Этот город стал главной ставкой атамана Ермака. Уже вскоре сюда стали прибывать местные князьки, которые доставляли дань и присягали на верность московскому государю. Ермак Тимофеевич в «дипломатических целях» брал с недавних ханских подданных ясак меньший, чем это делал Кучум.

Отношения с местными владельцами устанавливались дружественные, о чём вести расходились быстро и далеко. Остяцкие, вогульские и другие князьки добровольно прибывали в Сибирь и там принимались в подданство русского царя.

Из Сибири (Искера) атаман известил купцов Строгановых о своих победах. Одновременно стало готовиться посольство («станица») в Москву во главе с атаманом Иваном Кольцо — «бить челом царю царством Сибирским». С ним отправлялось 50 «лучших» казаков. То есть речь шла о присоединении к Русскому государству ещё одного (после Казани и Астрахани) «осколка» Золотой Орды. Историческое значение этого события недооценить, пожалуй, просто невозможно.

С посольством отправляли Ивану Грозному драгоценные подарки («соболиная казна») — большой ясак, знатные пленники и челобитная, в которой Ермак Тимофеевич просил прощения за свои прежние вины. Просил за себя и за своих казаков-разбойников.

Самодержец Иван Грозный сказал покорителям Сибири своё благодарственное слово, о котором в истории говорится так:

«Ермаку с его товарищи и всем казакам царём были прощены все их прежния вины, и царь одарил Ивана Кольцо и прибывших с ним казаков подарками. Ермаку были пожалованы шуба с царского плеча, боевые доспехи, в числе которых два панциря и грамота на его имя, в которой царь жаловал атамана Ермака писать Сибирским князем, а в грамоте своей жалованной написал:

„Сибирскому князю Ермаку Тимофеевичу и товарыщи за многую вашу заочную службу и за охочия кровопролития и за взятие Сибирского царства во всех винах ваших, мы, великий государь, прощаем, сверх того награждаем Вас своим государевым жалованьем“».

Иван Кольцо возвратился к Ермаку 1 марта 1582 года.

…Хотя Сибирское царство (ханство) фактически распалось, многие местные князьки сохранили свои воинские силы и порой небезуспешно противостояли небольшим казачьим отрядам из дружины Ермака, когда те прибывали к ним за ясаком. Однако Ермак Тимофеевич твёрдой рукой устанавливал власть московского государя в «сибирской землице». Из Сибири по Иртышу и Оби рассылались казачьи отряды, которые «приращивали» к Московскому царству новые земли.

К тому времени произошло ещё одно важное событие. Один из кучумовских сановников, знатный хан Карачи, откочевал от своего владыки и заявил о своей покорности Ермаку. Тот разрешил хану возвратиться в свои владения у большого озера Тара. Но последующие события показали, что атаман в лице Карачи «пригрел змею».

В 1852 году казакам удалось утвердить власть московского государя «от Пелыма до реки Тобола». То есть во всех областях по течению этих двух больших рек Западной Сибири (в современной Тюменской области).

В том же 1582 году атаману Ермаку Тимофеевичу удалось одержать ещё одну очень важную для него победу. Один из местных жителей, татарский мурза, натерпевшийся бед от власти хана Кучума, сообщил о месте временного нахождения царевича Маметкула. Ермак снарядил небольшой отряд в 60 казаков, которые ночью напали на стан Маметкула и захватили его в плен.

Хан Карачи, видя, как тают силы русских, решился на предательский удар. О нём в летописи говорится так:

«В третье лето к Ермаку прибыл посол от Карачи с просьбой о помощи против казахской орды. Ермак поверил ему и отрядил сорок казаков под начальством атамана Ивана Кольцо. Казаки прибыли во владения Карачи и в ночь на 17 августа 1583 года обманом Карачи льстивого подверглись нападению, и все были побиты, в числе их погиб и атаман Иван Кольцо».

Ермак Тимофеевич, получив известие о таком «злодействе», выслал карательный отряд во главе с атаманом Яковом Михайловым. Тот попал в засаду и тоже погиб вместе со своим командиром, которого в числе первых сразила стрела.

Эти две вести о гибели двух казачьих отрядов и двух известных своими боевыми делами атаманов придали хану Кучуму новые силы. Он решил поднять своих бывших верноподданных, прежде всего из числа татарского населения, на восстание против власти далёкой и почти неизвестной Москвы. Во главе мятежа стал хан Карачи.

В скором времени ханские отряды окружили город Сибирь и окрестные юрты. У Ермака стал ощущаться недостаток продовольствия, среди его людей появилась страшная по последствиям болезнь — цинга, которая привела к большой смертности.

Зная о бедственном положении в стане противника, хан Карачи со своими отрядами подступил уже под деревянные стены самой Сибири. С 12 марта 1854 года казаки выдержали настоящую вражескую осаду в целый месяц. Однако Ермак Тимофеевич нашёл верный выход из действительно опасного положения.

В ночь на 9 мая, в канун святого покровителя казачества Николая-угодника, атаман Матвей Мещеряк с отрядом казаков незаметно пробрался через неприятельские караулы, которые вели себя беспечно, и напал на стан хана Карачи. Нападение отличалось и внезапностью, и дерзостью. Ханский стан подвергся разгрому; в числе убитых оказались и два сына изменника Карачи. Ему самому с тремя приближёнными удалось добраться до лошадей и бежать подальше от Сибири.

Низверженный правитель Сибирского ханства сразу осознал, что ему грозит смертельная опасность, ибо в открытом бою он не мог противостоять казакам. Тогда он пошёл на хитрость, которая ему вполне удалась. Он подослал к Ермаку верных людей, которые сообщили атаману о том, что вверх по реке Вагай движется купеческий караван из Бухары, а хан Кучум его задерживает.

Ермак действительно ждал прибытия бухарских купцов в Сибирь. Он во главе небольшого отряда всего в 50 казаков поплыл навстречу купеческому каравану вверх по Вагаю. В ночь на 6 августа 1585 года казачий отряд остановился на отдых в месте слияния Вагая с Иртышом. Уставшие от тяжёлой работы казаки не выставили дозорных. Или, что более вероятно, те просто уснули в непогожую ночь. О том, что хан Кучум со своими воинами неотступно следует по противоположному берегу за стругами, атаман Ермак не догадывался.

События той трагической ночи развивались так. Казаки заночевали на небольшом островке. Ночь выдалась бурная: шёл сильный дождь и бушевал сильный ветер. Кучум со своими воинами оврагами незаметно прошёл к месту, куда причалили казачьи струги.

Во время ночной непогоды конный ханский отряд переправился на островок, на котором безмятежно спали утомлённые работой на вёслах казаки. Воины Кучума, с саблями в руках, подкрались к ним незамеченными. Нападение на спящих было внезапным: немногие успели схватиться за оружие и вступить в неравную схватку.

Из всего казачьего отряда в той ночной резне уцелело только двое. Первым был казак, который сумел-таки добраться до Сибири и сообщить печальную весть о гибели товарищей и атамана, окончившего свою бурную жизнь.

Вторым был сам Ермак Тимофеевич. Будучи раненым, одетый в царский подарок — тяжёлую кольчугу (или панцирь?), он прикрывал отход немногих казаков к стругам. Не сумев взобраться на струг (видимо, он уже оставался в живых только один), атаман утонул в реке Вагай.

По другой вполне правдоподобной версии, Ермак погиб у самой кромки берега, отбиваясь от нападавших кучумовцев. Но тем не досталось его тело, унесённое в ночь сильным речным течением.

…Остатки ермаковской дружины, в которой за время покорения Сибирского ханства погибло до 300 казаков, осенью 1585 года оставили город Сибирь.

Но с гибелью атамана Ермака Тимофеевича, князя Сибирского, русские не ушли из «сибирской землицы». Дело казачьей дружины было продолжено новыми отрядами казаков и промышленников, которые для отечественной истории стали землепроходцами, или первопроходцами. Строились городки-острожки, разведывались всё новые и новые пути по полноводным сибирским рекам, по ним летом уходили на восход солнца судовые рати, а зимой — пешие отряды казаков и промышленников, то есть охотников.