Предметом особой заботы Ломоносова было моральное воспитание гимназистов, чему посвящены седьмая и восьмая главы проекта — «Об узаконениях для гимназистов» и «Об обязанностях учителей». Наряду с выполнением религиозно-нравственных заветов, принятых в христианском государстве, Ломоносов требует от учеников прежде всего подчинить себя главной цели, ради которой они поступили в гимназию: «При наблюдении заповедей Божиих в Десятисловии и заповедей церковных, коими обеими любви к Богу и ближнему и началам премудрости страха Господня научаемся, следует первая гимназистов должность, чтобы к наукам простирать крайнее прилежание и никакой другой склонности не внимать и не дать в уме так усилиться, чтобы рачение к учению урон или малое ослабление потерпело».

В сущности, все «узаконения для гимназистов» подчинены этой главной цели: все, что помогает учению, — добродетельно, все, что мешает, — порочно. Ломоносов вменяет им в обязанность беспрекословное послушание учителям, требует «отбегать от ссор междоусобных, а особливо от бесчестных браней и от драк, не попрекать другого природными недостатками и не злобствовать», «не мешать другим в ученьи криком, играньем, стуком, шумом или каким другим образом, чем рассуждение и память в беспорядок приведены быть могут» и т. д. Чтобы ученики не выросли заносчивыми либо подобострастными, Ломоносов предъявляет и к преподавателям моральные требования, которые призваны обратить закон беспрекословного послушания им во благо для учеников: «Учители с учениками не должны поступать ни гордо, ни фамилиарно. Первое производит к ним ненависть, второе — презрение. Умеренность не даст места ни тому, ни другому, и словом, учитель должен не токмо словами учение, но и поступками добрый пример показывать учащимся». Предписанное учителям, добавляет Ломоносов, «надлежит наблюдать и самому ректору, поелику он есть учитель».

Ломоносов входил во все подробности гимназического обучения, вплоть до бытовых. Надо думать, занимаясь положением дел в Академической гимназии детально, он не однажды вспоминал свою школярскую юность в Славяно-греко-латинской академии, когда, как он свидетельствовал в одном из писем к Шувалову, «имея один алтын в день жалованья, нельзя было иметь на пропитание в день больше, как на денежку хлеба и на денежку квасу». В сентябре 1758 года он составил текст определения Академической канцелярии о пищевом довольствии гимназистов, где строго предписывалось «тех учеников довольствовать такою пищею, а именно: в мясные дни кроме знатных праздников в обед три кушанья — щи, мясо и каша, а в ужин два из вышепоказанных, вместо щей для перемены варить кашицу из солонины или овсяной либо яшной суп, а в праздничные дни сверх того баранина или говядина, жаркое или окорок, в постные же дни вместо щей варить для них горох, грибы, снетки или кашицу из просольной рыбы, а в дешевую пору и свежую; а другое кушанье вареную рыбу или жареную, а именно осетрину, белужину, штокфиш16 и прочее, третье каша с постным маслом, причем потреблять поваренные овощи, капусту, лук репу, морковь и редьку; также довольствовать их... своим печеным хлебом и кислыми щами17».

Около ста различных документов, касающихся организации учебного дела, составил Ломоносов, не считая при этом постоянных напоминаний об университете и гимназии в письмах к Шувалову и М. И. Воронцову. То, что работу в учебных заведениях Академии необходимо в корне менять, со временем начали понимать и в верхах. Университет и гимназия не имели своих регламентов и своего бюджета, студенты и гимназисты содержались из рук вон плохо, общеобразовательная и специальная их подготовка оставляла желать лучшего. Не дожидаясь утверждения проекта регламента гимназии, Ломоносов как член Академической канцелярии практически взял на себя всю работу по гимназическому переустройству в соответствии с основными пунктами проекта. Результаты были явственны. Наконец последовало юридическое закрепление того, что уже было в действительности. В январе 1760 года Ломоносов становится единоличным руководителем университета и гимназии Петербургской Академии наук. В определении по этому вопросу говорилось: «Сего генваря 19 числа в полученном от его высокографского сиятельства Академии г. президента в Канцелярию Академии наук ордера написано: понеже-де чрез разные опыты усмотрено, что учреждению и распорядку, а особливо сочинению регламентов Гимназии и Университета от несогласия разных мыслей, также и надлежащему происхождению сих департаментов чинится остановка, и уже многие годы минули не с таким успехом и пользою, каковых бы по справедливости ожидать должно было; и сверх того, сумма, определенная на Университет, исходила по сие время по большей части на другие расходы, так что Академическое комиссарство должно стало Университету многие тысячи; того ради прошедшего 1758 году дан был от его сиятельства ордер г. коллежскому советнику Ломоносову, чтобы он сочинил регламенты для Университета и Гимназии, которые им сочинены и по ордеру его сиятельства отданы в Канцелярию для общего рассмотрения, но как-де еще видно, что дело сие по-прежнему от несогласных мнений претерпевает остановку, а г. Ломоносов между тем, по сочиненному от него регламенту Гимназии поступая с позволения его сиятельства, привел своим старанием Гимназию во много лучшее состояние перед прежним, того ради его сиятельство по данной от е. и. в. власти поручил учреждение и весь распорядок Университета и Гимназии единственно оному г. советнику Ломоносову по сочиненным от него регламентам, полагаясь на его знание и усердие и уповая, что он в произведении до цветущего состояния оных двух департаментов по должности сына отечества со всяким прилежанием и усердием поступать будет».

Однако ж и строгая оценка того положения, в котором оказались университет и гимназия, и похвала Ломоносову за его усердие мало чего стоили бы, если б не указание президента в том же ордере «определенную на Университет сумму не токмо не употреблять ни на какие другие расходы, но и недоимочную на прошлые годы в случае надобности для помянутого учреждения выдавать по частям из академической суммы или из книжных лавок...». Дело в том, что ранее университет и гимназия финансировались из общего бюджета Академии наук, распорядителями которого были противники Ломоносова. Если бы все продолжалось по-старому, его назначение единовластным смотрителем за университетскими и гимназическими делами осталось бы лишь на бумаге: ни штата, соответствующего новой программе, ни учебных пособий, ни улучшения содержания учащихся не воспоследовало бы. Надо думать, что пункт о возвращении университету его ранее разбазаренных денег был включен в ордер по настоянию самого Ломоносова.

Тем не менее даже после 19 января 1760 года Ломоносов постоянно сталкивался с противодействием именно на финансовом поприще. Внешне все обстояло вроде бы благополучно: и прежняя задолженность университету возвращалась, и новые суммы поступали — пусть с задержками, но деньги отпускались же! Даже с учетом сказанного в президентском ордере Тауберту очень легко было вновь и вновь выставлять Ломоносова перед К. Г. Разумовским чересчур нетерпеливым, безудержным, в конечном счете неблагодарным. Деньги же были нужны не тогда, когда их, наконец, выделит Тауберт, а когда, к примеру, рыба или овощи стоят дешевле всего, когда и надо делать закупки для студенческого стола. Получив деньги не в сезон, университет и гимназия вынуждены были переплачивать вдвое-втрое и, следовательно, ограничивать траты на закупку книг, наглядных пособий и т. д. Таким образом, финансовая независимость академической учебной части, во главе которой Ломоносов был поставлен 19 января 1760 года, грозила обернуться фикцией.

Вот почему Ломоносову еще пришлось позаботиться об утверждении действительной независимости университета и гимназии от Канцелярии. Спустя почти полтора года он добился наконец нового определения по этому серьезному вопросу. 31 мая 1761 года Академическая канцелярия, подчинившись указанию президента (в свою очередь, подвергшегося убеждениям и давлению Ломоносова), определила вместо положенных ранее 8090 рублей в год на университет и 2890 рублей на гимназию «производить впредь жалованье... на Университет по девяти тысяч по сту рублев, а на Гимназию по шести тысяч по сту по сороку по восьми рублев, всего по пятнадцати тысяч по двести по сороку по восьми рублев в год, и оная сумма должна до сих двух департаментов употребляться и быть содержана при Комиссарстве особливо».