В 1803-1806 гг. было упразднено более 300 небольших государств и несколько сот владений имперских рыцарей. Число имперских городов с 51 сократилось до 6: Франкфурт-на-Майне, Аугсбург, Гамбург, Бремен, Любек, Нюрнберг. «Освободившиеся» территории были распределены между сравнительно крупными германскими государствами. Первоначально предполагалось, что порядок осуществления компенсаций должны выработать сами германские князья во главе с императором. С этой целью была создана специальная комиссия рейхстага. Но неоднократные попытки принять приемлемое для всех, в том числе для Наполеона, решение закончились безрезультатно. В феврале 1803 г. был принят французский план компенсаций. По этому плану Пруссия и средние государства получили больше того, что потеряли на левом берегу Рейна: Пруссия — в 5 раз, Вюртемберг — в 4 раза, Баден — в 7,5 раза.
«Территориальная революция» разрушала раздробленный мир германских государств. Вместе с имперским рыцарством, имперскими городами и князьями-епископами исчезали те силы, которые видели в империи и императоре гарантию собственному существованию.
Секуляризация и медиатизация были в целом прогрессивным актом: они способствовали уменьшению раздробленности Германии, но осуществлялись, в первую очередь, в интересах Франции. Поэтому «округление» владений средних государств, их территориальный рост одновременно сопровождался усилением зависимости от Франции. В результате в Священной Римской империи произошел раскол: появилась группа союзных Франции государств — Бавария, Баден, Вюртемберг. Профранцузская позиция южногерманских государств объяснялась не только растущей зависимостью от могущественного западного соседа, но и желанием добиться полного суверенитета от империи.
Сформировавшаяся в 1805 г. третья коалиция, в состав которой наряду с Англией, Россией и Швецией вошла Австрия, стремилась не допустить этого. Однако война с Францией складывалась неудачно, особенно для Австрии. Капитуляция австрийской армии под Ульмом (20 октября 1805 г.) и разгром австро-русских войск в сражении под Аустерлицем (2 декабря 1805 г.) привели к выходу Австрии из войны и подписанию ею Пресбургского мира. Австрия согласилась с французскими завоеваниями в Италии, признавала Баварию и Вюртемберг королевствами, а Баден — великим герцогством, отдавала Баварии Тироль, архиепископство Бамберг, епископства Аугсбург, Фрейзинген, Нассау и другие, а Вюртембергу — 5 городов по Верхнему Дунаю, графство Гогенберг, выплачивала контрибуцию в 40 млн флоринов. Франция признавала присоединение к Австрии Зальцбурга и Вюрцбурга. В июле 1806 г. Наполеон объединил под своим протекторатом 16 германских государств в Рейнский союз. В него вошло новое германское государство, созданное из северо-западных территорий, — Великое герцогство Берг. 1 августа 1806 г. члены Рейнского союза заявили о своем выходе из Священной Римской империи. Затем последовало ультимативное требование Наполеона Францу II сложить с себя императорскую корону, что и было сделано. Империя прекратила свое существование.
В своей германской политике Наполеон добился главного: сплотив «третью Германию» в Рейнский союз, он создал противовес Австрии и Пруссии и одновременно буферную зону между ними и Францией. Ядром Рейнского союза стали 3 южногерманских государства: Бавария. Вюртемберг и Баден. Союз по своему характеру являлся наступательно-оборонительным альянсом.
Усиление позиций Франции в Германии, с одной стороны, и англо-российское дипломатическое давление — с другой, привели к вступлению в антифранцузскую коалицию Пруссии. Именно Пруссия стала главным действующим лицом четвертой коалиции (1806 г.). В европейских государствах царила уверенность, что прусская армия, созданная Фридрихом II, в состоянии превзойти все, что породила «лишенная солдатского духа французская революция». Однако война для Пруссии оказалась короткой и бесславной. 8 октября 1806 г. французские войска перешли прусскую границу, а 14 октября две прусские армии были разгромлены под Йеной и Ауэрштадтом. Затем последовала сдача крепостей и капитуляция остатков армии на всей территории государства. Лишь небольшие части под командованием генералов Блюхера и Гнейзенау оказали сопротивление. Через месяц после начала войны военная машина Пруссии была уничтожена. Наполеон торжественно въехал в Берлин. Прусский король Фридрих Вильгельм III, его семья и небольшой двор укрылись на восточной окраине государства.
Дальнейшая судьба Пруссии зависела от исхода борьбы Франции с Россией. Русские войска потерпели тяжелые поражения при Эйлау (8 февраля 1807 г.) и Фридланде (14 июня 1807 г.), но Россия по-прежнему оставалась грозной военной силой. Наполеон не решился перейти Неман, но и Александр I, лишившийся союзника на континенте, считал рискованным продолжать борьбу. Начались русско-французские переговоры, завершившиеся подписанием мирного договора в Тильзите в июле 1807 года.
Согласно условиям Тильзитского мира, дополненного затем Парижской конвенцией (сентябрь 1808 г.), Пруссия лишалась половины своей территории, обязывалась сократить армию до 40 тыс. человек и выплатить контрибуцию в размере 100 млн франков. До полной выплаты контрибуции на территорию Пруссии вводилась французская армия численностью в 157 тысяч человек. На восточных территориях, отторгнутых у Пруссии, создавалось Великое герцогство Варшавское. Из западных прусских земель, а также Брауншвейга и части Ганновера было создано королевство Вестфалия.
Тильзитский договор содержал унизительную для Пруссии формулировку, в которой говорилось, что Наполеон лишь из уважения к императору всероссийскому соглашается возвратить прусскому королю часть завоеванных территорий. Фридриху Вильгельму III (1770-1840), прусскому королю с 1797 г., были «возвращены» Бранденбург, собственно Пруссия и Силезия.
В ноябре 1806 г., находясь в Берлине, Наполеон издает антианглийский по своей направленности декрет о континентальной блокаде, который распространяется на всех союзников Франции. Кроме того, в тексты всех мирных договоров, подписанных Наполеоном с побежденными государствами, теперь включалось обязательство последних присоединиться к континентальной блокаде. Первыми это обязательство брали на себя Пруссия и Россия.
В 1809 г. сформировалась пятая коалиция в составе Англии и Австрии. Из всех континентальных государств Австрия оказалась самым упорным противником Франции. Причем она постоянно терпела поражения, но никогда не была окончательно разгромлена. Тяжелые поражения ожидали Австрию и в короткой войне 1809 г. По Шенбруннскому миру Австрия лишалась выхода в Адриатическое море, обязывалась выплатить контрибуцию и присоединиться к континентальной блокаде.
Наполеон достиг вершины могущества в Германии. Все германские государства в большей или меньшей степени контролировались Францией. Можно выделить несколько уровней зависимости. Существовала группа вассальных германских государств, власть в которых перешла родственникам Наполеона — Наполеонидам. В Вестфальском королевстве престол был передан младшему брату Наполеона, Жерому, в Великом герцогстве Берг — зятю Наполеона, Мюрату. Евгений Богарне, пасынок Наполеона, управлял Великим герцогством Франкфурт. Степень контроля Наполеона не только над внешней, но и над внутренней политикой этих государств была наиболее высокой. Во вторую группу входили зависимые от Наполеона государства Рейнского союза, сохранившие свои княжеские и королевские династии, а вместе с ними и некоторую свободу в решении внутриполитических вопросов. Границы Рейнского союза постоянно расширялись. В конечном итоге за его пределами остались только Австрия и Пруссия. Эти два государства — ослабленную военными поражениями Австрию и униженную Пруссию — следует включить в последнюю группу. Формально они сохранили суверенитет, но превратились в вынужденных союзников Французской империи, принимавших все продиктованные им условия.
Наполеон проводил в Германии и реформаторскую политику (в границах Рейнского союза) и политику гегемонии (по отношению ко всей Германии). Реформаторская политика поддерживалась воспитанной Просвещением немецкой интеллигенцией. Однако политика гегемонии вызывала протест. Она предполагала преимущество французских интересов, поставку рекрутов в «великую армию», налоговые платежи, принудительные займы, контрибуции и т. д. Аустерлиц и Йена были восприняты патриотической частью немецкого общества как новый французский вызов. В Германии стало формироваться антинаполеоновское движение, которое выходило за рамки отдельных государств и способствовало сплочению нации.