Вопрос о том, чья именно подводная лодка потопила Л-16, стал предметом длительной дискуссии военных и историков, продолжавшейся в течение нескольких десятилетий и после окончания Второй мировой войны. «Анализ сообщений морского министерства США в годы войны, мемуарной литературы японских подводников в послевоенный период, а также ряд других обстоятельств дает основание полагать, что Л-16, скорее всего, была “ошибочно” торпедирована американской подводной лодкой», — говорится на этот счет в официальном военно-историческом очерке А.Г. Макарова и А.И. Демьянчука о Тихоокеанском флоте «30 лет на боевом посту», вышедшем в свет во Владивостоке в 1962 году. «Конечно, Л-16 могла погибнуть и от торпеды японской или даже немецкой (!) подводной лодки, но все же очень много фактов свидетельствует против американских подводников», — спустя два года, в 1964, сообщал своим читателям автор монографии «Атакуют подводники» кандидат исторических наук В.И. Дмитриев. Подобной же точки зрения в годы холодной войны между СССР и США придерживались и другие советские авторы. Основанием для таких утверждений было мнение одного из непосредственных свидетелей трагедии, командира Л-15 В.И. Комаров, который в своем многократно цитировавшемся выше отчете писал по этому поводу следующее: «Я предполагаю, что Л-16 была утоплена американской так ПЛ, как я ясно видел перископы, одинаковые с перископами американских ПЛ. В период нахождения Л-15 в Датч-Харборе ее командиром и офицерами были осмотрены 2 американские подводные лодки… Предполагаю, что ПЛ Л-16 была атакована американской ПЛ, ибо перископы были такие же, как на американских ПЛ, которые я хорошо видел в Датч-Харборе». В дальнейшем тексте отчета В.И. Комарова мы встречаем еще одно подтверждение его версии гибели Л-16: «25.11.1942 года… Перед отходом на ПЛ в штабе мне офицер связи от командира ВМБ Гуантанамо… говоривший хорошо по-русски, но он говорил, что он — болгарин… сказал, “что ПЛ Л-16 была потоплена американской ПЛ”, так как не было договоренности между штабом военно-морских баз Датч-Харбор и Сан-Франциско».
Историк Игорь Боечин «цитирует» фрагменты донесения В.И. Комарова следующим образом: «…Силуэт подводной лодки, которая всплыла (!!!) и открыла по нам огонь (!!!) после потопления Л-16, был похож на рубку, виденную в Датч-Харборе…. В Гуантанамо один из американских офицеров сказал мне, что американская лодка потопила Л-16 по ошибке, не зная о ее проходе». И хотя в годы «холодной войны» «американская» версия гибели Л-16 получила широкое распространение, однако поддерживавшие и «творчески развивавшие» ее официальные советские авторы не смогли привести никаких серьезных доказательств, что Л-16 была потоплена именно S-31. В качестве таковых приводилось, например, наблюдение, что Л-16 была потоплена подводной лодкой, которая вышла на атаку «со стороны американского материка»! Писать такое мог только человек, абсолютно ничего не смыслящий в военно-морском деле и страшно далекий от него.
Спустя 20 лет после трагедии В.И. Комаров сообщал своим читателям примерно то же, что и сразу после гибели «ленинца»: «Я предполагал и докладывал товарищу Ломакину, что Л-16 была потоплена одной из подводных лодок США типа “S”, базирующихся на Датч-Харборе. Стоя там, мне пришлось побывать на одной из них. За сутки до нашего выхода, 4 октября, американская S-31 вышла в море в неизвестном направлении… Перископы с толстыми верхними головками, по которым (нами) был открыт артиллерийский огонь, очень походили на виденные мной в Датч-Харборе». «Командование военно-морской базы Сан-Франциско и многие офицеры проявляли интерес к обстоятельствам гибели нашей лодки. Некоторые из них недвусмысленно намекали на то, что потопить Л-16 могла по ошибке и их лодка», — писал впоследствии по этому поводу в своих воспоминаниях Г.И. Щедрин, но, чувствуя шаткость всех «доказательств» «американской» версии гибели Л-16, он тем не менее сделал «безупречный логичный вывод»: «Кем бы ни была потоплена советская подводная лодка Л-16 — японцами ли, с которыми мы тогда не воевали, или нашими союзниками — американцами, — в обоих случаях совершена величайшая подлость». Позволим здесь лишь напомнить, что в описываемое нами время шла Вторая мировая война, и гибель Л-16, какой бы тяжелой для всех нас ни являлась, была гибелью боевого корабля воюющей стороны на театре военных действий…
Вместе с тем, уже в том же 1942 году были получены подтверждения того, что Л-16 стала жертвой японских подводников. Так, 30 декабря 1942 года президент США Франклин Д. Рузвельт направил председателю Совета Министров СССР И.В. Сталину телеграмму, в котором говорилось следующее: «Я обратил внимание на радиосообщение из Токио о том, что 12 октября в Тихом океане японская подводная лодка потопила подводную лодку союзной нации. Вероятно, это сообщение касается Вашей подводной лодки Л-16, потопленной противником 11 октября в то время, когда она находилась на пути в Соединенные Штаты с Аляски, и я посылаю Вам выражение сожаления по поводу потери Вашего корабля и его доблестной команды и выражаю мою высокую оценку вклада, который вносит в дело союзников также Ваш доблестный Военно-Морской Флот в дополнение к героическим победам Вашей армии».
Основываясь на полученных от американской стороны данных, народный комиссар ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов 24 января следующего, 1943 года направил на имя 1-го заместителя председателя Совета Министров СССР В.М. Молотова докладную записку следующего содержания: «Военно-морской атташе СССР в США донес некоторые детали, уточняющие обстоятельства гибели нашей подводной лодки Л-16 12.10.1942 в точке с координатами 46 градусов северной широты и 138 градусов 58' западной долготы, следовавшей из Датч-Харбора в Сан-Франциско.
1. К моменту выхода наших подлодок из Датч-Харбор в районе острова Кадьяк и у западного побережья Канады отмечались японские подводные лодки, действующие на коммуникациях США.
2. В районе гибели Л-16 4 и 5 октября были торпедированы два американских транспорта. Имеется в виду потопление 4 и 6 октября 1942 года субмариной И-25 (командир — капитан 3-го ранга Императорского ВМФ Японии Акейдзи Тагами) в Тихом океане в точках с координатами 43°43′ северной широты, 124°54′ западной долготы и 41°30′ северной широты, 125°22′ западной долготы американских дизельных танкеров «Кэмден» в 6653 брутто тонн и «Лэрри Доэни» в 7038 брутто тонн соответственно, а 9 октября в этом же районе, по данным американской разведки, вновь наблюдалась одна японская подводная лодка.
3. По сообщению Морского Министерства США, широковещательной радиостанцией Токио в 13.00 27.12.42, на японском языке, и в 7.00 28.12.42, на английском языке, были переданы следующие сообщения: а) “Наша подводная лодка, оперирующая у западного побережья США, добилась исключительных успехов, уничтожив подводную лодку противника. Потопив два транспорта по 10 000 тонн, подлодка на рассвете 12 октября обнаружила две большие лодки противника, следовавшие, по-видимому, в Сан-Франциско. С дистанции нескольких сот метров наша подлодка выпустила одну торпеду, вслед за тем был услышан взрыв, а через перископ можно было видеть, как одна подводная лодка противника тонула и другая уходила от нас”. б) “Мы получили сообщение о наличии подлодок противника. Немедленно погрузились и вскоре обнаружили две большие подлодки. Наш командир с небольшой дистанции выпустил торпеду, и через перископ было видно, как одна из подлодок после сильного взрыва затонула, а другая, немедленно отвернув, открыла безуспешный артиллерийский огонь”.
Содержание второй радиопередачи показывает, что о выходе наших подлодок японское командование было осведомлено, по-видимому, через японское консульство в Петропавловске-на-Камчатке и вело наблюдение за их движением, информируя свои подлодки, находящиеся на, позициях. Изложенные события, предшествующие торпедированию подлодки Л-16, дают основания предполагать, что атака была произведена японской подводной лодкой».
Таким образом, еще в начале 1943 года командованием советского ВМФ был сделан вывод о том, что Л-16 потопила японская подводная лодка. Ныне однозначно можно сказать, что ей была японская субмарина И-25, которой командовал капитан 3-го ранга Акейдзи Тагами. К этому моменту на его счету уже имелся ряд побед: он потопил 2 американских танкера, о которых уже говорилось выше, и английский грузовой пароход «Колдбрук» в 5104 брутто-тонн. Потопление Л-16 стало предпоследней победой И-25. Потопив еще один американский танкер — «Х.М. Стори» — в 10 763 тонны, подводная лодка довела общий боевой счет до четырех побед, общий же потопленный тоннаж составил почти 30 тысяч тонн. 3 сентября следующего, 1943 года, И-25 была уничтожена в Коралловом море американским эскадренным миноносцем. Отметим, что к этому времени А. Тагами командовал уже другой субмариной. Он благополучно пережил войну и только спустя много лет, перед самой смертью, публично признался в потоплении советской подводной лодки.