Это уже было похоже на серьезное решение вопроса. Хотя общая годовая сумма на университет и гимназию увеличивалась ненамного, теперь она полностью оказывалась в распоряжении Ломоносова, который только с этого момента получал возможность устранить сложности в работе «сих двух департаментов», о чем в определении Канцелярии говорится следующее: «...понеже за долговременным неполучением от Статс-конторы суммы бывают в деньгах недостатки, а студентам и гимназистам содержание должно быть беспрерывно, и потребные на них съестные припасы и другие потребности покупать заблаговременно не в дорогую пору, когда привоз чему есть, для наблюдения интереса е. и. в. и чтобы все было свежее и требуемой доброты для пропорционального по окладу учащихся удовольствия, также и из учащих большая часть таких людей служащих по контрактам, кои никакого другого доходу кроме жалованья не имеют, и люди новые и беспомощные, и требуют порядочной выдачи жалованья не так, как мастеровые люди, кои своим мастерством на стороне промышляют или промышлять по шабашам могут. Того ради по указу е. и. в. Канцелярия Академии наук в силу вышеписанного приказали: впредь от принимаемой в Академию наук суммы отделять определенную на Университет и Гимназию по новому штату сумму особливо и ни на какие другие расходы не употреблять, но содержать за казенною и его, г. советника Ломоносова, и комиссарскою печатьми, дабы он по вверенному ему единственному над вышеписанными департаментами смотрению мог производить нужное государству полезное смотрение в приращении наук в отечестве беспрепятственно, и из оной суммы по насылаемым указам производить жалованье университетским профессорам и всем гимназическим учителям и прочим служителям по третям года, а для содержания пищею студентов и гимназистов отпущатъ, сколько когда востребуется».
Ломоносову, который неоднократно обращал внимание начальства на бедственное положение учащихся («видя бедных гимназистов босых, не мог выпросить у Тауберта денег» — признавался он и добавлял, что у него не однажды «до слез доходило»), удалось постепенно улучшить бытовые условия в гимназии. Он увеличил содержание каждого гимназиста с тридцати шести до сорока восьми рублей в год. При этом он запретил выдавать им деньги на руки, ибо многие из них, получая свое жалованье «весьма малое», «и тем еще поделясь с бедными родительми, претерпевали скудость в пище и ходили по большой части в рубищах, а оттого и досталь теряли охоту к учению».
Не менее важным обстоятельством, умалявшим «охоту к учению», было отсутствие сносного помещения для университета и гимназии. Наемный дом на углу 15-й линии Васильевского острова и набережной Большой Невы, где с 1756 года располагались оба учебных заведения, находился, что называется, в аварийном состоянии. Инспектор гимназии академик Семен Кириллович Котельников (1723–1506), бывший ученик Ломоносова, 6 августа 1764 года подал в Академическую канцелярию «репорт», в котором об условиях занятий в означенном доме говорилось: «Учители в зимнее время дают лекции в классах, одевшись в шубу, разминаясь вдоль и поперек по классу, и ученики, не снабженные теплым платьем, не имея свободы встать с своих мест, дрогнут, отчего делается по всему телу обструкция и потом рождается короста и скорбут, которых ради болезней принуждены оставить хождение в классы». По настоянию Ломоносова, купленный Академией в апреле 1764 года дом на Тучковой набережной («дом Строгановых»), который предназначался Таубертом под типографию, был отдан под университет и гимназию (Тауберту Ломоносов советовал выселить из старых типографских помещений «людей, до Типографии не надобных и совсем для Академии излишних», и тем самым высвободить необходимое место).
Заботы Ломоносова о начальном и среднем образовании в России не ограничивались одною Петербургской гимназией. В ту пору, кроме Петербурга, гимназии были еще только в Москве и в Казани. Ломоносов вместе с Шуваловым планировал расширение их сети по всей России. В декабре 1760 года он составил и подписал указ Канцелярии Академии наук в Академическое собрание о представлении всеми профессорами заключений по вопросу об учреждении новых гимназий и школ. В нем всем академикам предлагалось указать, «в которых именно городах, и сколь великие те гимназии и школы, и в каком числе людей и учителей быть имеют, и на содержание их... какая сумма потребна», то есть высказать конкретные рекомендации, и, «сочиня штаты, подать в Правительствующий Сенат». Сбивчивые мнения некоторых академиков начали поступать только в марте 1761 года, затем они около трех месяцев пролежали в Канцелярии и лишь после этого были переданы Шувалову для представления в Сенат. При жизни Ломоносова это дело не двинулось с места.
Впрочем, ему самому хватало дел в Петербурге. Наряду с гимназией он был до конца своих дней озабочен тревожным положением дел и в университете Академии наук. Еще в 1747 году в Академическом регламенте было предписано составить для университета свой регламент, «который президентом сочинен быть должен по примеру европейских университетов». В 1748 году проект университетского регламента был представлен академиком Миллером, но не получил утверждения. В 1750 году Теплов при помощи Шумахера и Тауберта сочинил «Учреждение о Университете и Гимназии», которое хоть и было утверждено, но, по признанию самих авторов, «не составляло совершенного университетского регламента». Вопрос об уставном документе, по которому университет при Академии должен был стать университетом в полном смысле слова, поднимался еще и в 1755 и в 1756 годах, но решения и тогда не воспоследовало. Только с приходом Ломоносова в академическую канцелярию дело, похоже, стало подвигаться.
В июле 1759 года он представил на обсуждение академиков проект штата и регламента университета. Ломоносов предусматривал создание одиннадцати кафедр (вместо пяти по штату 1747 года и восьми по «учреждению» 1750 года). Кроме того, новым было для Академического университета деление на три факультета: юридический (с кафедрами: 1. универсального права, 2. российского права, 3. истории и политики), медицинский (с кафедрами: 1. химии, 2. ботаники, 3. анатомии) и философский (с кафедрами: 1. философии и истории литеральной, 2. физики, 3. математики, 4. красноречия и древностей, 5. ориентальных языков). Студенты разделялись на три «класса» (то есть курса). Вся эта структура, в общем, копирует структуру Московского университета (предложенную Ломоносовым в 1754 году). Но есть здесь и отличия: в Московском университете не было кафедр математики и восточных языков. Вообще русское право и восточные языки не были предусмотрены ни в 1747-м, ни в 1750-м, ни в 1754 годах. Иными словами, программа Петербургского университета, по мысли Ломоносова, должна была стать самой полной университетской программой в России.
Проект университетского регламента не сохранился. Но уцелел и дошел до нас план регламента, а также некоторые отзывы академиков, читавших его в полном виде, и ответ Ломоносова одному из критиков документа (академику Фишеру). Так что приблизительное представление о регламенте можно составить. В его первую часть «О учащих» вошло восемь глав, в которых указывались правила приема профессоров в университет, а также производства в профессорское звание, расписывались обязанности профессоров как заведующих кафедрами, говорилось об их научных трудах, излагались правила проведения диспутов и «других зкзерциций», поднимался вопрос «о произведении в градусы» (то есть о присвоении ученых степеней — пункт, который встретил самое сильное противодействие), определялись условия работы профессоров по совместительству («в других командах»), очерчивались обязанности проректора (ректором автоматически становился президент Академии). Вторая часть регламента «О учащихся» (семь глав) была посвящена условиям приема студентов (со стороны) и перевода (из гимназии), разделению их на курсы и порядку «хождения их на лекции», содержанию их, проведению занятий и экзаменов, правилам поведения, поощрениям и наказаниям, выпуску и распределению.