Всплыло и дело о рудниках, когда сам инквизитор, его брат и один из друзей получили концессии на весьма льготных условиях, так как Ульоа запугивал должностных лиц. В свою очередь, инквизитор начал собирать материал на Прадо, обвиняя его в темных финансовых махинациях.
В итоге испанское правительство приказало Прадо немедленно вернуться в Испанию; в отношении Ульоа были признаны 118 из 216 обвинений, он был лишен должности на пять лет и должен был вернуться в Испанию на суд Великого инквизитора.
Прадо отослал в Мадрид проект некоторых реформ, и часть из них были признаны полезными, так что их автору разрешили остаться в Перу; однако прежде получения разрешения он уже отплыл в Испанию согласно прежнему приказу. Ульоа не спешил выполнить приказ вернуться. Однако 4 февраля 1594 г. в Перу прибыл лиценциат Ордоньес-и-Флорес, чтобы занять место инквизитора, и Ульоа отправился в долгое путешествие по стране, по пути выдавая себя по-прежнему за инквизитора и пугая людей.
О его поведении свидетельствует случай с сыном судьи Диего Ванегасом. Когда «инквизитор» жил в Куско в доме некоего де Лойясы, один из слуг в присутствии Ванегаса стал хвастаться, что у них живет Ульоа, самый могущественный человек в Перу. Ванегас заявил, что его и его друзей не интересуют все эти россказни. Тогда Ванегаса арестовали, и Ульоа, вызвав два десятка своих людей, велел убить Ванегаса за непочтительность в отношении инквизиции. Хозяйка, Марианна де Лойяса, стала умолять «инквизитора» пощадить молодого человека. Склонный прислушиваться к просьбам дам, Ульоа решил «помиловать» Ванегаса, заменив казнь пятью сотнями плетей, а затем, по новому ходатайству хозяйки, согласился сократить это число до двухсот.
Покинув Куско, «инквизитор» узнал, что Ванегас. намерен жаловаться на его действия в Мадрид. Тогда Ульоа послал своих людей, чтобы они арестовали несчастного и доставили в тюрьму, где он и провел четыре месяца. Ванегасу удалось бежать в Лиму, где он рассказал обо всем вице-королю и получил разрешение отправиться в Испанию с жалобой.
Сам же Ульоа не собирался в Испанию, где его ожидало наказание, и, сославшись на плохое здоровье, остался в Перу. Он умер в 1597 г. Года через четыре после признания обвинений против него обоснованными.
Хотя Ульоа был, пожалуй, самым скверным из перуанских инквизиторов, его преемники тоже не отличались достоинствами. Это и понятно, учитывая, что каждый из них чувствовал себя королем на этой земле.
Инквизицию в испанских колониях создали с целью предотвращения проникновения туда протестантства, но протестантов там было мало — лишь небольшое количество моряков, попавших в плен или ставших жертвами кораблекрушений. В 1581-м и 1587 гг. были арестованы фламандцы Ян Берналь и Мигель Пилар, протестанты. Оба они были сожжены. И жертвами первого аутодафе в 1573 г. стали также протестанты Джоан Батиста и Матео Салада. Однако с 1587-го по 1625 г. таких случаев больше не было.
Гораздо больше забот инквизиции доставляли иудеи. Многие из них устремлялись в колонии, чтобы сделать себе состояние, а также в надежде избавиться от преследований в Испании. Однако они становились жертвами инквизиции. В 1626 г. началось одно из самых известных дел по обвинению в иудаизме и продолжалось до 1639 г. Дело это касалось хирурга Франциско де Сильвы, выходца из Португалии. Он получил католическое воспитание, так как его отец некогда был пленником инквизиции и получил разрешение примириться с церковью, с условием воспитать всех детей истинными католиками. Когда Франциско было лет восемнадцать, он прочел духовную книгу, написанную бывшим раввином, обратившимся в католицизм под именем Пабло де Санта-Мария (впоследствии он стал епископом). Книга эта была предназначена для того, чтобы помочь иудеям стать католиками, но на Франциско она произвела обратное действие. Он поделился своими сомнениями с отцом, который посоветовал сыну читать Библию, и вместе с тем рассказал ему о законе Моисея.
Вскоре Франциско решил, что он должен быть только иудеем, хотя тогда и не сообщил об этом решении ни жене, ни матери, ни сестрам. Позднее он поведал свою тайну любимой сестре Изабелле, которая была моложе его на два года. Она была убежденной католичкой, и решение брата ее очень встревожило. Она рассказала об услышанном духовнику на исповеди, а тот заявил, что она искупит грех, состоящий в том, что брат разделил с ней эту тайну, только если расскажет все инквизиторам. В душе Изабеллы шла борьба между любовью к брату и боязнью навеки погубить свою душу. Победило второе чувство. В результате Франциско был арестован.
Он заявил, что намерен придерживаться иудейской веры, и все попытки обратить его в католицизм оказались неудачными. Франциско заявил перед трибуналом, что желает жить и умереть иудеем. В результате он был признан закоренелым еретиком и приговорен к сожжению на костре.
За годы, проведенные в заключении, он изготовил две самодельные книги из обрывков бумаги, перо из яичной скорлупы и «чернила» из древесного угля.
Прошло тринадцать лет, прежде чем Франциске был сожжен на костре; вместе с ним сожгли и его книги. (Об этом пишет Ли и сообщается в «Публикациях» Американского еврейского исторического общества.)
Казнь Франциско де Сильвы имела большое значение не только сама по себе, но и по своим последствиям. Из-за этого пострадали многие крещеные иудеи, обвиненные в возвращении к прежней вере.
В то время в Перу было много крещеных евреев, и их деятельность там давала о себе знать: они уже контролировали торговлю этой колонии. Зависть к их богатству привела к тому, что к ним привлечено было внимание инквизиции. В 1636 г. было арестовано около ста человек. Почти все они были богатыми людьми, что явилось огромным искушением для их тюремщиков. Получило известность дело одного из них, Бартоломео де Прадеды, который навлек на себя подозрение, когда внезапно разбогател. Расследование показало, что свое богатство он получил, оказывая подследственным те или иные услуги. Инквизиторы сравнительно терпимо относились к преступникам из собственной среды, если те не были еретиками. Бартоломео только уволили, но его преемник также был уволен за подобные злоупотребления. То же произошло еще с тремя людьми, занимавшими последовательно эту должность. Инквизиторы убедились, что в таких делах необходимы более суровые меры, и трое последних, занимавшие не очень высокое положение, были наказаны: одного послали на галеры, а двое других стали участниками аутодафе. С арестованными иудеями обращались жестоко. Рассказывают, что двадцатисемилетняя Мурсия де Луна умерла, не выдержав пытки. Ее сестра была раздета до пояса и получила публично сто — ударов кнутом. Один восемнадцатилетний юноша, отказавшийся покаяться, подвергся такому жестокому обращению, что сошел с ума.
Одного богача, первого из купцов Лимы, сожгли на костре. В его доме собирались сторонники, для которых он стал лидером. Этот человек, владелец серебряных рудников и плантаций, был сказочно богат. Его попытка совершить самоубийство окончилась неудачей, и он был казнен. Другой жертвой стал Антонио Кордеро, купеческий приказчик. На него донес другой купец, возможно из соображений конкуренции. Этот купец заявил, что он однажды в субботу пришел в магазин, где Кордеро был старшим, и приказчик сказал, что покупателей по субботам не обслуживают. В другой раз он видел в пятницу, как Кордеро обедал в магазине, и спросил его, отчего он не ест свинину. Тот будто бы ответил, что свинину не ели ни его отец, ни его дед, а потому не ест и он. Инквизиторы решили арестовать Кордеро и отправили к нему в магазин фамильяра под видом покупателя. Фамильяр сумел запереть Кордеро в одной из внутренних комнат, а ночью его тайно отвели в тюрьму инквизиции. О быстром и тайном аресте приказчика никто сразу не узнал, и появились слухи, что он бежал, узнав о том, что за ним следит инквизиция.
Кордеро подвергли пытке, и он дал показания на других, так что многие пострадали из-за того, что один человек не ел свинину и не обслужил покупателя в субботу.