Пашвиц сообщил Морскому генеральному штабу в Берлине, что он намерен с «Гебеном» и «Гамидие» крейсировать перед Севастополеми и рассматривать все выходящие оттуда корабли в качестве неприятельских.
30 апреля оба корабля вышли в море и в ночь на 1 мая заняли позицию перед Севастополем. Саблин намеревался остаться со всем флотом в Севастополе и там разоружить корабли, если германский командующий разрешит поднять украинский флаг, показывающий переход флота к дружественной германцам Украинской республике. Депутация, посланная с этим предложением к генералу Кошу в Симферополь, вероятно, по недоразумению не была принята. В связи с этим Саблин, с его точки зрения вполне справедливо, заподозрил немцев в намерении напасть и захватить флот силой, и когда 30 апреля на Северной стороне в Севастополе показались первые германские войска, он вышел в море с обоими дредноутами, 15 современными эскадренными миноносцами и 10 пароходами и направился под высоким крымским берегом в Новороссийск. Он не отвечал на безрезультатный огонь некоторых германских полевых батарей.
Вследствие того, что «Гебен» еще не пришел в Севастополь, русский флот беспрепятственно прибыл на следующий день в Новороссийск. 1 мая в 15 ч Севастополь был занят германскими войсками без боя. Ввиду того что не было известно, все ли укрепления заняты германскими войсками, в особенности Балаклавские, «Гебен» и «Гамидие» вошли 2 мая в Севастопольскую бухту в полной боевой готовности (на них была пробита боевая тревога); сведения, свободен ли от мин входной фарватер, были получены предварительно по указаниям русских офицеров. Оставшиеся корабли Черноморского флота, а именно, 7 линейных кораблей старого типа, крейсер «Очаков» («Кагул»), «Память Меркурия», несколько неготовых к выходу в море новейших эскадренных миноносцев, миноносцы, 14 подводных лодок и множество вспомогательных и торговых судов имели крайне запущенный вид; почти на всех отсутствовал личный состав или имелся налицо в очень незначительном числе. Для охраны кораблей на них были тотчас же посланы германские отряды, которым одновременно поручалось установить готовность кораблей. Среди русских кораблей находился также турецкий крейсер «Меджидие», подорвавшийся на мине у Одессы 3 апреля 1915 г. Русские исправили на нем минные и торпедные повреждения и начали приводить корабль в готовность и вооружать заново, переименовав его в «Прут»; но за несколько месяцев перед тем работы были прерваны, и, таким образом, корабль остался в незаконченном виде; 13 мая Ребейр-Пашвиц приказал торжественно поднять на нем турецкий флаг, а позднее «Гамидие» отвел крейсер на буксире в Константинополь. Вице-адмирал Гопман и члены навигационно-технической комиссии прибыли в Севастополь 8 мая.
В порту находился также дредноут «Императрица Мария», который от внутреннего взрыва в носовой части перевернулся вверх килем. Тяжелые башни линейного корабля вывалились; попытки поднять его, производившиеся под руководством русского инженера, еще продолжались, но затем в связи с недостатком угля немцы ограничили их сохранением корабля на плаву при помощи сжатого воздуха. На верфях немцы нашли значительные запасы военных материалов и корабельного снаряжения. Русское управление работало сравнительно хорошо, на верфи осталось большинство прежних служащих. С помощью присланного из Германии морского личного состава и служащих с верфей в течение июня был восстановлен некоторый порядок на верфях. Между прочим, для нужд германских войск восстановили и центральную мощную радиостанцию и госпитали.
Следующей задачей флота являлось введение в строй русских легких морских сил для несения дозоров у крымского побережья и в Азовском море и охраны торгового судоходства против пиратства. Оставалось невыясненным, чего можно было ожидать от русских морских сил, скрывшихся в Новороссийск. Для решения этого вопроса 52-й корпус намеревался двинуть сухопутные силы против Новороссийска и просил о немедленной поддержке со стороны морских сил.