Первым начальником Миссии стал протоиерей Сергий Ефимов, в октябре 1941 г. его сменил прот. Николай Коливерский, после смерти которого в ноябре 1941 г. новым начальником был назначен заслуженный протопресвитер Кирилл Зайц с предоставлением ему права совершать литургию по архиерейскому чину. Его помощником стал священник И. Легкий, членами управления Миссии — протоиерей Н. Шенрок, священник Г. Бенигсен, секретарем — священник Н. Жунда. Для связи с местами и наблюдения за духовенством в 1942 г. организовали институт благочинных в округах: Псковском, Новгородском, Порховском, Гдовском, Дновском, Островском, Гатчинском, Славковичском, Солецком, Ушаковском, Карташевском[780]. Миссия стремилась взять управление всей церковной жизнью края в свои руки, она не только наблюдала за храмами, но и назначала вновь рукоположенных священников.

В упоминавшемся обращении в октябре 1942 г. к германской администрации о. К. Зайц просил сообщить всем немецким ведомствам и русским органам самоуправления: «а) что учрежденное экзархом управление Миссии признано в качестве руководящего Миссией и представляющего ее органа, б) что на территории, которая предоставлена Миссии соответствующими германскими органами власти, все приходы и клирики подчиняются управлению Православной Миссии… г) что в качестве благочинных отдельных благочинических округов и настоятелей отдельных приходов признаются только священники, назначенные управлением Миссии… д) что на территории Миссии к совершению богослужений могут быть допущены только личности, которым… управлением Миссии… были выданы необходимые для этого свидетельства»[781].

В приходской жизни соборное начало было почти совершенно отменено. Циркуляром экзарха от 16 марта 1942 г. устанавливалась единоличная форма управления приходом с настоятелем во главе, запрещался созыв общих собраний в приходах. Как совещательный орган мог существовать попечительский совет, но члены его, а также церковные старосты и ревизионные комиссии подбирались всецело по усмотрению настоятеля[782].

За короткий срок число действующих церквей в западных районах Ленинградской области выросло в десятки раз. Согласно сведениям журнала «Православный христианин», к началу 1943 г. на территории бывшей Псковской и части Петроградской губерний имелись: 221 приходской храм и 84 священника, в том числе 14 миссионеров из Прибалтики. Кроме того, в течение 1943 г. количество церквей значительно выросло, например в Псковском районе с 6 до 23 (в том числе в самом Пскове — до 10), а в целом в Псковской епархии примерно до 150. Необходимо учитывать также 52 храма западной части Новгородской епархии, не менее 18 в Великолуцкой и 81 в Калининской епархиях[783]. Таким образом, общее число их в оккупированных районах Северо-Запада России составляло как минимум 409 (из них 108 в Ленинградской епархии), увеличившись по сравнению с довоенным временем примерно в 15 раз. Цифру в 400 приходов называла и издававшаяся в Печорах газета «Новое время». Рост количества храмов сильно затрудняла необходимость восстановления зачастую полуразрушенных церковных зданий. Особенно тяжелая ситуация существовала в Новгороде, который находился на линии фронта. Здесь сильно пострадали почти все храмы, даже знаменитый собор Святой Софии. Новгородцы организовали Церковно-археологический комитет для охраны и реставрации древних церквей, но ему было не под силу все восстановить[784]. Особо следует отметить возникновение в п. Вырица Ленинградской епархии двух монашеских общин — мужской и женской, насчитывавших вместе несколько десятков насельников. Их духовно окормлял о. Серафим Вырицкий — бывший духовник Александро-Невской лавры.

Количество священников к началу 1944 г. достигло 175. Их острейшая нехватка была серьезной проблемой. Местных священнослужителей и миссионеров было относительно немного, поэтому Миссия в ускоренном порядке посвящала мирян в диаконов и иереев. Появлялись и «самосвяты»[785]. На территории собственно Ленинградской епархии миссионеров почти не было, и важными источниками пополнения духовенства служили клирики, освобожденные перед войной из мест заключения или снявшие в 1930-х гг. сан. Например, протоиерей П. Жарков с 1929 до начала 1940-х гг. отбывал заключение на Соловках, затем работал санитаром в Обуховской больнице, жил в Вишере, а с конца 1941 г. стал служить в Любани, Ушаках, Тайцах. В Гдовском районе возглавили приходы протоиерей В. Ирадионов и иеромонах Лин, также отбывшие 10-летнюю ссылку, причем первый снимал сан[786]. Однако священников все равно не хватало, и весь период оккупации существовала практика, «когда один служитель культа обслуживал по 3–4, а иногда и по 5 приходов»[787].

В своем обращении осенью 1942 г. о. К. Зайц писал о возможных путях частичного решения этой острой проблемы: «Чтобы увеличить персонал Миссии, требуется: а) не препятствовать воссоединению Эстонского епископства с экзархатом, б) сделать возможным прием в состав Миссии священников-эмигрантов… в) не чинить препятствий личностям, которых управление Миссии посылает для совершения рукоположения во священника или обучения в богословских школах в Ригу, Вильно…»[788] Но и в дальнейшем все перечисленные препятствия продолжали сохраняться.

Во вновь открытых церквах начали звонить в колокола, организовываться крестные ходы, возобновилось религиозное обучение детей. Так, в Красногорском округе в 1942 г. под руководством миссионера Ф. Ягодкина находилось 15 начальных церковных школ, а в Пушкиногорском районе функционировало 17 подобных заведений. Попытки ввести обучение Закону Божию в общеобразовательных школах значительного успеха не имели, и прежде всего из-за противодействия германских властей.

В связи с этим Миссии пришлось вести многомесячную упорную борьбу. Сначала военная администрация отнеслась к обучению детей Закону Божию положительно. В меморандуме квартирмейстера комендантам области тыла группы армий «Север» от 14 августа 1942 г. говорилось о том, что представляется целесообразным для усиления антикоммунистической тенденции снова разрешить преподавание религии священниками. Введение этого предмета в качестве факультативного или обязательного квартирмейстер предлагал предоставить на усмотрение местной администрации[789]. Но директивы из Берлина заставляли придерживаться другого подхода. И уже в акте записи заседания служащих военной администрации на территории группы армий «Север» от 6 сентября 1942 г. сообщалось, что проводить религиозные занятия в школах не разрешено, подобные занятия в школьных помещениях допускаются лишь вне учебных планов. По отношению к ним предлагалось проявлять предельную осторожность[790].

Такие же колебания были характерны и для местной администрации. В сообщении полиции безопасности и СД от 6 ноября 1942 г. указывалось: «Псковская комендатура в связи с заявлением Миссии о введении религиозных занятий сперва приняла отрицательное решение. Одновременно было запрещено проведение религиозных курсов вне школы… В ответ на это Миссия обратилась в комендатуру Пскова с новым заявлением и предложила: 1. Ввести религиозные занятия как официальный предмет преподавания. 2. В будущем отдел народного образования назначает преподавателей Закона Божия в качестве государственных служащих с постоянным окладом. На это прошение было дано предварительное разрешение начать религиозные занятия в школах. Окончательное решение отложено на более позднее время. В связи с открытием школ Миссия наметила на 4 октября общие богослужения для школьников. Она собирается постепенно установить иконы во всех школьных помещениях»[791].