В самом начале деятельности святого трибунала была сделана попытка определить, в чем состоит проявление ереси. Нарбоннский собор 1244 года постановил: для такого проявления достаточно, если обвиняемый будет уличен в том, что «он выказывал доверие еретикам или считал их добрыми людьми». Добытые свидетельские показания на этот счет были обычно настолько же ничтожны и неосязаемы, как и те факты, которые желали подтвердить ими. Инквизиция не только предоставляла свидетелям право, но даже убеждала их говорить все, что взбредет на ум. Огромное значение придавали народной молве и общественному мнению; для подтверждения обвинения принимали на веру все слова свидетеля, даже основанные на личном предубеждении, на сплетнях, на пустых слухах или бессмысленной болтовне. Все, что могло повредить обвиняемому, разыскивалось и тщательно записывалось. В 1254 году Арно де Монреаль был объявлен «подозреваемым в ереси» только за то, что навещал свою мать и помогал ей в нужде после совершения над нею обряда еретикации; против него нельзя было сказать ничего другого, но и этого было достаточно, так как Арно был обязан донести на свою мать. В конце концов возвели в правило, что муж и жена, зная, что один из них исповедует ересь, должны донести об этом в течение года; в противном случае они становились соучастниками и без дальнейшего расследования осуждались как еретики.

Инквизиторами был составлен длинный перечень признаков ереси. Собор в Альби в 1254 году постановил, что посещение дома заведомого еретика изменяло простое подозрение в ереси на сильное. Некоторые инквизиторы считали достаточным поводом для осуждения своих жертв, например, подаяние еретику милостыни. Инквизитор все, чего нельзя истолковать в пользу обвиняемого, должен был рассматривать в неблагоприятном для него смысле. Безуспешно искать среди задаваемых инквизитором вопросов хотя бы один о вере обвиняемого. Всю свою энергию инквизитор употреблял на то, чтобы получить показания касательно его поступков. Достаточно одного примера, чтобы понять, от каких шатких улик зависела жизнь человека. В 1234 году Аккурсио Альдобрандини, флорентийский купец в Париже, познакомился с несколькими иностранцами; однажды он даже дал их слуге десять су. Когда Альдобрандини узнал, что его новые знакомые — еретики, он понял, что погиб, так как его поклоны им могли быть истолкованы как выражение почитания. Он поспешил в Рим и представил все дело Григорию IX, который потребовал от него денежный залог и поручил епископу Флоренции произвести расследование о предках Аккурсио. Следствие, произведенное кардиналами Остии и Пренесте, дало самые благоприятные результаты; Аккурсио отделался епитимией, наложенной на него папским духовником Раймундом Пеннафорте, и Григорий запретил парижским инквизиторам преследовать его.

При подобной системе самый набожный католик ни одной минуты не мог чувствовать себя в безопасности. В большинстве случаев только одно признание обвиняемого могло удостоверить факт ереси; поэтому, чтобы не оправдать тех, от кого нельзя было добиться признания, измыслили новое преступление — «подозрение в ереси». Различали три степени подозрения — легкое, сильное и тяжелое; толкователи трудились над определением количества и качества свидетельских показаний, обусловливавших одну из трех степеней подозрения, причем окончательное решение этого вопроса зависело от усмотрения судьи. Инквизитор же и вовсе считал несправедливостью отпустить безнаказанным человека, католицизм которого находился под сомнением.

Обычно признавали, что для осуждения человека, пользующегося хорошей репутацией, достаточны два свидетеля, хотя некоторые инквизиторы требовали большего числа. Однако если можно было опасаться, что обвинение не состоится из-за недостатка свидетелей, то вопрос решался всецело по усмотрению инквизитора; если нельзя было вызвать двух свидетелей для подтверждения одного и того же факта, то достаточно было двух отдельных свидетелей, которые могли бы засвидетельствовать два однородных факта. Если свидетель отказывался от своего первого показания, бывшего благоприятным обвиняемому, то первое показание не принималось во внимание; но если показание было неблагоприятно, то уже отречение не имело значения.

Эдикты Фридриха II лишали еретиков права выступать свидетелями, но они допускались свидетелями против других еретиков. Этот принцип был принят повсеместно, внесен в каноническое право и утвержден практикой. Если бы дело обстояло иначе, то инквизиция лишилась бы одного из наиболее плодотворных каналов для раскрытия и преследования еретиков. Отлученные от церкви, клятвопреступники, ростовщики, публичные женщины и все, кто по уголовным законам той эпохи был лишен права выступать в качестве свидетелей, имели законное право показывать против еретиков; и только личная смертельная вражда к обвиняемому, если, конечно, о ней было известно суду, признавалась законным поводом для отвода свидетелей.

Согласно действовавшему уголовному закону государств Италии, свидетель не мог быть моложе двадцати лет; но в делах о ереси допускались показания и более молодых людей, и эти показания, хотя и незаконные, признавались достаточными для того, чтобы послать человека на пытку. Во Франции возраст свидетеля не был строго определен, и решение этого вопроса предоставлялось на усмотрение инквизитора. Ввиду того что собор в Альби в 1254 году определил, что семилетние дети должны посещать церковь и знать «Верую», «Отче наш», «Богородицу», не допускались показания лиц моложе этого возраста. В протоколах инквизиции возраст свидетелей указывается редко, но в деле 1244 года об открытии гнезда еретиков в Монсегюре указано, что свидетелем выступает десятилетний мальчик. Показания ребенка против отца, сестры и других семидесяти лиц приняли всерьез, и они стали решающими при определении виновности этих несчастных.

Жены, дети и слуги обвиняемых не могли свидетельствовать в их пользу; но если их показания были неблагоприятны обвиняемым, то их принимали и даже считали особенно вескими. Когда дело шло о покойнике, то показанию священника, исповедовавшего и напутствовавшего его, не придавали значения. Но если тот же священник свидетельствовал, что покойник признался ему в ереси, отрекся от нее и получил отпущение грехов, то кости не вырывались и не сжигались, однако наследники подвергались штрафу или конфискации, которыми был бы наказан умерший при жизни.

Никто не мог отказаться выступить в качестве свидетеля; никакая привилегия, никакой обет, никакая присяга не освобождали от этой обязанности. Если свидетель не желал или колебался давать показания, то рядом с залом суда находился застенок, к орудиям которого инквизиторы прибегали для убеждения свидетелей чаще, чем для убеждения обвиняемых. Полагали, что применение пыток устраняло всякое сомнение относительно искренности показаний. Священникам было приказано требовать от исповедующихся сообщений всего, что они знали о еретиках и людях, сочувствующих ереси. Если исповедник узнавал что-либо касающееся ереси, то он должен был остановиться на этом и приложить все усилия, чтобы убедить кающегося донести об этом властям; если же его убеждение оставалось тщетным, то он должен был, не называя имен, посоветоваться с людьми «опытными и богобоязненными» и спросить их, как ему поступить в данном случае; уже один тот факт, что в подобном деле рекомендовалось обращаться за советами, показывает, что тайна исповеди не считалась инквизицией неприкосновенной.

При таком отношении инквизиционного суда к свидетельским показаниям осуждение за ересь выносилось легче, чем за какое-либо другое преступление. Инквизиторов учили, что достаточно самого легкого показания. Обвиняемому не сообщали имен свидетелей, выступавших против него. Уже в 1244 и 1246 годах соборы в Нарбонне и Безье запрещают инквизиторам объявлять имена свидетелей, мотивируя это «благоразумным желанием» Святого престола не подвергать их опасности. Бонифаций VIII ввел в каноническое право статью об умолчании имен свидетелей. Иногда предъявляли имена свидетелей, выписав их предварительно на особый лист в таком порядке, что невозможно было узнать, кто из них что показал, или их перемешивали с именами других лиц так, что никоим образом нельзя было определить их имена. Иногда часть свидетелей приносила присягу в присутствии обвиняемого, а остальные допрашивались в его отсутствие. На некоторых процессах держали в тайне и сами свидетельские показания. Обвиняемого судили на основании сведений, о которых он не знал и которые исходили от неизвестных ему свидетелей. Так как за обвиняемым в принципе не признавали никаких прав, то инквизитор мог позволять себе все, что, по его мнению, могло послужить интересам веры. Так, например, если свидетель обвинения брал свои слова назад, то это держалось в тайне от обвиняемого, так как это могло бы сделать его защиту более смелой; но в то же время судье рекомендовалось иметь это в виду при вынесении приговора. Забота инквизиции о безопасности свидетелей заходила так далеко, что инквизитор мог, если находил это нужным, отказать обвиняемому в выдаче копий свидетельских показаний.