В феврале 1860 года Воин Андреевич, к тому времени уже капитан первого ранга, получил новое назначение. Он становится начальником штаба главного командира Кронштадтского порта.

В то время Россия вступала в полосу буржуазных реформ. Готовилась отмена крепостного права. Недавнее поражение в Крымской войне наглядно продемонстрировало несостоятельность громоздкой военной машины Российской империи, оснащенной устаревшей техникой, располагавшей не менее устаревшей системой комплектования и подготовки кадров. Жизнь требовала серьезных перемен и в армии.

За время длительного плавания В.А. Римский-Корсаков смог наглядно убедиться в этом. Он также понимал, что наступал конец истории парусного флота и начиналась ера флота парового, выдвигавшая свои требования.

Воин Андреевич принадлежал к тем передовым деятелям русского флота, которые горячо ратовали за необходимость прогрессивных перемен, отвечавших духу времени, таких, как оснащение военно-морских сил более передовой техникой, коренное улучшение системы военно-морского образования, предоставление доступа в учебные заведения и офицерскую среду не только дворянам, но и разночинным слоям, отмена бессмысленной муштры и сокращение срока службы для нижних чинов. В июньском номере "Морского сборника" за 1860 год была опубликована статья Воина Андреевича "О морском воспитании", суммировавшая передовые взгляды на проблему подготовки морских офицеров.

В.А. Римский-Корсаков считал необходимым с первых же классов воспитывать убежденную любовь к флотской службе, чувство коллективизма, товарищества, самостоятельности. И делать это в море, на учебном корабле. Он писал: "Руководствуясь примером корпусных фрегатов, не мешает, чтобы часы еды и отдыха установлены были по морскому; даже артельная миска и деревянная ложка ничему бы не вредили, а между тем это избавило бы от посудного хлама и убавило прислуги.

Команды на этом судне следовало бы иметь не более того, сколько нужно для содержания всего в чистоте без участия воспитанников. Команда должна бы состоять из бывалых, хорошего поведения матросов, которые при случае могли показать воспитанникам — как управиться со шлюпкой, как закинуть сеть, как вымыть ружье и проч.".

В этом высказывании отчетливо улавливается главная мысль Воина Андреевича. Будущий офицер не должен чувствовать себя на корабле белоручкой, отделенным стеною сословных предрассудков от нижних чинов. Все чины экипажа, офицеры и матросы составляют единый дружный коллектив, разделяющий общие тяготы службы.

Воин Андреевич — противник мелочного и сурового надзора за воспитанниками: "Совершенно без надзора нельзя оставлять мальчиков, особенно в большой массе; но мне кажется, что с терпением и умением можно устроить этот надзор так, чтобы он не тяготел над ними, а именно заставил их самих надзирать за собой". Необходимо, считает Римский-Корсаков, учитывать индивидуальные качества воспитанников, считаясь с их интересами. Серьезное внимание автор статьи обращает на личность преподавателя-воспитателя, обязанного знать свой предмет, расширять кругозор и знания: "Плохо, если он остановится на том, что приобрел однажды 'в офицерском классе, и, составив однажды навсегда программу своих лекций, будет твердить из года в год одно и то же. Такой преподаватель, значит, не интересуется своею наукой и, следовательно, и не может заинтересовать ею воспитанников".

Интересны соображения автора относительно выпускных экзаменов, которые никоим образом не должны превращаться в формальный акт. Училище, по мнению Воина Андреевича, не выучивает человека окончательно, не делает из него готового моряка. Воспитание и образование должны завершаться в процессе дальнейшей службы. Сам Римский-Корсаков подавал пример постоянной и неутомимой жажды знаний, вечного трудолюбия, продолжая заниматься самообразованием и в зрелом возрасте. Далее автор предлагает, чтобы произведенный в чин лейтенанта держал экзамен на старшего офицера в стенах Морской академии. Успешная сдача экзамена открывала бы наиболее подготовленным и способным морякам путь к старшей командной должности. Это радикальное предложение было направлено против укоренившейся практики, когда нередко малоспособные, но родовитые, с влиятельными связями лица продвигались в чинах и рангах.

Последние десять лет своей жизни В.А. Римский-Корсаков возглавлял Морской кадетский корпус, преобразованный в училище. В этом главном учебном заведении российского флота мало что изменилось с тех пор, как он сам покинул его стены. Не рискнул на радикальные перемены даже такой из его предшественников, опытный служака и мореплаватель, как дядюшка Николай Петрович. В корпусных коридорах все так же дрались смертным боем кадеты. Сильный истязал слабого. Унтер-офицеры щедро раздавали подзатыльники и зуботычины. Процветала строевая муштра, а общеобразовательная подготовка оставляла желать лучшего.

Будучи директором корпуса, а затем училища, произведенный в 1865 году в контр-адмиралы, В.А. Римский-Корсаков оставил яркий след в развитии русского военно-морского образования. В педагогической деятельности Воин Андреевич смог опереться на свой богатый жизненный опыт, опыт мореплавателя-исследователя. Он стремился дать будущим морским офицерам серьезные и систематические знания, общие и специальные, расширить их кругозор. По инициативе Воина Андреевича в программу учебных занятий включались практика по постройке шлюпок, инструментальные съемки. Для обучения артиллерийским навыкам привлекалась батарея из нескольких орудий. В Центральном государственном военно-морском архиве сохранились любопытные документы, свидетельствующие о том, что директор училища предусматривал для воспитанников учебные экскурсии в музей Горного института, Адмиралтейство, мастерские Петербургского порта, газовый завод, на промышленную выставку, выставку Академии художеств и в Пулковскую обсерваторию.

Стремясь покончить с царившим в корпусе солдафонством и муштрой, В.А. Римский-Корсаков упразднил институт унтер-офицеров и возложил всю ответственность за порядки в ротах на дежурных кадетов. "Неотступный прежний надзор заменен взаимным доверием, и эта система в два года так преобразила кадет, что их узнать нельзя", — писал Воин Андреевич младшему брату. Значительно улучшилось содержание офицеров, служивших в училище.

Несомненно, В.А. Римский-Корсаков оказал прямое влияние на выработку новых правил приема в Морской корпус, если сам не был их инициатором. До этого корпус был сословно-привилегированным военным учебным заведением, доступным лишь для сыновей потомственных дворян. Теперь же могли приниматься и дети старших офицеров и гражданских чиновников, независимо от их происхождения, а также потомственных почетных граждан. К последней категории могли относиться некоторые категории недворянской интеллигенции. Новые правила несколько демократизировали контингент учащихся и способствовали проникновению в корпус демократических настроений.

В.А. Римский-Корсаков проявлял большую заботу о приобретении приборов, инструментов, новых карт и других учебных пособий, о пополнении библиотеки разнообразной литературой. По инициативе директора для практического изучения морского дела воспитанники стали плавать в течение летних месяцев на судах вновь сформированной учебной эскадры. Он сам руководил этими плаваниями как командир эскадры, используя собственный богатый опыт бывалого моряка, стремясь воспитать в будущих офицерах практические навыки суровой службы, физическую выносливость, инициативу, находчивость, любовь к морю и флоту.

Своим воспитанникам В.А. Римский-Корсаков непрерывно внушал, что только всесторонние знания и отменная закалка помогут моряку преодолеть трудности и невзгоды в дальних плаваниях, в неизведанных морях и землях. И в подтверждение этого рассказывал о плавании на шхуне "Восток" у берегов русского Дальнего Востока, об экспедиции Невельского, делился воспоминаниями. И кадеты понимали — подвиги русским моряком достигались знаниями, трудолюбием, самоотверженностью, героизмом, преданностью Родине, без чего молодой офицер не может быть достойным моряком.