Хотя мавры понимали, что силы неравны, они решили начать борьбу. Они полагали, что могут собрать войско в сто тысяч и что их поддержат соплеменники в Африке. Первоначально восстание было назначено на 18 апреля 1568 г., но о их намерениях стало известно, и пришлось отложить выступление. Началось оно лишь 23 декабря.
Генерал-капитан Мондехар, внук командующего испанской армией, бравшей Гранаду при Изабелле и Фердинанде, не раз предупреждал короля и Великого инквизитора кардинала Эспинозу о готовящемся восстании и просил подкрепления. Эспиноза отказал, и потому, когда мятеж начался, Мондехар был не совсем готов к нему. Все же он вел военные действия решительно и сумел подавить мятеж. Сторонники изгнания мавров нашли в этом удобный случай для выполнения своих намерений. Гранадцы, однако, понимали, что попали в отчаянное положение, и решили сопротивляться. Вскоре вся Гранадская область была готова к войне.
Филипп назначил командующим своего незаконнорожденного брата дона Хуана, тогда еще юного и неопытного. Война эта велась с большой жестокостью. Мужчин убивали тысячами, а женщин и детей продавали в рабство. Рассказывают, что солдаты, неудовлетворенные расправами над маврами, убивали и грабили людей в окрестных деревнях. После битвьГпри Галере были убиты две тысячи мавров, хотя они просили пощады; убиты были и четыреста женщин и детей, обнаруженных в городе. Говорят, что дон Хуан велел не щадить никого, так как потери испанцев в битве оказались более тяжелыми, чем они рассчитывали. За этот «подвиг» папа римский назвал дона Хуана «защитником христиан», а король Филипп принес благодарность Мадонне «за славную победу».
Педро де Деса, назначенный главой правления Гранады, решил изгнать местное население в горы на севере Испании. Этот план начали вводить в действие в 1569 г. Мужчин со связанными руками под конвоем переселяли на новые места. Женщинам разрешали остаться на время, чтобы продать свое имущество. По дороге на север они голодали; многих убивали разбойники или захватывали в плен, чтобы продать в рабство. Даже дон Хуан однажды пожалел мавров. Он писал Гомесу, что в одном районе во время пурги многие члены семей высланных арабов потеряли друг друга и что опустевшая область представляет собой поистине жалкое зрелище. Испанцы брали город за городом, высылая население на север.
Странно, но мавры, подобно иудеям, на новых местах начинали богатеть. Если иудеи обладали даром финансистов, то арабы благодаря энергичному труду, прежде всего на земле, умели выбиться из бедности. Им также начинали завидовать окружающие, и их неприязнь основывалась скорее на зависти, нежели на религиозных разногласиях. Поступали, например, жалобы, что мавры уклоняются от военной службы и не ходят в церковь, так как постоянно заняты только работой на себя, А так как они были готовы работать и за меньшую оплату, чем испанцы, наниматели предпочитали брать на работу именно арабов. Мавры были способны богатеть, несмотря на наложенные на них жесткие ограничения. Если они покидали предписанный им район проживания, их били кнутом и могли даже отправить на галеры, им запрещали читать арабские книги и следовать своим обычаям. И все же они постепенно становились все богаче. Некоторые из них сделались бандитами, открыто проявляя ненависть к испанцам. Но часть мавров, разбогатев, предложили королю 30 000 дукатов за право носить оружие. Филипп, оценив состояние казны, решил не отказываться от этого предложения, и с тех пор в одном из районов арабы получили относительную свободу. Когда же кого-то из них арестовывали, чиновникам предлагали огромные взятки за их освобождение.
В 1608 г. валенсийские мориски вошли в контакт с Мули Сиданом, претендентом на марроканский престол. Они обещали ему двести тысяч воинов, если он высадится в Испании с десантом в двадцать тысяч и поддержит мавров против испанцев. Этот заговор был раскрыт, и правительство Филиппа III решило, что надо избавить страну от беспокойных мавров. То обстоятельство, что Сидан в этот раз не пожелал их поддержать, не означало отсутствия угрозы, тем более что мавры поддерживали связь с берберскими корсарами. Генрих IV в своих планах войны с Испанией не без оснований рассчитывал на поддержку мавров.
В 1609 г. было решено изгнать мавров из Испании, начиная с Валенсии, и в августе туда был направлен для выполнения этой миссии дон Августин де Мексия. Однако архиепископ Риверский, осуществлявший там духовную власть, хотя сам был приверженцем изгнания мавров, опасался, что их высылка нанесет большой экономический ущерб этому краю, а потому стал уговаривать дона Августина обратиться к королю, с тем, чтобы арабов изгнали из других районов, но разрешили им жить в Валенсии и Арагоне, где их, как утверждал архиепископ, можно будет контролировать. Эти просьбы были проигнорированы королем, и в сентябре в Валенсию на кораблях прибыло восемь тысяч солдат и офицеров.
Маврам было приказано оставаться в своих домах до особого распоряжения под страхом смерти, а затем отправляться в порт, взяв с собой столько имущества, сколько они могли унести с собой. Их надлежало отправить в. берберскую область Северной Африки. Испанские землевладельцы начали протестовать против этого, заявляя, что некому будет обрабатывать их сахарные и рисовые плантации, если вышлют всех мавров. Эта проблема вызывала серьезные дискуссии, и было решено, что шести процентам избранных морисков можно разрешить остаться. В это число включили тех, кто в течение двух лет не соблюдал никаких арабских обрядов и обычаев, отцов, имеющих детей до четырех лет, детей до шести лет с отцами, в случае, если отцы были рождены христианами, а матери были морисками (новокрещеными мавританками); если же матери были рождены христианками, а отцы были морисками, им следовало покинуть страну, а детям оставаться с матерями. Подобная практика разделения семей была делом очень болезненным, но за укрывательство изгнанников установили наказание — шесть лет каторги.
В конце концов мавры предпочли покинуть Испанию, включая даже тех, кто вошел в шесть процентов избранных. Они поняли, что сопротивление бесполезно. Им необходимо было свободно исповедовать свою веру. Между тем один из крупных землевладельцев, владелец сахарной плантации герцог Гандиа, пришел в отчаяние от перспективы потерять рабочую силу и обратился даже к правительству с просьбой даровать маврам возможность исповедовать их религию. Он получил ответ, что такую привилегию не может даровать и сам король. Герцогу оставалось лишь смириться с упадком своего хозяйства, и многие землевладельцы были в том же положении.
Мавры, как некогда иудеи, уезжая из Испании, также вынуждены были продавать свое имущество за бесценок. Все же они в большинстве своем согласились покинуть Испанию без сопротивления, помня об инквизиции, которая все равно не оставила бы их в покое, и мечтая о возможности открыто исповедовать ислам. Правда, некоторая часть их решила сопротивляться. Около двадцати тысяч мавров, не желая покидать страну, где они и их предки жили много веков, бежали в горы. Там их окружали испанские войсковые подразделения и убивали. Те, кто уцелел, были обречены на голодную смерть и сдавались властям, которые высылали их в Африку. Но по дороге в порты солдаты-мародеры грабили и убивали многих из этих пленных.
Вслед за Валенсией мавры были изгнаны из Арагона, Каталонии и других районов Испании, и к 1615 г. их депортация была завершена. Нет точных данных о количестве этих изгнанников. Называют цифры от трехсот тысяч до трех миллионов. Льоренте говорит о миллионе изгнанников, но многие исследователи считают это преувеличением. Как бы то ни было, ради полного торжества католицизма в Испании из нее была удалена очень ценная часть населения. Системы ирригации после этого стали приходить в упадок, а ранее плодородные земли — обращаться в пустоши.
Инквизиция потеряла богатый источник преследования жертв. Правда, у многих испанцев сохранились мавры-рабы. Еще в 1728 г. известны два случая аутодафе в отношении мавров. В 1769 г. инквизиция обнаружила даже тайно сооруженную маврами мечеть. Но с 1780-го по 1820 г. неизвестно ни одного дела в инквизиции, касавшегося морисков («Валенсийские архивы»). Инквизиция могла торжествовать победу: страна избавилась от еретиков-морисков. Фанатизм снова взял верх над здравым смыслом.