Распад СССР и непростая ситуация в экономике России, повлекшие отказ от многих программ в области разработки и закупок новой военной техники, привели к тому, что после 1992 г. финансирование работ по теме МФИ значительно сократилось. Тем не менее, опытному производству ОКБ им. А.И. Микояна удалось построить макет самолета, элементы планера для статических испытаний и, совместно с серийными заводами, создать задел для постройки опытных образцов. В начале 1994 г. завершилась сборка первого летного прототипа МФИ — опытно-экспериментального самолета «1.44», и летом того же года он был доставлен на летную станцию ОКБ на аэродроме ЛИИ в Жуковском, где продолжилась наземная отработка его систем и началась подготовка к летным испытаниям. В декабре 1994 г. машина, управляемая летчиком-испытателем Романом Таскаевым, совершила первую скоростную рулежку по взлетно-посадочной полосе ЛИИ. Впрочем, из-за резкого сокращения бюджетных ассигнований по теме МФИ в связи с экономическими трудностями в стране довести истребитель до стадии летных испытаний тогда не удалось. В 1995 г. финансирование программы было практически прекращено.
Однако в конце 90-х, после смены руководства компании «МиГ», машину все же смогли довести до этапа летных испытаний, и ровно десять лет назад, 29 февраля 2000 г., летчик-испытатель Владимир Горбунов поднял «1.44» в первый полет. Но уже тогда всем было понятно, что испытания «1.44» — это скорее попытка сохранить «реноме» прославленной фирмы, нежели свидетельство практических перспектив проекта: при выбранных, с учетом ставших уже не вполне актуальными требований, размерности (которая определяла и стоимость машины), отдельных компоновочных решениях и технологиях, будущего у самолета по сути не просматривалось. В итоге, «1.44» смог лишь еще только один раз подняться в воздух: второй полет, состоявшийся 27 апреля 2000 г., стал последним в его биографии. С тех пор самолет находится на хранении на территории ЛИИ в Жуковском. Вместе с тем, нельзя сказать, что кратковременная «реанимация» проекта на рубеже веков прошла даром. Опыт, полученный при разработке, постройке и испытаниях самолета «1.44», некоторых его систем, в первую очередь комплексной системы управления и установленных на борту двигателей пятого поколения АЛ-41Ф, стал основой для дальнейших работ по модернизированным и перспективным авиационным комплексам как в самой РСК «МиГ», так и на других предприятиях авиационной промышленности.
Опытно-экспериментальный самолет Су-47 (С-37) «Беркут» проходил летные испытания с 1997 г., а с 2004 г. используется как летающая лаборатория по программе ПАК ФА
Еще в первой половине 80-х гг к предварительным исследованиям по перспективным самолетам пятого поколения приступили и на Машиностроительном заводе им. П.О. Сухого, как тогда именовалось нынешнее ОАО «ОКБ Сухого». В 1983 г. в ОКБ начались проектные работы по экспериментальному самолету С-22 с крылом обратной стреловидности, применение которого сулило ряд преимуществ перед традиционными компоновками: высокие несущие свойства на дозвуковых скоростях, устойчивость к сваливанию на больших углах атаки, снижение радиолокационной заметности в передней полусфере и т. д. В течение пяти лет совместно с ЦАГИ было проработано несколько вариантов компоновки машины, на основе чего в 1988 г. был подготовлен и позднее защищен аванпроект, а, по согласованию с ВВС, принято решение о полномасштабной разработке экспериментального самолета, который рассматривался в качестве прототипа перспективного истребителя пятого поколения. Для самолета, получившего новое обозначение С-32, была выбрана оригинальная схема «интегрального несущего триплана» с крылом обратной стреловидности, традиционным хвостовым и передним горизонтальным оперением.
В связи с тем, что Военно-воздушные силы к тому времени уже заключили договор с ММЗ им. А.И. Микояна на создание Многофункционального истребителя пятого поколения МФИ (проект «1.42»), в ОКБ Сухого приняли решение ориентировать свой проект, в первую очередь, на решение задач перспективного многоцелевого корабельного истребителя для авиации ВМФ. Поэтому на этапе аванпроекта С-32 получил также название Су-27КМ, а в его конструкции, оборудовании и вооружении учитывались особенности корабельного базирования (в т. ч. на строящемся авианесущем крейсере с атомной энергоустановкой «Ульяновск») и боевого применения на морских театрах военных действий.
Самолет предполагалось оснастить самым современным комплексом бортового оборудования, включающим радиолокационную прицельную систему с ФАР с дальностью обнаружения целей более 200 км, радиолокатор заднего обзора, оптико-электронный прицельно-навигационный комплекс, комплексы связи и РЭП. Широкую номенклатуру вооружения предполагалось размещать не только на внешних подвесках, но и, в первую очередь, в двух внутренних отсеках фюзеляжа. В состав силовой установки должны были войти два двигателя пятого поколения АЛ-41Ф — такие же, как на истребителе МФИ. Вариант самолета для фронтовой авиации отличался от корабельного лишь отсутствием механизмов складывания крыла и оперения и незначительным изменением состава навигационного оборудования. Главным конструктором по теме С-32 был назначен Михаил Погосян — нынешний глава компании «Сухой», который и осуществлял непосредственное руководство программой вплоть до назначения его в 1998 г. генеральным директором АВПК «Сухой» (главным конструктором самолета после этого стал Сергей Коротков).
Распад Советского Союза и последовавшее значительное сокращение бюджетного финансирования НИОКР по военной технике оказали заметное влияние на дальнейшее развитие проекта, для поддержания которого «Сухому» пришлось ориентироваться, в основном, лишь на собственные силы, используя средства, выручаемые от начатых в 1992 г. экспортных поставок истребителей семейства Су-27. Дефицит финансирования заставил руководство ОКБ для продолжения работ по опытно-экспериментальному самолету пойти на ряд неординарных мер: двигатели пятого поколения были заменены в силовой установке более доступными пермскими Д-30Ф11 тягой в классе 16 000 кгс (модификация серийных Д-30Ф6, применяемых на истребителях-перехватчиках МиГ-31), от применения ряда систем бортового радиоэлектронного оборудования, «не обязательных» для начала летных испытаний, вовсе отказались, а для постройки летного экземпляра решено было использовать планер единственного заложенного образца для статических испытаний.
В то же время при рабочем проектировании и последующей постройке опытного самолета удалось реализовать целый ряд новых технических и технологических решений, ранее не применявшихся в отечественной авиации. Среди них система управления, обеспечивающая пилотирование самолета оригинальной компоновочной схемы с большой степенью продольной статической неустойчивости, крыло обратной стреловидности с широким применением композиционных материалов в нагруженных элементах конструкции, крупногабаритные фрезерованные панели двойной кривизны и т. п. Постройка машины велась опытным производством ОКБ Сухого в широкой кооперации с другими предприятиями промышленности: НАПО им. В.П. Чкалова изготавливало по документации Новосибирского филиала НИАТ панели двойной кривизны, ИАПО (ныне — Иркутский авиационный завод корпорации «Иркут») собирало консоли крыла, при этом толстостенные крупногабаритные панели крыла обратной стреловидности из полимерных композиционных материалов поставлялись Обнинским НПО «Технология», КнААПО изготавливало оперение и т. д.
Сборку планера самолета удалось завершить в середине 1996 г. После проведения этапа статических испытаний в конце года он снова отправился в сборочный цех для достройки перед началом летных испытаний. В июле 1997 г. самолет, получивший новое заводское обозначение С-37 (а затем и имя собственное «Беркут»), перевезли на летную станцию ОКБ в Жуковском, и, после комплекса наземных отработок, в сентябре он был выкачен на аэродром и выполнил первые рулежки. В первый полет 25 сентября 1997 г. машину поднял летчик-испытатель ОКБ Сухого Игорь Вотинцев. Первый этап летных испытаний продемонстрировал достаточно высокую сходимость экспериментальных результатов с расчетными данными. В дальнейшем, вплоть до 2003 г., было проведено еще несколько этапов испытаний. «Беркут» неоднократно принимал участие в летной программе авиасалонов МАКС, при этом с 2000 г. он представлялся под новым названием — Су-47.