В заключение автор полагает нелишним сказать, что чем вольнее он обращался со второстепенными историческими происшествиями, тем строже он старался соблюдать истину и точность в описании характеров и всего, что касается до народного быта и до археологии.

Если удалось ему воскресить наглядно физиономию очерченной им эпохи, он не будет сожалеть о своём труде и почтёт себя достигшим желанной цели».

Двумя годами ранее, 20 марта 1860 года, приступая к окончательной отделке «Князя Серебряного», А. К. Толстой писал Болеславу Маркевичу:

«Я, когда писал, старался забыть, что существует цензура, и дал себе полную волю; как романист (речь ведь идёт не о папе), я руководствовался заветом: делай, как надлежит, и пусть будет, что будет. Забавно было бы, если бы цензура ко мне придралась и встала бы на защиту Ивана Васильевича, но в конце-то концов нет ничего невозможного за пределами чистой математики, это Араго сказал, а к тому же — цензура склонна к переменам, и безумен, кто вверится ей. Это слова то ли Франциска I, то ли Верди. Как бы то ни было, роман окончен, и мне кажется, что я был добросовестен, как только мог, хотя, правда, и позволил себе один анахронизм: Вяземского я подверг казни на пять лет раньше, чем его на самом деле казнили. Не правда ли, это не беда? Ведь Эгмонту Гёте отрезал же голову на двадцать лет раньше срока». А. К. Толстой имеет в виду оперу Джузеппе Верди «Риголетто», в основе которой драма Виктора Гюго «Король забавляется», отсюда упоминание Франциска I.

Неизбежен вопрос: кто такой главный герой романа и является ли он историческим лицом? По-видимому, А. К. Толстой во время пребывания в Калуге услышал местное предание о князе Петре Оболенском-Серебряном, вотчина которого находилась возле Козельска. Он был одной из многочисленных жертв Ивана Грозного. Предание сделало его героем, смело режущим правду-матку царю в глаза. Иван IV отправил его командовать сторожевым полком в Жиздру, где он погиб в стычке с крымскими татарами. В трёх верстах от Козельска возвышается курган, и молва считала его могилой Петра Оболенского-Серебряного.

Сам автор следующим образом характеризует своего героя: «Доселе Иоанн встречал или явное своеволие, как в боярах, омрачивших своими раздорами время его малолетства, или гордое непокорство, как в Курбском, или же рабскую низкопоклонность, как во всех окружавших его в настоящее время. Но Серебряный не принадлежал ни к одному из этих разрядов. Он разделял убеждение своего века в Божественной неприкосновенности прав Иоанна; он умственно подчинялся этим убеждениям и, более привыкший действовать, чем мыслить, никогда не выходил преднамеренно из повиновения царю, которого считал представителем Божией воли на земле. Но, несмотря на это, каждый раз, когда он сталкивался с явною несправедливостью, душа его вскипала негодованием, и врождённая прямота брала верх над правилами, принятыми на веру. Он тогда, сам себе на удивление и почти бессознательно, действовал наперекор этим правилам, и на деле выходило совсем не то, что они ему предписывали. Эта благородная непоследовательность противоречила всем понятиям Иоанна о людях и приводила в замешательство его знание человеческого сердца».

Кажется, что князь Серебряный до некоторой степени является автопортретом А. К. Толстого. Действительно, при дворе он как бы стоял обиняком, поскольку не искал ни чинов, ни должностей, напротив, всячески оберегал свою независимость и право говорить подчас нелицеприятную правду и поступать не по указанию свыше, а по собственному убеждению.

Один из ключевых эпизодов романа — гнев царя на сына Ивана, попытка убийства царевича Малютой Скуратовым и его спасение Серебряным. А. К. Толстой придерживается текста популярной исторической народной песни, где спасителем царевича выступает бесстрашный Никита Романович (по-видимому, брат царицы Анастасии Никита Романович Захарьин-Юрьев). Правда, Толстой позволяет себе одно существенное отступление: в народной песне царь разъярился не на старшего сына Ивана, а на младшего Фёдора, якобы уличённого в сочувствии изменникам-боярам; Иван же выступает его обвинителем. Но внимание привлекает прежде всего то обстоятельство, что и герой А. К. Толстого и Захарьин-Юрьев носят одно имя. Захарьин-Юрьев остался в истории как умный и дальновидный советник Ивана Грозного, энергичный воевода (таким он обрисован и в знаменитой драматической трилогии А. К. Толстого). Когда Иван Грозный почувствовал приближение смерти, он, видя слабость и малоспособность наследника Фёдора, учредил своего рода регентский совет из пяти человек, во главе которого поставил Захарьина-Юрьева, то есть фактически назначил его верховным правителем государства. Отсюда нетрудно сделать вывод, что, задумывая своего героя, Толстой имел в виду и одного из предков царствующей династии Романовых, отождествляя Серебряного с Захарьиным-Юрьевым.

Рисуя личность Ивана Грозного, Алексей Толстой исходил из характеристики, данной этому царю Карамзиным. У Карамзина Иван Грозный — «исполин бесчеловечия», «губительный ангел тьмы для россиян»; другими словами — мрачный тиран и патологический убийца. Но ко времени появления в журнале «Князя Серебряного» такая точка зрения представлялась уже изжитой. Современные историки (Сергей Михайлович Соловьёв, Константин Дмитриевич Каверин) видели в Иване Грозном умного и энергичного строителя Российского государства. Репрессии, по их мнению, касались исключительно оппозиционного боярства, всеми силами противящегося великим замыслам царя. Фактически и те и другие воззрения существуют и в наше время (и, скорее всего, будут бороться ещё долго, поскольку и там и здесь весомая доля правды).

Действительно, Иван Грозный — фигура огромного исторического масштаба, именно поэтому столь контрастны и столь велики позитивные и негативные результаты его правления. Создав централизованное государство, покончив с местным сепаратизмом, он залил страну кровью и тем ослабил её. Смутное время явилось мрачным следствием его деяний. Но в народной памяти Иван Грозный остался прежде всего победителем Казани, окончательно сокрушившим ненавистное татаро-монгольское иго. Царь неимоверно высоко поднял авторитет центральной власти, и именно поэтому народ многое простил ему. А. К. Толстой показывает, что современники смотрели на окружающие бедствия и необузданную тиранию Ивана Грозного как на Божие возмездие за собственные грехи; так думали все — от первого боярина до последнего холопа; и это было исторической правдой.

Свой роман Алексей Толстой заканчивает следующими словами:

«Да поможет Бог и нам изгладить из сердец наших последние следы того страшного времени, влияние которого, как наследственная болезнь, ещё долго потом переходило в жизнь нашу от поколения к поколению! Простим грешной тени царя Иоанна, ибо не он один несёт ответственность за своё царствованье; не он один создал свой произвол, и пытки, и казни, и наушничество, вошедшее в обязанность и в обычай. Эти возмутительные явления были подготовлены предыдущими временами, и земля, упавшая так низко, что могла смотреть на них без негодования, сама создала и усовершенствовала Иоанна, подобно тому как раболепные римляне времён упадка создавали Тивериев, Неронов и Калигул.

…Простим же грешной тени Ивана Васильевича, но помянем добром тех, которые, завися от него, устояли в добре, ибо тяжело не упасть в такое время, когда все понятия извращаются, когда низость называется добродетелью, предательство входит в закон, а самая честь и человеческое достоинство почитаются преступным нарушением долга! Мир праху вашему, люди честные! Платя дань веку, вы видели в Грозном проявление Божьего гнева и сносили его терпеливо; но вы шли прямою дорогой, не бояся ни опалы, ни смерти; и жизнь ваша не прошла даром, ибо ничто на свете не пропадает, и каждое дело, и каждое слово, и каждая мысль вырастает, как древо; и многое доброе и злое, что как загадочное явление существует поныне в русской жизни, таит свои корни в глубоких и тёмных недрах минувшего».

Нельзя обойти молчанием и тот факт, что «Князь Серебряный» представляет собой подлинную энциклопедию быта, обычаев, верований, суеверий XVI века. Эрудиция А. К. Толстого поразительна. Он творчески переработал многочисленные труды по русской этнографии и фольклору; только одно перечисление их заняло бы целую страницу. Читателю открываются тонкости старинных свадебного и пиршественного обрядов; он погружается в красоты и народных песен, и духовных стихов, и сказки об Акундине, и былины о Добрыне Никитиче. В этом плане в русской литературе сопоставить с «Князем Серебряным» можно разве что романы Павла Ивановича Мельникова-Печерского.