Обветшавший фрегат "Паллада" доживал теперь свой век в Императорской гавани. Для его охраны оставили небольшую команду, а основная часть экипажа перебралась на Нижний Амур. Путятин же на фрегате "Диана" вновь отправился к берегам Японии. Японские власти назначили новое место для переговоров — порт Симода. В разгар переговоров в районе Симодской бухты произошло тяжкое бедствие: на берег обрушилось вызванное тайфуном цунами невиданной силы. Портовый город подвергся почти полному разрушению. Сорванный с якорей фрегат закружился в водовороте и был серьезно поврежден. Путятин предпринял попытку отремонтировать поврежденное судно. Но в результате повторного тайфуна фрегат затонул. Надо отдать должное японским властям: они оказали немалую помощь русским морякам, оказавшимся в критическом положении, помогли построить небольшую прочную шхуну. Непредвиденные затруднения, с которыми столкнулась путятинская миссия в Японии, а также военная обстановка в районе Тихого океана заставили Ефима Васильевича спешить с заключением переговоров. Японская сторона также в конце концов склонилась к подписанию соглашения, убедившись в миролюбивости русских. Их поведение, дипломатичное и корректное, выглядело резким контрастом с разбойничьими действиями американской эскадры Перри или англо-французских союзников, неоднократно нарушавших в период Крымской войны территориальные воды нейтральной. Японии.

26 января 1855 года в симодском храме Гекусэндзи был подписан первый русско-японский трактат. Обе державы устанавливали дипломатические отношения, разграничивали владения, давали обязательства оказывать на своей территории покровительство и защиту подданным другой стороны. Россия получила право учредить консульство в одном из японских портов. Три порта Японии открывались для русской торговли. Путятин добился мирными дипломатическими средствами и долготерпением своим того, чего американцы добились угрозой интервенции и дулами пушек.

А в Николаевском посту тем временем волновались за судьбу русских моряков в Японии, как и за судьбу защитников далекого Петропавловска. Душою местного общества была Екатерина Ивановна Невельская, гостеприимная, приветливая, обаятельная. Она не только подвижнически делила все тяготы походной жизни Геннадия Ивановича, но и стремилась как могла скрасить суровые и однообразные будни обитателей поста. Немало изобретательности, выдумки проявляла молодая женщина, чтобы сделать новое поселение маленьким культурным центром. Устраивала званые обеды, маскарады и даже любительские спектакли.

"Что вам сказать о нашей пустыне? — писал Воин Андреевич родителям в начале 1855 года. — Пустота в ней не такая страшная, потому что здесь благодаря достаточному числу публики и Катерины Ивановны был на святках трижды домашний спектакль, на котором давали три акта "Ревизора" и "Женитьбы" Гоголя, которые шли очень удачно. Был в новый год у Невельского костюмированный бал, в котором участвовали все без исключения бывшие здесь, а следовательно, и я. Я избрал себе костюм средневекового буржуа, который сам заказал и сочинил…"

Женщин в Николаевском посту было мало или почти не было. Воин Андреевич и его товарищи, пребывая в походах, плаваниях и зимовках, не первый год уже были оторваны от семьи, женского общества, какой-либо реальной возможности обрести любовь, подругу сердца. Неудивительно поэтому, что хрупкая и привлекательная, к тому же умная Невельская вызывала всеобщее восхищение и поклонение офицеров и чиновников. Вряд ли Воин Андреевич, влюбившийся, что называется, "по уши" в Екатерину Ивановну, составлял исключение среди посетителей дома хлебосольных Невельских. О своем чувстве он сообщал родителям с шутливой иронией. "Я на тридцать третьем году от роду имею несчастье быть в первый раз влюбленным. Это бы еще ничего, но в том беда, что любовь моя пала на замужнюю женщину да жену моего доброго приятеля, который радушно меня принимал…"

Оставаясь в своем невзыскательном жилье в Петровском зимовье, продуваемом сквозными ветрами и буранами, Воин Андреевич принимался за работу, приводил в порядок и пополнял дневниковые записи, читал или писал пространные письма родителям. В письмах этих мы находим размышления о будущем Камчатки и Приамурья, об использовании их природных богатств, возможностях развития здесь сельского хозяйства и заселения. Из писем видно, что затаенное чувство к Екатерине Ивановне он постарался приглушить, повинуясь голосу разума. Продолжая заниматься и здесь самообразованием, Воин Андреевич не забывает попросить родных прислать нужную ему книгу.

В письмах к родителям он проявляет трогательную заботу и о своем малолетнем брате Нике, его воспитании и будущем жизненном пути, советует, чтобы тот шел по стопам старшего брата и стал воспитанником Морского кадетского корпуса. В строках писем Воина Андреевича угадывается искреннее желание видеть младшего брата продолжателем славного дела морехода-первооткрывателя.

Наступление весны принесло новые тревоги. Ожидали повторного нападения союзной эскадры на Петропавловск, появления английских или французских кораблей в Татарском проливе. Русские силы на Тихом океане были распылены по огромной территории, а связь с отдаленными гарнизонами, прежде всего с Петропавловском, практически прервалась. Генерал-губернатор Восточной Сибири Муравьев принял решение эвакуировать Петропавловский порт и сосредоточить все наличные силы для обороны устья Амура и подступов к нему, приобретавших первенствующее значение. В мае 1855 года Завойко со всей камчатской эскадрой прибыл в Де-Кастри. Он вывез из Петропавловска гарнизон и все припасы и срыл предварительно береговые батареи. После того как Амурское устье окончательно очистится от льда, предполагалось увести все корабли туда. Де-Кастринская бухта все же не была безопасным местом. Вскоре после прибытия небольшой камчатской эскадры в бухту вошли три вражеских корабля: фрегат, пароход и парусная шхуна, но были отогнаны меткими выстрелами с корвета "Оливуца".

Командир шхуны "Восток" не терял времени и тренировал экипаж в ружейной стрельбе в цель. Приходилось готовиться к встрече противника и здесь, у Петровского зимовья. Поздний ледоход препятствовал спуску судна на воду. Грозное и величественное зрелище ледохода Воин Андреевич описал следующим образом: "Гулко шумят льдины, обтираясь одна об другую краями, и там, где фарватер суживается или дает колено, они сначала спираются, потом лезут одна на другую и опрокидываются, обрушиваются, трещат, потом сворачиваются целыми грудами по бокам на отмели, а иногда останавливаются, пока напор новых сил сзади не усилится до того, что вытеснит на свободу завязших передовых и так далее. Можете представить, что осталось бы с судами не только такими маленькими, как моя шхуна, но и самым огромным кораблем, если бы ему удалось попасть в этот слом".

Только в начале июня, когда у берега еще держалась ледяная кромка, экипаж спустил шхуну на воду. Первый свой рейс после зимовки "Восток" совершил вверх по Амуру, пройдя уже изведанным фарватером до Николаевского поста. Здесь Воин Андреевич застал внезапные и значительные перемены. За несколько дней до этого на Нижний Амур вновь прибыл Николай Николаевич Муравьев. По Амуру осуществлялся очередной сплав войск, переселенцев и припасов. Генерал-губернатор, облеченный высокой властью, по существу, объявлял о ликвидации Амурской экспедиции, детища Невельского. Ее административные функции переходили к Управлению камчатского губернатора контр-адмирала Завойко, который также становился главным военачальником всех сил, входящих в состав прежней Амурской экспедиции. Хотя Геннадий Иванович Невельской и назначался начальником штаба при главнокомандующем всех морских и сухопутных сил Приамурского края, фактически он отстранялся от дел.

В.А. Римский-Корсаков, успевший сдружиться и сблизиться с семьей Невельских, искренне горевал. По этой причине он с неприязнью отнесся к Василию Степановичу Завойко, поумерил и восторг свой к кипучей энергии генерал-губернатора. Неприязнь к боевому защитнику Петропавловска, немало сделавшему для обороны Николаевска и строительства Николаевского порта, вряд ли была вполне справедливой.