О службах боярина князя Василия Ивановича Шуйского в 1590-е годы известно немного. Его «реабилитация» после угличского следственного дела, видимо, уже не подлежала сомнению. Он стал «осадным воеводою» в Новгороде в «100-м» (1591/92) году, сменив князя Василия Федоровича Скопина-Шуйского. Первое после долгого перерыва упоминание боярина князя Василия Ивановича Шуйского как участника царского «стола» 21 ноября 1591 года, скорее всего, могло быть связано с отъездом в Новгород. За время пребывания князя Василия Шуйского на воеводстве случился большой мор в Псковской и Новгородской землях. Когда опасность миновала, воевода вернулся в Москву [124].

Это было время всеобщей радости, потому что еще 29 мая 1592 года в семье царя Федора Ивановича и Ирины Годуновой родилась царевна Феодосия. При ее рождении была объявлена амнистия самым жестоким преступникам, распущены тюрьмы. Умевший прощать царь Федор Иванович, очевидно, хотел примирения и с князьями Шуйскими. Год спустя, на именины «царевны Федосьи Федоровны», было празднование, где присутствовали патриарх Иов, освященный собор, «да бояре ели все и окольничие». Причем, чтобы не омрачать торжество, все приглашенные были «без мест». 8 июля уже «на государев ангел» у царя за «столом» присутствовал боярин князь Дмитрий Иванович Шуйский. 28 июля 1593 года в качестве приглашенных бояр на пиру «у государя», состоявшемся «в Девичье монастыре», упоминался уже сам князь Василий Иванович Шуйский (он был вместе с братом князем Дмитрием Ивановичем). Князя Василия Шуйского даже снова допустили до участия в дипломатических делах, и 3 сентября 1593 года он участвовал в приеме «кизылбашского посла», приехавшего от персидского шаха Аббаса I. Однако Борис Годунов продолжал пристально следить за действиями Шуйского. Случайно или нет, но с возвращением боярина князя Василия Ивановича с новгородского воеводства открылось какое-то дело «про ноугороцково дьяка Семейку Емельянова». Расследовать его должен был отосланный в «послах» в Новгород окольничий князь Иван Семенович Туренин (тот самый пристав, которого обвиняли в смерти боярина князя Ивана Петровича Шуйского) [125]. А это означало, что все происходило по известной русской пословице: «жалует царь, да не жалует псарь». Даже возвратив все внешние признаки почета и свое положение в элите Русского государства, князья Шуйские знали, что все это снова могло исчезнуть по желанию Бориса Годунова. Выжить в таких условиях человеку гордому и независимому было практически невозможно. Время требовало от князей Шуйских умения приспособиться к обстоятельствам, усмирить гордыню, быть, «как все». И если они выжили, значит, у них это получилось.

Правда, не все так однозначно. Во Владимиро-Суздальском музее-заповеднике хранится ныне позолоченная водосвятная чаша с записью: «Лета 7103 (1594/95) сия чаша зделана бысть повелением князя Ивана Ивановича Шуйского и дана в дом Пресвятыя владычицы и Богородицы приснодеве Мария честнаго и славнаго ея Рожества в соборный храм во град Суждаль раде церковные потребы и на освящение вод в наследие вечных благ боярину князю Ондрею Ивановичу Шуйскому, а то за его поминати во все дни вином на литургеях и на литеях; аще хто восхощет преобидите святую церковь и изнести чашу сию, по святых отец правилом в каком сану ни будь хто, да извержется сана своего, аще ли величием негодованием негодовати начнеть, да будет проклять в сеи век и в будущем, аминь» [126]. Суздальский Рождественский собор был родовой усыпальницей как князей Скопиных-Шуйских, так и князей Шуйских. До сих пор место их семейного некрополя уцелело внутри храма. Сохранившийся вклад показывает, что князья Шуйские по традиции заботились об украшении Рождественского собора. Однако не зная всех перипетий, происходивших с князьями Шуйскими в годы правления Бориса Годунова, трудно понять, почему так поздно, спустя пять или шесть лет после смерти боярина князя Андрея Ивановича Шуйского, один из его братьев решил почтить его память дорогим вкладом. И почему только один младший брат князь Иван Иванович Шуйский, без участия старших братьев? Водосвятная чаша, отлитая в память о брате, обвиненном в государевой «измене», не могла быть обычным вкладом в Суздальский Рождественский собор. Прощение князей Шуйских, возвращенных ко двору, видимо, распространилось и на тех, кто погиб в ссылке. При этом отношение князей Шуйских (точнее, оказавшегося самым смелым из братьев — князя Ивана Ивановича Шуйского) к своим гонителям оставалось неизменным и, кажется, отразилось в выгравированной на чаше надписи. Там содержалось совсем не трафаретное по форме проклятие тому, кто «величием негодованием негодовати начнет», содержащее отсылку как к нраву, так и к фамилии правителя [127].

В апреле 1596 года в связи с ожидавшимся приходом с войною крымского царя в Русское государство имена князей Шуйских снова попали в число первых воевод «берегового разряда». Большим полком в Серпухове были назначены командовать боярин князь Федор Иванович Мстиславский «да слуга и боярин и конюшей» (так звучал его титул) Борис Федорович Годунов. Боярин князь Василий Иванович Шуйский был поставлен во главе следующего по значению полка правой руки в Алексине. В роспись полков «берегового разряда» «104 года» включено имя и другого брата, боярина князя Дмитрия Ивановича Шуйского, ставшего первым воеводой передового полка в Калуге. Князья Шуйские оказались на службе вместе с их местническим соперником боярином князем Тимофеем Романовичем Трубецким — первым воеводой сторожевого полка в Коломне, а тот, в свою очередь, со своим — боярином князем Иваном Ивановичем Голицыным, назначенным командовать полком левой руки «на Кошире». Во всем этом распределении воевод имело значение прежде всего то, что Борис Годунов, снова оказавшись в одном полковом разряде с князьями Шуйскими, мог возвыситься еще больше. Но не сделал этого. Согласно местническому порядку, установленному еще в начале царствования Ивана Грозного в 1550 году, «а хто будет другой воевода в Болшом полку, и до того другова воеводы правые руки болшому воеводе дела и счету нет, быти им без мест» [128]. Зато князья Шуйские и Трубецкие оказывались «не менши» друг друга в своих служебных назначениях, а князьям Голицыным снова пришлось бить челом «о щоте» на князей Трубецких.

Однако готовый уже вспыхнуть спор так и не случился. Приведенный полковой разряд остался только на бумаге. На службу «по полком» поехали 10 апреля 1596 года только третьи воеводы, но и они немало спорили друг с другом о местах. Исправленный разряд (князей Шуйских изменения не коснулись) тоже не внес успокоения. «Похода на берег большим и другим бояром и воеводам» по новой росписи тоже не было. Споры не утихали целый год, потому что боярин князь Василий Иванович Шуйский 12 июня 1597 года разбирал начавшийся тогда местнический спор князя Федора Андреевича Оболенского с Петром Никитичем Шереметевым (он остался нерешенным до 108 (1599/1600) года). 17 июня 1597 года боярин князь Василий Иванович Шуйский снова судил местническое дело Петра Никитича Шереметева, только на этот раз с Фомой Афанасьевичем Бутурлиным [129].

Летом 1597 года «береговой разряд» был уже действующим, с тем же распределением главных воевод, что и в предшествующем году. Поэтому «у сказки» 19 или 20 июня 1597 года боярин князь Тимофей Романович Трубецкой побил челом о местах на воеводу боярина князя Василия Ивановича Шуйского [130]. Старые счеты двух родов разгорались вновь, только князья Шуйские не были настолько слабы как по их возвращении после опалы в 1591 году. Наоборот, к 22 мая 1597 года состав Боярской думы пополнился еще одним князем Шуйским — Александром Ивановичем, а еще чуть позже — князем Иваном Ивановичем Шуйским [131]. Это уже было снова солидное думское представительство, опираясь на которое князь Василий Иванович мог рассчитывать на то, что несправедливым претензиям князя Тимофея Романовича Трубецкого не будет дан ход. Однако и сама необходимость доказывать очевидное тоже не могла доставить ему удовольствия.